Путаница с lmer и p-значениями: как p-значения из пакета memisc сравниваются с MCMC?

12

У меня сложилось впечатление, что функция lmer()в lme4пакете не производит p-значения (см. lmerP-значения и все такое ).

Я использую MCMC сгенерированных значений р вместо как на этот вопрос: Значительный эффект в lme4смешанной модели и на этот вопрос: Не удается найти р-значения в выводе из lmer()в lm4пакете вR .

Недавно я попробовал пакет с именем memisc и его, getSummary.mer()чтобы получить фиксированные эффекты моей модели в CSV-файл. Как по волшебству, появляется столбец с именем p, который очень близко соответствует моим p-значениям MCMC (и не страдает от времени обработки, которое приходит с использованием pvals.fnc()).

Я предварительно взглянул на код getSummary.merи заметил строку, которая генерирует значение p:

p <- (1 - pnorm(abs(smry@coefs[, 3]))) * 2

Означает ли это, что значения p могут быть сгенерированы непосредственно из lmerвыходных данных, а не запущены pvals.fnc? Я понимаю, что это, без сомнения, вызовет дебаты о «фетишизме р-значения», но мне интересно знать. Я не слышал memiscупомянутое ранее, когда дело доходит до lmer.

Чтобы быть более кратким: В чем заключается преимущество (если таковое имеется) использования р-значений MCMC по сравнению с теми, которые генерируются getSummary.mer()?

r mixed-model p-value mcmc lme4-nlme Повалить
источник
9
Я оригинальный автор getSummary.merфункции. Указанные следует использовать только для быстрой проверки. Если я помню, я фактически включил чтобы заставить его работать в рамках, предоставленных . Но это действительно должно быть обеспечено соответствующим предупреждением для пользователя, и я свяжусь с сопровождающим пакета, чтобы узнать, как это добавить. Мой совет - следовать предложению Дуга Бейтса: MCMC - безопасная ставка (при условии, что у других нет лучших вариантов). рppmemisc
Джейсон Морган
4
@JasonMorgan Мне кажется, это довольно разумный ответ на вопрос.
Glen_b
2
@JasonMorgan Я согласен с тем, что вы говорите, но в настоящее время mcmcsamp()недоступен из-за ряда проблем ( Status of mcmcsampподробнее см. Раздел в glmm.wikidot.com/faq). Я чувствую, что в настоящее время, вероятно (параметрическая?) Начальная загрузка является жизнеспособной и не слишком сложной для реализации альтернативой; bootMer()Functiom может быть полезным.
usεr11852
1
@JasonMorgan Я думаю, что копировальная паста была бы хороша, так как, на мой взгляд, ваш ценный комментарий действительно отвечает на вопрос. (Однако, если вы чувствуете, что можете немного расширить свое объяснение того, почему значения p на самом деле следует использовать только как быструю проверку, а не как значения p, или когда они могут быть с большей вероятностью плохими приближениями, или почему MCMC - безопасная ставка, тем лучше.)
Glen_b
3
Еще одно техническое / терминологическое примечание к ОП. Значения p, полученные с использованием метода in, memiscпредставляют собой значения p, полученные при обработке наблюдаемой статистики теста в качестве статистики Вальда ( в данном случае обработка t как Вальда z ). Такой тест основывается на предположении о «большой выборке» и поэтому становится все более и более заслуживающим доверия по мере увеличения размеров выборки. Насколько я знаю, основанная на MCMC ценность не основывается на таком предположении. Так что, в любом случае, читая немного о тестах Уолда и их альтернативах, можно пролить свет на ваш вопрос.
Джейк Уэстфолл,

Ответы:

11

Я оригинальный автор getSummary.merфункции. Указанные следует использовать только для быстрой проверки. Если я помню, я фактически включил чтобы заставить его работать в рамках, предоставленных . Но это действительно должно быть обеспечено соответствующим предупреждением для пользователя, и я свяжусь с сопровождающим пакета, чтобы узнать, как это добавить. Мой совет - следовать предложению Дуга Бейтса: MCMC - безопасная ставка (при условии, что у других нет лучших вариантов).рppmemisc

Джейсон Морган
источник