Генерация нормально распределенных случайных чисел с неположительно определенной ковариационной матрицей

15

Я оценил образец ковариационной матрицы образца и получил симметричную матрицу. С , я хотел бы создать -мерного нормальный распределенный гп , но поэтому мне нужно разложение Холецкого . Что мне делать, если не является положительно определенным? $C$ $C$ $n$ $C$ $C$

r random-generation covariance-matrix multivariate-normal cholesky Клаус
источник

1

В чем разница с этим вопросом stackoverflow.com/questions/17295627/… ?

Дикоа

1

Положительно-полуопределенные матрицы имеют несколько квадратных корней (см. , Например, объяснение в конце stats.stackexchange.com/a/71303/919 ). Вам не обязательно нужен тот, который получен в результате разложения Холецкого. В этом суть проблемы: найти метод вычисления квадратных корней, который работает, даже если матрица является единственной. @amoeba Название предполагает, что ваша интерпретация верна.

whuber

8

Озабоченность вопроса , как генерировать случайные из случайных величин многомерного нормального распределения с (возможно) единственным числом ковариационной матрицей . Этот ответ объясняет один способ, который будет работать для любой ковариационной матрицы. Это обеспечивает реализацию, которая проверяет его точность. $\mathbb{C}$ R

Алгебраический анализ ковариационной матрицы

Поскольку является ковариационной матрицей, она обязательно является симметричной и положительно-полуопределенной. Чтобы дополнить справочную информацию, пусть будет вектором желаемого среднего. $\mathbb{C}$ $\mu$

Поскольку симметричен, его разложение по сингулярному значению (SVD) и его собственное разложение автоматически будут иметь вид $\mathbb{C}$

C = V D^{2} V^{'}

$\mathbb{C} = \mathbb{V\, D^2\, V^\prime}$

для некоторой ортогональной матрицы и диагональной матрицы . В целом, диагональные элементы неотрицательны (подразумевая, что все они имеют реальные квадратные корни: выберите положительные, чтобы сформировать диагональную матрицу ). Информация о которую мы имеем, говорит о том, что один или несколько из этих диагональных элементов равны нулю, но это не повлияет ни на одну из последующих операций и не помешает вычислению SVD. $\mathbb{V}$ $\mathbb{D}^2$ $\mathbb{D}^2$ $\mathbb{D}$ $\mathbb{C}$

Генерация многомерных случайных значений

Пусть есть стандартное многомерное нормальное распределение: каждый компонент имеет нулевое среднее, единичную дисперсии, и все ковариации равны нуль: ее ковариационная матрица является тождественным . Тогда случайная величина имеет ковариационную матрицу $X$ $\mathbb{I}$ $Y=\mathbb{VD}X$

Cov (Y) знак равно Е (Y Y^{'}) знак равно Е (В D Икс {Икс}^{'} D^{'} В^{'}) знак равно В D Е (Икс {Икс}^{'}) D В^{'} знак равно В D я D В^{'} знак равно В D^{2} В^{'} знак равно С,

$\operatorname{Cov}(Y) = \mathbb{E}(Y Y^\prime) = \mathbb{E}(\mathbb{V D}X\, X^\prime \mathbb{D^\prime V^\prime}) = \mathbb{V D}\mathbb{E}(X X^\prime)\mathbb{D V^\prime} = \mathbb{V D I D V^\prime} = \mathbb{V D^2 V^\prime} = \mathbb{C}.$

Следовательно, случайная величина имеет многомерное нормальное распределение со средним и ковариационной матрицей . $\mu + \mathbb{Y}$ $\mu$ $\mathbb{C}$

Расчет и пример кода

Следующий Rкод генерирует ковариационную матрицу заданных измерений и ранга, анализирует ее с помощью SVD (или, в закомментированном коде, с собственным разложением), использует этот анализ для генерации заданного числа реализаций (со средним вектором ) и затем сравнивает ковариационную матрицу этих данных с предполагаемой ковариационной матрицей как в числовом, так и в графическом виде. Как показано, он генерирует реализаций , где размерность является и ранг составляет . Выход $Y$ $0$ $10,000$ $Y$ $100$ $C$ $50$

        rank           L2 
5.000000e+01 8.846689e-05

То есть, ранг данных также и ковариационная матрица по оценкам из данных находится в пределах расстояния из --which близко. В качестве более подробной проверки, коэффициенты построены по сравнению с его оценкой. Все они лежат близко к линии равенства: $50$ $8\times 10^{-5}$ $C$ $C$

Код точно соответствует предыдущему анализу и поэтому не требует пояснений (даже для не Rпользователей, которые могут эмулировать его в своей любимой прикладной среде). Одна вещь, которую он показывает, - это необходимость соблюдать осторожность при использовании алгоритмов с плавающей точкой: записи могут легко быть отрицательными (но крошечными) из-за неточности. Такие записи должны быть обнулены перед вычислением квадратного корня, чтобы найти сам $\mathbb{D}^2$ $\mathbb{D}$

n <- 100         # Dimension
rank <- 50
n.values <- 1e4  # Number of random vectors to generate
set.seed(17)
#
# Create an indefinite covariance matrix.
#
r <- min(rank, n)+1
X <- matrix(rnorm(r*n), r)
C <- cov(X)
#
# Analyze C preparatory to generating random values.
# `zapsmall` removes zeros that, due to floating point imprecision, might
# have been rendered as tiny negative values.
#
s <- svd(C)
V <- s$v
D <- sqrt(zapsmall(diag(s$d)))
# s <- eigen(C)
# V <- s$vectors
# D <- sqrt(zapsmall(diag(s$values)))
#
# Generate random values.
#
X <- (V %*% D) %*% matrix(rnorm(n*n.values), n)
#
# Verify their covariance has the desired rank and is close to `C`.
#
s <- svd(Sigma <- cov(t(X)))
(c(rank=sum(zapsmall(s$d) > 0), L2=sqrt(mean(Sigma - C)^2)))

plot(as.vector(C), as.vector(Sigma), col="#00000040",
     xlab="Intended Covariances",
     ylab="Estimated Covariances")
abline(c(0,1), col="Gray")

