lme4 и nlme - пакеты R, используемые для подбора линейных, обобщенных линейных и нелинейных моделей смешанных эффектов. Для общих вопросов о смешанных моделях используйте тег [mixed-model].
На этом форуме много обсуждается вопрос о том, как правильно указать различные иерархические модели lmer. Я думал, что было бы здорово иметь всю информацию в одном месте. Пара вопросов для начала: Как указать несколько уровней, где одна группа вложена в другую: это (1|group1:group2)или нет...
Вот как я понял вложенные и скрещенные случайные эффекты: Вложенные случайные эффекты возникают, когда фактор более низкого уровня появляется только в пределах определенного уровня фактора более высокого уровня. Например, ученики в классах в определенный момент времени. В lme4Я думал , что мы...
Если мы подгоняем блеск, мы можем получить предупреждение, которое говорит нам, что модели трудно сойтись ... например >Warning message: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model failed to converge with max|grad| = 0.00389462 (tol = 0.001) Другой способ...
Подгонка логистической регрессии с использованием lme4 заканчивается Error in mer_finalize(ans) : Downdated X'X is not positive definite. Вероятной причиной этой ошибки, очевидно, является недостаток ранга. Что такое дефицит ранга и как мне его...
У меня подходят несколько смешанных моделей эффектов ( в частности , продольные модели) с использованием lme4в Rно хотел бы, чтобы действительно мастер модели и код , который идет с ними. Однако, прежде чем погрузиться обеими ногами (и купить несколько книг), я хочу убедиться, что я изучаю...
Я использую lme4 в R, чтобы соответствовать смешанной модели lmer(value~status+(1|experiment))) где значение непрерывно, статус и эксперимент являются факторами, и я получаю Linear mixed model fit by REML Formula: value ~ status + (1 | experiment) AIC BIC logLik deviance REMLdev 29.1 46.98 -9.548...
Недавно я измерил, как значение нового слова приобретается после многократных воздействий (практика: день с 1 по 10) путем измерения ERP (ЭЭГ), когда слово рассматривалось в разных контекстах. Я также контролировал свойства контекста, например, его полезность для открытия нового значения слова...
Мне интересно, имеет ли это значение при интерпретации того, являются ли логически преобразованными только зависимые, как зависимые, так и независимые, или только независимые переменные. Рассмотрим случай log(DV) = Intercept + B1*IV + Error Я могу интерпретировать IV как процентное увеличение, но...
РЕДАКТИРОВАТЬ 2: Первоначально я думал, что мне нужно запустить двухфакторный ANOVA с повторными измерениями на один фактор, но теперь я думаю, что линейная модель смешанного эффекта будет работать лучше для моих данных. Я думаю, что почти знаю, что должно произойти, но все еще смущен несколькими...
Я хочу получить интервал прогнозирования вокруг прогноза из модели lmer (). Я нашел некоторое обсуждение по этому поводу: http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq но они, похоже, не учитывают неопределенность случайных...
Численно получить MLE из GLMM сложно, и на практике, я знаю, мы не должны использовать оптимизацию методом грубой силы (например, используя optimпростой способ). Но для моих собственных образовательных целей я хочу попробовать, чтобы убедиться, что я правильно понимаю модель (см. Код ниже). Я...
EffectsПакет предоставляет очень быстрый и удобный способ для построения результатов линейной модели смешанного эффекта, полученных с помощью lme4пакета . В effectфункции вычисляет доверительные интервалы (ДИ) очень быстро, но , как заслуживающие доверия этих доверительные интервалы? Например:...
Недавно я понял, что смешанная модель с единственным субъектом в качестве случайного фактора и другими факторами в качестве фиксированных факторов эквивалентна ANOVA при настройке корреляционной структуры смешанной модели на составную симметрию. Поэтому я хотел бы знать, что означает составная...
Я пытаюсь понять, когда использовать случайный эффект, а когда он не нужен. Мне сказали, что эмпирическое правило, если у вас есть 4 или более групп / отдельных лиц, которые я делаю (15 отдельных лосей). Некоторые из этих лосей были эксперименты 2 или 3 раза в общей сложности 29 испытаний. Я хочу...
У меня есть данные, собранные из эксперимента, организованного следующим образом: Два участка, каждый с 30 деревьями. 15 лечат, 15 контролируют на каждом участке. Из каждого дерева мы отбираем три куска ствола и три куска корней, так что по 6 образцов первого уровня на дерево, которое представлено...
Я хочу установить многоуровневый GLMM с распределением Пуассона (с избыточной дисперсией), используя R. В настоящее время я использую lme4, но я заметил, что недавно quasipoissonсемейство было удалено. В другом месте я видел, что вы можете моделировать аддитивную избыточную дисперсию для...
Мне было интересно, сможет ли кто-нибудь рассказать мне о текущих различиях между этими двумя функциями. Я нашел следующий вопрос: Как выбрать библиотеку nlme или lme4 R для моделей со смешанными эффектами? , но это происходит пару лет назад. Это жизнь в кругах программного обеспечения. Мои...
Надеюсь, что это вопрос, который кто-то здесь может ответить для меня о природе разложения сумм квадратов из модели смешанных эффектов lmer(из пакета lme4 R). Прежде всего я должен сказать, что мне известно о противоречиях с использованием этого подхода, и на практике я бы с большей вероятностью...
Я хотел бы получить p-значение и величину эффекта независимой категориальной переменной (с несколькими уровнями) - то есть «в целом», а не для каждого уровня в отдельности, как нормальный вывод из lme4R. Это так же, как то, о чем люди сообщают при запуске ANOVA. Как я могу получить...
В многоуровневой модели, каковы практические и связанные с интерпретацией последствия оценки, а не оценки параметров корреляции случайных эффектов? Практическая причина спрашивать это состоит в том, что в структуре Лмера в R нет реализованного метода для оценки p-значений с помощью методов MCMC,...