Поскольку общий консенсус, по-видимому, заключается в использовании смешанных моделей через lmer()
R вместо классического ANOVA (по часто упоминаемым причинам, таким как несбалансированные схемы, перекрестные случайные эффекты и т. Д.), Я хотел бы попробовать его с моими данными. Однако меня беспокоит, что я смогу «продать» этот подход моему руководителю (который ожидает классический анализ с p-значением в конце) или позже рецензентам.
Не могли бы вы порекомендовать несколько хороших примеров опубликованных статей, в которых использовались смешанные модели или lmer()
для различных конструкций, таких как многократные измерения или множественные схемы внутри и между субъектами для полевой биологии, психологии, медицины?
nlme
илиlme4
.Ответы:
Обновление 3 (май 2013 г.): еще одна действительно хорошая статья о смешанных моделях в психологии была выпущена в Журнале памяти и языка (хотя я не согласен с выводами авторов о том, как получить p-значения , см. Пакет
afex
вместо этого). Очень красиво обсуждается, как определить структуру случайных эффектов. Иди прочти это!Barr, DJ, Levy, R., Scheepers, C. & Tily, HJ (2013). Структура случайных эффектов для проверки подтверждающей гипотезы: Сохраняйте ее максимальной . Журнал памяти и языка , 68 (3), 255–278. DOI: 10.1016 / j.jml.2012.11.001
Обновление 2 (июль 2012 г.): статья, пропагандирующая использование в (социальной) психологии, когда встречаются (например, участники и предметы) случайные эффекты.
Самое важное : он показывает, как получить p-значения с помощью пакета pbkrtest :
Джадд, CM, Westfall, J. & Kenny, DA (2012). Рассмотрение стимулов как случайного фактора в социальной психологии: новое и всеобъемлющее решение широко распространенной, но в значительной степени игнорируемой проблемы. Журнал личности и социальной психологии , 103 (1), 54–69. doi: 10.1037 / a0028347
(доступно только в формате Word .doc)
Джейк Уэстфолл сказал мне (по почте), что альтернативой для получения значений p рекомендуемой аппроксимации Кенварда-Роджерса (используемой в pbkrtest) является (менее оптимальная) аппроксимация Satterthwaite, которую можно найти в пакете MixMod с помощью
anovaTab
функции.Небольшое обновление до последнего обновления: My R package
afex
содержит функциюmixed()
для удобного получения значений p для всех эффектов в смешанной модели. Кроме того,car
пакет теперь также получает значения p для смешанных моделей приAnova()
использованииtest.statistic = "F"
ОБНОВЛЕНИЕ 1: Другая статья, описывающая lme4
Клигл Р., Вей П., Дамбахер М., Ян М. и Чжоу Х. (2011). Экспериментальные эффекты и индивидуальные различия в линейных смешанных моделях: оценка взаимосвязи между пространственными, объектными и эффектами притяжения при визуальном внимании. Границы в количественной психологии и измерения , 1, 238. doi: 10.3389 / fpsyg.2010.00238
Оригинальный ответ:
У меня нет ряда примеров, только один (см. Ниже), но я знаю некоторые статьи, которые вы должны процитировать из Психологии / Когнитивных наук. Самый важный из них определенно:
Baayen, RH, Davidson, DJ & Bates, DM (2008). Моделирование смешанных эффектов со скрещенными случайными эффектами для предметов и предметов. Журнал памяти и языка , 59 (4), 390–412. DOI: 10.1016 / j.jml.2007.12.005
Еще один из Baayen это:
Baayen, RH, & Milin, P. (2010). Анализ времени реакции. Международный журнал психологических исследований , 3 (2), 12–28.
Мне также очень понравилась его книга, в которой также есть хорошая вводная глава о смешанной модели (и довольно дешевая для книги статистики):
Baayen, RH (2008). Анализ лингвистических данных: практическое введение статистики с использованием R . Кембридж, Великобритания; Нью-Йорк: издательство Кембриджского университета.
Я, наверное, предполагаю, что он также использует много статей
lme4
, но, поскольку мой главный интерес не в психолингвистике, вы можете проверить его домашнюю страницу .Из моей области (рассуждения) я знаю об этой статье, которая использует
lme4
:Fugard, AJB, Pfeifer, N., Mayerhofer, B. & Kleiter, GD (2011). Как люди интерпретируют условные слова: сдвиги в сторону условного события. Журнал экспериментальной психологии: обучение, память и познание , 37 (3), 635–648. DOI: 10,1037 / a0022329
(хотя у меня есть ощущение, что они используют тест отношения правдоподобия для сравнения моделей, которые отличаются только фиксированными параметрами, что, как я слышал, не является правильным способом. Я думаю, что вместо этого следует использовать AIC.)
источник
ez
пакета: groups.google.com/forum/#!topic/ez4r/GQTEtNziRwE Майк ссылается на Pinheiro & Bates (2000), см. Ссылку.Это цитируемая статья о смешанных моделях для экологии и эволюции:
источник
Следующая статья посвящена использованию многоуровневого моделирования в социальных науках:
Цитирую аннотацию:
Изучение статей, перечисленных в Google Scholar как цитирующих эту статью, позволяет предположить несколько других полезных выводов .
источник
lme
от,nlme
а неlmer
отlme4
. (+1)Я читаю Zuur, AF, Ieno, EN, Walker, N., Saveliev, AA, & Smith, GM (2009). Смешанные эффекты модели и расширение в области экологии с R . Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer Science + Business Media, LLC. Он написан для экологов, поэтому за статистикой довольно легко следить; Я думаю, что это было бы полезно для людей из других дисциплин, таких как медицина или психология тоже. Есть много тематических исследований, и у каждого есть подробный раздел о том, как лучше записать статистику в документе.
источник
Отличный пример использования смешанных моделей в экологии:
К сожалению, он использует старые библиотеки R.
источник