У меня есть очень маленький набор данных о численности одиночной пчелы, который мне трудно анализировать. Это данные подсчета, и почти все подсчеты находятся в одной обработке, а большинство нулей в другой обработке. Есть также пара очень высоких значений (по одному на двух из шести сайтов),...
Мои данные описаны здесь. Что может вызвать «Ошибка () модель сингулярной ошибки» в AOV при подборе повторяющихся мер ANOVA? Я пытаюсь увидеть эффект взаимодействия, используя lmerмой базовый случай: my_null.model <- lmer(value ~ Condition+Scenario+ (1|Player)+(1|Trial), data = my, REML=FALSE)...
Я - пользователь, более знакомый с R, и пытался оценить случайные уклоны (коэффициенты отбора) примерно для 35 особей в течение 5 лет для четырех переменных среды обитания. Переменная ответа - является ли место «использованным» (1) или «доступным» (0) местом обитания («использование» ниже). Я...
Я хотел бы получить 95% доверительные интервалы на предсказаниях нелинейной смешанной nlmeмодели. Поскольку для этого не предусмотрено ничего стандартного nlme, мне хотелось бы знать, правильно ли использовать метод «интервалов прогнозирования населения», как описано в главе книги Бена Болкера в...
TL; DR: lme4оптимизация кажется линейной по количеству параметров модели по умолчанию и намного медленнее, чем эквивалентная glmмодель с фиктивными переменными для групп. Что я могу сделать, чтобы ускорить это? Я пытаюсь соответствовать довольно большой иерархической модели логита (~ 50 тыс. Строк,...
Мне недавно сказали, что было невозможно включить изменяющиеся во времени ковариаты в продольных смешанных моделях, не вводя временную задержку для этих ковариат. Вы можете подтвердить / опровергнуть это? Есть ли у вас какие-либо ссылки на эту ситуацию? Я предлагаю простую ситуацию прояснить....
Как можно получить стандартизированные (с фиксированным эффектом) веса регрессии из многоуровневой регрессии? И, как «дополнение»: Каков самый простой способ получить эти стандартизированные веса из mer-объекта (из lmerфункции lme4пакета в...
Я работаю над набором данных, чтобы оценить влияние сушки на микробную активность осадка. Цель состоит в том, чтобы определить, изменяется ли влияние высыхания между типами отложений и / или глубиной внутри отложений. Дизайн эксперимента выглядит следующим образом: Первый фактор отложений...
mgcvПакет Rимеет две функции для установки взаимодействия Тензор продукта: te()и ti(). Я понимаю основное разделение труда между ними (подгонка нелинейного взаимодействия против разложения этого взаимодействия на основные эффекты и взаимодействие). Чего я не понимаю, так это почему te(x1, x2)и...
Мой вопрос основан на этом ответе, который показал, какая lme4::lmerмодель соответствует двусторонним повторным измерениям ANOVA: require(lme4) set.seed(1234) d <- data.frame( y = rnorm(96), subject = factor(rep(1:12, 4)), a = factor(rep(1:2, each=24)), b = factor(rep(rep(1:2, each=12))), c =...
Я использую glmm с биномиальной переменной ответа и категориальным предиктором. Случайный эффект дается вложенным дизайном, используемым для сбора данных. Данные выглядят так: m.gen1$treatment [1] sucrose control protein control no_injection ..... Levels: no_injection control sucrose protein...
Я подобрал модель lmer со следующим (хотя и скомпонованным выводом): Random effects: Groups Name Std.Dev. day:sample (Intercept) 0.09 sample (Intercept) 0.42 Residual 0.023 Я действительно хотел бы построить доверительный интервал для каждого эффекта, используя следующую формулу:...
Я надеюсь, что кто-то может помочь с тем, что я считаю относительно простым вопросом, и я думаю, что знаю ответ, но без подтверждения он стал тем, в чем я просто не могу быть уверен. У меня есть данные подсчета в качестве переменной ответа, и я хочу измерить, как эта переменная изменяется при...
Я заканчиваю анализ большого набора данных. Я хотел бы взять линейную модель, использованную в первой части работы, и переоснастить ее, используя линейную смешанную модель (LME). LME будет очень похожим, за исключением того, что одна из переменных, используемых в модели, будет использоваться в...
Я хочу смоделировать две разные переменные времени, некоторые из которых сильно коллинеарны в моих данных (возраст + группа = период). Делая это, я столкнулся с некоторыми проблемами lmerи взаимодействиями poly(), но это, вероятно, не ограничивалось lmer, я получил те же результаты с nlmeIIRC....
Структура данных > str(data) 'data.frame': 6138 obs. of 10 variables: $ RT : int 484 391 422 516 563 531 406 500 516 578 ... $ ASCORE : num 5.1 4 3.8 2.6 2.7 6.5 4.9 2.9 2.6 7.2 ... $ HSCORE : num 6 2.1 7.9 1 6.9 8.9 8.2 3.6 1.7 8.6 ... $ MVMNT : Factor w/ 2 levels "_Withd","Appr": 2 2 1 1 2 1 2...
Ради простого примера предположим, что есть две модели линейной регрессии Модель 1 имеет три предсказатели, x1a, x2b, иx2c Модель 2 имеет три предиктора из модели 1 и два дополнительных предиктора x2aиx2b Существует уравнение регрессии населения, где объясняется дисперсия населения для Модели 1 и...
Учитывая три переменные, yи x, которые являются положительными непрерывными, и z, что является категориальным, у меня есть две модели кандидатов, заданные: fit.me <- lmer( y ~ 1 + x + ( 1 + x | factor(z) ) ) а также fit.fe <- lm( y ~ 1 + x ) Я надеюсь сравнить эти модели, чтобы определить,...
Я пытаюсь воспроизвести несколько тестов взаимодействия между обоими lmи lmerна повторных измерениях (2x2x2). Причина, по которой я хочу сравнить оба метода, состоит в том, что GLM SPSS для повторных измерений дает те же самые результаты, что и lmподход, представленный здесь, поэтому в конце я хочу...
В lmerфункции lme4in in Rесть вызов для построения модельной матрицы случайных эффектов , как описано здесь , стр. 7 - 9.ZZZ Вычисление влечет за собой произведения ХатриРао и / или Кронекера двух матриц, и . ZZZJiJiJ_iXiXiX_i Матрица представляет собой глоток: «Матрица индикаторов группирующих...