Удалить папку с отслеживания GIT
git rm -r --cached path_to_your_folder/
Clear Cobra
git rm -r --cached path_to_your_folder/
git rm -r --cached wordpress/wp-content/uploads
git rm -r --cached .
git ls-files --ignored --exclude-standard -z | xargs -0 git rm --cached
git commit -am "Remove ignored files"
// answer from: thSoft