Вопросы с тегом «lme4-nlme»

Я экспериментирую с алгоритмом машины повышения градиента через caretпакет в R. Используя небольшой набор данных для поступления в колледж, я запустил следующий код: library(caret) ### Load admissions dataset. ### mydata <- read.csv("http://www.ats.ucla.edu/stat/data/binary.csv") ### Create...

Я хотел бы сравнить выходные данные lmer (действительно glmer) с примером игрушечного бинома. Я прочитал виньетки и, кажется, понимаю, что происходит. Но, видимо, я не. Застряв, я исправил «правду» в терминах случайных эффектов и пошел оценивать только фиксированные эффекты. Я включаю этот код...

Тесты перестановки (также называемые тестом рандомизации, тестом повторной рандомизации или точным тестом) очень полезны и оказываются полезными, когда предположение о нормальном распределении, требуемое, например, t-testне выполняется, и когда преобразование значений путем ранжирования...

Может кто-нибудь сказать мне, как заставить R оценить точку разрыва в кусочно-линейной модели (как фиксированный или случайный параметр), когда мне также нужно оценить другие случайные эффекты? Ниже я привел пример с игрушкой, который соответствует регрессии хоккейной клюшки / сломанной палки со...

У меня есть вопрос об использовании смешанной модели / лмера. Основная модель такова: lmer(DV ~ group * condition + (1|pptid), data= df) Группа и условие являются факторами: группа имеет два уровня (группа A, группа B), а условие имеет три уровня (условие 1, условие 2, условие 3). Это данные от...

У меня есть набор данных, в котором переменная, которую я хотел бы использовать в качестве случайного эффекта, имеет только одно наблюдение для некоторых уровней. Основываясь на ответах на предыдущие вопросы, я понял, что в принципе это может быть хорошо. Могу ли я установить смешанную модель с...

Я выполнил эксперимент, в котором я воспитывал разные семьи из двух разных групп населения. Каждой семье был назначен один из двух видов лечения. После эксперимента я измерил несколько признаков на каждого человека. Чтобы проверить эффект лечения или источника, а также их взаимодействие, я...

При определении модели скрещенных смешанных эффектов я пытаюсь включить взаимодействия. Тем не менее, я получаю следующее сообщение об ошибке: Error in lme.formula(rate ~ nozzle, random = ~nozzle | operator, data = Flow) : nlminb problem, convergence error code = 1 message = iteration limit reached...

Предположим, у меня есть некоторая переменная ответа которая была измерена от го брата в м семействе. Кроме того, некоторые поведенческие данные были собраны в то же время от каждого субъекта. Я пытаюсь проанализировать ситуацию с помощью следующей линейной модели смешанных эффектов: j i x i...

В настоящее время я рассматриваю некоторые работы и наткнулся на следующее, что мне кажется неправильным. Две смешанные модели установлены (в R), используя lmer. Модели не являются вложенными и сравниваются с помощью тестов отношения правдоподобия. Короче, вот воспроизводимый пример того, что у...

У меня есть несбалансированный набор данных повторных измерений для анализа, и я прочитал, что большинство статистических пакетов обрабатывают это с помощью ANOVA (т.е. сумма квадратов типа III) неверно. Поэтому я хотел бы использовать модель смешанных эффектов для анализа этих данных. Я много...

Я использую модель логистической регрессии в форме: lmer(response~1+(1|site), family=binomial, REML = FALSE) Обычно я рассчитываю ICC на основе перехвата и остаточных отклонений, но сводка модели не включает остаточное отклонение. Как мне рассчитать...

Дуглас Бейтс утверждает, что следующие модели эквивалентны «если матрица дисперсии-ковариации для векторно-значных случайных эффектов имеет особую форму, называемую составной симметрией» ( слайд 91 в этой презентации ): m1 <- lmer(y ~ factor + (0 + factor|group), data) m2 <- lmer(y ~ factor +...

Я пересматриваю статью о опылении, где данные распределены биномиально (плод созревает или нет). Поэтому я использовал glmerодин случайный эффект (отдельное растение) и один фиксированный эффект (обработка). Рецензент хочет знать, повлияло ли растение на плодоношение, но у меня проблемы с...

Я читал о расчете значений в смешанных моделях и после прочтения FAQ по R-sig, других постов на этом форуме (я бы связал несколько, но мне не хватает репутации) и нескольких других ссылок, которые я понимаю, используя Значения в контексте смешанных моделей сложны.R 2р2R2R^2р2R2R^2 Однако недавно я...

У меня есть набор данных временного ряда, к которому я пытаюсь подогнать скрытую марковскую модель (HMM), чтобы оценить количество скрытых состояний в данных. Мой псевдокод для этого следующий: for( i in 2 : max_number_of_states ){ ... calculate HMM with i states ... optimal_number_of_states =...

Я пытаюсь проанализировать данные повторных измерений и пытаюсь заставить их работать R. Мои данные по существу следующие, у меня есть две группы лечения. Каждый субъект в каждой группе тестируется каждый день и получает оценку (процент правильных на тесте). Данные в длинном формате: Time Percent...

У меня сложилось впечатление, что функция lmer()в lme4пакете не производит p-значения (см. lmerP-значения и все такое ). Я использую MCMC сгенерированных значений р вместо как на этот вопрос: Значительный эффект в lme4смешанной модели и на этот вопрос: Не удается найти р-значения в выводе из...

У меня есть следующая модель: > model1<-lmer(aph.remain~sMFS1+sAG1+sSHDI1+sbare+season+crop +(1|landscape),family=poisson) ... и это сводный результат. > summary(model1) Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation Formula: aph.remain ~ sMFS1 + sAG1 + sSHDI1 + sbare +...

Я подгоняю модель случайных эффектов glmerк некоторым бизнес-данным. Цель состоит в том, чтобы проанализировать показатели продаж по дистрибьюторам с учетом региональных различий. У меня есть следующие переменные: distcode: идентификатор дистрибьютора, около 800 уровней region: географический...