Возвращаясь к заре OS X, казалось, было много шума, по крайней мере, в мире Mac (я в то время не был близок к научным вычислениям) о Mac OS как платформе для научных вычислений и приложений HPC. XGrid вышла из коробки, у Virginia Tech был свой модный компьютерный кластер на базе Mac, Стэнфорд делал...
Я планирую использовать multigrid для вычисления некоторых собственных значений и векторов, и я заметил, что PETSc имеет высокоуровневую поддержку multigrid. Документация PETSc гласит, что эту часть PETSc не следует использовать, поскольку она скоро будет заменена. Какие другие библиотеки имеют...
Я нахожусь в области, которая не обязательно выполняет большую часть работы с высокопроизводительными вычислениями, и когда она сталкивается с ней, это часто является результатом того, что исследователи из других областей исследуют новые приложения для своих методов и тому подобного. В первую...
Больше всего в MPI мне не нравится иметь дело с типами данных (то есть картами данных / масками), потому что они не очень хорошо подходят для объектно-ориентированного C ++. boost::mpiоднако поддерживает только MPI 1.1 со своего веб-сайта: boost :: mpi - это дружественный к C ++ интерфейс...
Я хотел бы знать, есть ли быстрый способ вычисления евклидова расстояния двух векторов в октаве. Кажется, что для этого нет специальной функции, так что я должен просто использовать формулу с...
Поскольку этот вопрос связан с вычислениями, я решил опубликовать здесь. Надеюсь, это будет рассматриваться как уместно. Я только начал работать с атмосферными и океаническими моделями и понял, что мне нужно больше ядер, памяти и дискового пространства, чем у моего нынешнего рабочего стола. В моем...
Я использую Valgrind + Callgrind для профилирования написанного мной решателя. Как говорится в руководстве пользователя Valgrind, я скомпилировал свой код с опциями отладки для компилятора: «Без отладочной информации лучшее, что смогут сделать инструменты Valgrind, - это угадать, к какой функции...
Моя исследовательская группа фокусируется на молекулярной динамике, которая, очевидно, может генерировать гигабайты данных как часть одной траектории, которую затем необходимо проанализировать. Некоторые из проблем, с которыми мы сталкиваемся, связаны с корреляциями в наборе данных, что означает,...
У меня есть PETSc, Matи я хочу оценить его
Я играл с PETSc и заметил, что когда я запускаю свою программу с несколькими процессами через MPI, она, кажется, работает еще медленнее ! Как я могу проверить, что...
Везде, где я видел, учебник / документы PETSc и т. Д. Говорят, что это полезно для линейной алгебры и обычно указывает, что разреженные системы принесут пользу. Как насчет плотных матриц? Я обеспокоен тем, о решении для плотного .AAx=bAx=bAx=bAAA Я написал свой собственный код для CG и QMR на...
Тематические исследования в моей докторской диссертации требуют, чтобы у меня были расширения интервалов подпрограмм Фортрана в CHEMKIN-II (извинения за ссылку; это лучшее, что я мог найти для пакета, который больше не распространяется Национальной лабораторией Сандиа). CHEMKIN-II - химический...
Функция имеет особенность вблизи . Эту особенность можно снять, однако: для следует иметь , поскольку И, следовательно, Однако форма не только не определена в , он также численно нестабилен в окрестности этой точки; чтобы оценить для очень малых численно, можно использовать разложение Тейлора, то...
Вывод здесь: Насколько лучше на самом деле компиляторы Фортрана? в том, что gfortran и gcc так же быстры для простого кода. Поэтому я хотел попробовать что-то более сложное. Я взял пример спектральной нормы. Сначала я рассчитываю 2D матрицу A (:, :), а затем вычисляю норму. (Это решение не...
Вопрос: Какие методы доступны для точного и эффективного расчета разреженной структуры матрицы конечных элементов? Информация: я работаю над решателем уравнения давления Пуассона, использую метод Галеркина с квадратичной базой Лагранжа, написанный на C, и использую PETSc для хранения разреженных...
Для приложений, требующих значительных вычислительных ресурсов, высокая производительность может быть критическим фактором, когда речь идет о предоставлении научных результатов или достижении «прорывов» в разумные сроки. Сколько времени и усилий должны потратить разработчики программного...
Я читал книгу Аллена и Тилдесли « Компьютерное моделирование жидкостей ». Начиная со страницы 71, авторы обсуждают различные алгоритмы, которые используются для интеграции уравнений движения Ньютона в моделирование молекулярной динамики (МД). Начиная со страницы 78, авторы обсуждают алгоритм Верле,...
Обычно я пишу последовательный код, а когда я делаю, я пишу модульные тесты с помощью некоторой среды тестирования в стиле xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose или среды тестирования Google C ++). Основываясь на беглом поиске в Google, я мало что видел в том, как практикующие юнит тестируют код,...
Мне нужно решить ту же самую разреженную линейную систему (от 300x300 до 1000x1000) со многими правыми сторонами (от 300 до 1000). В дополнение к этой первой проблеме, я также хотел бы решить различные системы, но с одинаковыми ненулевыми элементами (только с разными значениями), то есть с...
Я использовал GSL в качестве основы для многих моих симуляций, но это немного излишне для моих целей и определяет собственный сложный тип по старым причинам. Вместо того, чтобы кодировать мой собственный решатель ODE Runge-Kutta, который, вероятно, не очень эффективен, существуют ли какие-либо...