Обратитесь ложно на Nan Pandas
In [1]: df = DataFrame([[True, True, False],[False, False, True]]).T
In [2]: df
Out[2]:
0 1
0 True False
1 True False
2 False True
In [3]: df.applymap(lambda x: 1 if x else np.nan)
Out[3]:
0 1
0 1 NaN
1 1 NaN
2 NaN 1
Eilay Koren