Во-первых, Транссибирская железная дорога идет не туда. Вам нужно будет отключиться и сесть на поезд из Носибирска до Алматы (35 часов). Оттуда вам не повезло, поезд. Вы получаете общее такси или автобус через границу из Алматы в Бишкек (это очень легко, автобус отвезет вас на границе, вы пересечете, и он встретит вас на другой стороне).
Как вы ожидаете, из Бишкека вам понадобятся общие такси. Есть один поезд - из Бишкека до озера Иссык-Куль, но он медленнее, чем автобус (я это проверял - ездил на поезде, а другой - на автобусе - автобус намного быстрее).
Обратите внимание, что вам потребуется разрешение на въезд в Памирскую зону в Таджикистане в дополнение к визе.
Другой способ - спуститься из Санкт-Петербурга через Волгоград, Астрахань, через Актау / Бейноу и через Узбекистан (в частности, в Кунград) на Обши - смотрите мой пост в этом блоге, если вам интересно. Оттуда вы будете тренироваться / доехать на такси до Ташкента, после чего вы можете доехать на маршрутном такси до Душанбе, затем до Хорога (1-2 дня) и далее до Мургаба.