OpenBugs против JAGS

41

Я собираюсь опробовать среду стиля BUGS для оценки байесовских моделей. Есть ли какие-то важные преимущества при выборе между OpenBugs или JAGS? Может ли один заменить другой в обозримом будущем?

Я буду использовать выбранный Gibbs Sampler с R. У меня пока нет конкретного приложения, но я решаю, что ему ввести и чему научиться.

r software bugs jags gibbs DanB
источник
3
похожий вопрос: stats.stackexchange.com/q/33315/5509
Любопытно,

Ответы:

34

У BUGS / OpenBugs есть своеобразная система сборки, которая делает компиляцию кода трудной или невозможной в некоторых системах, таких как Linux (и IIRC OS X), где людям приходится прибегать к эмуляции Windows и т. Д.

С другой стороны, Jags - это совершенно новый проект, написанный со стандартными инструментами GNU и, следовательно, переносимый практически в любое место - и, следовательно, пригодный для использования в любом месте.

Короче говоря, если ваша система Windows, то у вас есть выбор и потенциальная цена застрять в ошибках, если вы когда-нибудь переедете. Если вы не используете Windows, то Jags, вероятно, будет лучшим выбором.

Дирк Эддельбюттель
источник
6
Под Linux Window эмуляция не требуется, разделяемая библиотека может использоваться напрямую. Только GUI не работает таким образом, но это не должно быть проблемой для DanB, так как они хотят вызвать его из R.
GaBorgulya
1
@GaBorgulya Несмотря на это, если бы я выбирал между двумя инструментами, я бы выбрал инструмент, который полностью работал на выбранной мной системе.
Fomite
1
В настоящее время пакет BRugs не поддерживается в 64-битной Linux, как указано в документации, и это может привести к таким проблемам, как та, с которой я столкнулся, C не может скомпилироваться при попытке выяснить, как использовать plot.coda с mcmc.list выводит rjags в двух вопросах на этом сайте и ТАК, которые остаются без ответа.
Дэвид Лебауэр
13

Для тех, кто находит этот вопрос в будущем: теперь есть и Стэн . Однажды Stan может заменить OpenBUGS и JAGS, но он пока не поддерживает все анализы, которые выполняют эти другие пакеты.

Джек Таннер
источник
4
Почти год спустя я думал, что прокомментирую это. Кажется, что разработчики преданы своему делу, и то, что они планируют добавить в него (логический вывод!), Все указывает на то, что Стэн неизбежно заменит OpenBUGS и JAGS. При этом я не доверяю этому на данный момент и на данный момент буду использовать его только тогда, когда JAGS не вариант. Похоже, для достижения ощутимых результатов в сложных задачах требуется больше настроек, а не меньше. Стэн вообще не использует выборку Гиббса, и для проблем, где я знаю, что Гиббс будет работать, я не могу оправдать его использование. Думаю, в будущем эти вопросы будут решены.
парень
1
@ MattTagg Не думаю, что моя оценка изменилась, но я не эксперт. Я использовал это много и поправился с этим, но я не отставал от всех их разработок. Есть куча моделей, в которых я хотел бы смешать NUTS с простыми обновлениями выборки Гиббса (смесь JAGSи, по STANсути), но это, похоже, не скоро на горизонте, STANхотя это, безусловно, возможно сделать.
парень
1
круто, приятно знать спасибо. собирается начать работу с новой редакцией «Анализ байесовских данных» с примерами, обновленными в JAGS и STAN.
кавалькада
1
Возвращаясь, чтобы увидеть самые последние сравнения JAGS и STAN. Какой из них лучше сейчас, а какой, скорее всего, будет лучше в будущем?
itpetersen
Был опубликован вопрос с просьбой помочь перевести модель ошибок в stan: stackoverflow.com/questions/53809468/… . - Любая помощь приветствуется.
Кранц
5

Я рекомендую вам зазубрины над openbugs по соображениям скорости. Я пробовал и в системе Linux, и зазубрин намного быстрее.

радиомаяк средней мощности
источник
3
хотя это может быть
связано с
5

Я считаю, что зазоры работают более плавно в Linux, и их легче настроить, но в настоящее время они не поддерживают пространственный анализ, который поддерживает GeoBUGS. Итак, я использую OpenBUGS.

astaines
источник