Вопросы с тегом «sequence-analysis»

72
Какова роль логарифма в энтропии Шеннона?

Энтропия Шеннона является отрицательной суммой вероятностей каждого результата, умноженной на логарифм вероятностей для каждого результата. Какой цели служит логарифм в этом уравнении? Интуитивно понятный или визуальный ответ (в отличие от глубоко математического ответа) получит бонусные...

16
Обрамление отрицательного биномиального распределения для секвенирования ДНК

Отрицательное биномиальное распределение стало популярной моделью для подсчета данных (в частности, ожидаемое количество считываний секвенирования в пределах данной области генома из данного эксперимента) в биоинформатике. Объяснения различаются: Некоторые объясняют это как то, что работает как...

10
Почему Anova () и drop1 () предоставили разные ответы для GLMM?

У меня есть GLMM формы: lmer(present? ~ factor1 + factor2 + continuous + factor1*continuous + (1 | factor3), family=binomial) Когда я использую drop1(model, test="Chi"), я получаю другие результаты, чем если бы я использовал Anova(model, type="III")из пакета автомобиля или summary(model). Последние...

10
Как доказать сотрудничество из поведенческих последовательностей

Ситуация: две птицы (самец и самка) защищают свои яйца в гнезде от злоумышленника. Каждая птица может использовать для защиты либо атаку, либо угрозу, а также присутствовать или отсутствовать. Из данных возникает закономерность, что поведение может быть взаимодополняющим - атаки мужчин, в то время...