Whuber
источник

2

+1 но когда вы говорите «неопределенный» в своем первом предложении, что именно вы имеете в виду? Я проверил в Википедии, и он говорит, что положительный полуопределенный не является неопределенным, то есть неопределенный означает, что C имеет как положительные, так и отрицательные собственные значения. Это то, что вы имеете в виду там?

говорит амеба: восстанови Монику

2

@amoeba Да, это была ошибка. Спасибо, что заметили. «Неопределенный» означает, что подпись матрицы имеет как положительные, так и отрицательные знаки, тогда как «полуопределенный» означает, что подпись имеет только один знак.

whuber

6

Метод решения A :

$0.5(C + C^T)$
$D + (m - min(eigenvalue(D)))I$

В MATLAB код будет

D = 0.5 * (C + C');
D =  D + (m - min(eig(CD)) * eye(size(D));

Метод решения B : Сформулируйте и решите выпуклую SDP (полуопределенную программу), чтобы найти ближайшую матрицу D к C в соответствии с нормой их разности Фробениуса, так что D является положительно определенным, указав минимальное собственное значение m.

Используя CVX под MATLAB, код будет:

n = size(C,1);
cvx_begin
variable D(n,n)
minimize(norm(D-C,'fro'))
D -m *eye(n) == semidefinite(n)
cvx_end

Сравнение методов решения : Помимо симметризации исходной матрицы, метод решения A корректирует (увеличивает) только диагональные элементы на некоторое общее количество и оставляет недиагональные элементы неизменными. Метод решения B находит ближайшую (к исходной матрице) положительно определенную матрицу, имеющую заданное минимальное собственное значение, в смысле минимальной фробениусовой нормы разности положительно определенной матрицы D и исходной матрицы C, которая основана на суммах квадраты разностей всех элементов D - C, включая недиагональные элементы. Таким образом, регулируя недиагональные элементы, это может уменьшить величину, на которую необходимо увеличить диагональные элементы, и элементы диагонали не обязательно все увеличиваются на одну и ту же величину.

Марк Л. Стоун
источник

2

Я бы начал с размышления о модели, которую вы оцениваете.

Если ковариационная матрица не является положительно-полуопределенной, это может означать, что у вас есть проблема коллинеарности в ваших переменных, которая может указывать на проблему с моделью и не обязательно должна решаться численными методами.

Если матрица не является положительной полуопределенной по численным причинам, то есть некоторые решения, о которых можно прочитать здесь

johneric
источник

1

Предполагается, что модель является линейной смешанной моделью. И для этого случая не имеет смысла находить правильную модель для данных, скорее данные приведены в качестве примера для некоторых расчетов. Теперь есть вероятность, что вы получите неположительную полуопределенную матрицу в качестве оценки ковариации. Так что же делать, если я хочу выяснить ковариацию по нормальному распределенному населению, откуда поступают данные. То, что выборка распределена нормально, является предположением.

Клаус

1

Одним из способов будет вычисление матрицы из разложения по собственным значениям. Теперь я признаю, что не знаю слишком много Math, стоящего за этими процессами, но из моих исследований кажется полезным посмотреть на этот файл справки:

http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/Matrix/html/chol.html

и некоторые другие связанные команды в R.

Также проверьте 'nearPD' в пакете Matrix.

Извините, что не могу помочь, но надеюсь, что мои поиски помогут вам в правильном направлении.

Фрэнк П.
источник

Привет, спасибо за ссылки. В зависимости от разложения по собственным значениям, это разложение не помогает, потому что оттуда вы получаете сложные собственные значения для квадратно-корневой матрицы, но мне нужна матрица с переопределенными значениями.

Клаус

1

Вы можете получить результаты от функции nearPD в пакете Matrix в R. Это даст вам реальную матрицу обратно.

library(Matrix)
A <- matrix(1, 3,3); A[1,3] <- A[3,1] <- 0
n.A <- nearPD(A, corr=T, do2eigen=FALSE)
n.A$mat

# 3 x 3 Matrix of class "dpoMatrix"
#           [,1]      [,2]      [,3]
# [1,] 1.0000000 0.7606899 0.1572981
# [2,] 0.7606899 1.0000000 0.7606899
# [3,] 0.1572981 0.7606899 1.0000000

Доктор майк
источник

Для пользователей R .. в моем ответе это может быть не плохая «бедная» версия (с меньшим контролем) метода решения B.

Марк Л. Стоун

Я согласен, что это не оптимально, но иногда это помогает.

Доктор Майк

Генерация нормально распределенных случайных чисел с неположительно определенной ковариационной матрицей

Ответы:

Алгебраический анализ ковариационной матрицы

Генерация многомерных случайных значений

Расчет и пример кода