Ноль-завышенная отрицательная биномиальная модель смешанных эффектов в R

17

Существует ли такой пакет, который обеспечивает нулевую раздувание отрицательной биномиальной оценки модели смешанных эффектов в R?

Под этим я подразумеваю:

  • Нулевая инфляция, где вы можете указать биномиальную модель для нулевой инфляции, как в функции zeroinfl в пакете pscl: 

    zeroinfl (y ~ X | Z, dist = "negbin")
    где Z - формула для модели нулевой инфляции;

  • Отрицательное биномиальное распределение для счетной части модели;

  • Случайные эффекты указаны аналогично функции lmer пакета lme4.

Я понимаю, что glmmADMB может сделать все это, за исключением того, что формула для нулевой инфляции не может быть определена (это просто перехват, то есть Z - просто 1). Но есть ли другие пакеты, которые могут сделать все это?

Я буду очень благодарен за вашу помощь!

r mixed-model count-data negative-binomial zero-inflation Никита Самойлов
источник
Я ищу то же самое. Я думаю, что glmmADMB - это то, что я хочу, но я не могу запустить его.
gregmacfarlane
Мне интересно, могут ли пакеты ZIM или aod делать то, что вы хотите?
Грэм Уолш
2
В качестве обновления пакет glmmTMB от Ben Bolker поддерживает обобщенную линейную смешанную модель (ZIGLMM) с нулевым надуванием.
Дж. Виллиман

Ответы:

5

Я думаю, что это пакет, который вам нужен: glmmADMB. Я скачал его здесь: http://otter-rsch.com/admbre/examples/glmmadmb/glmmADMB.html

Но у меня все еще были некоторые проблемы с его запуском, поэтому я следовал инструкциям, приведенным в этой ссылке, и теперь он отлично работает http://glmmadmb.r-forge.r-project.org/

Надеюсь это поможет!

RocioC
источник
Обратите внимание, что этот пакет позволяет установить постоянный член только для части модели с нулевой инфляцией.
user2390246
1

Пакет pscl предусматривает модель Пуассона с нулевым надуванием . Я не думаю, что это может сделать отрицательную биномиальную модель, но это могло бы быть началом. В связанной статье JSS также обсуждаются связанные пакеты, которые могут привести вас к тому, что вы ищете.

Чарли
источник
1
Пакет pscl (сейчас) разрешает использование отрицательных биномиальных моделей с помощьюzeroinfl(..., dist = "negbin", ...)
user2390246
0

В зависимости от того, что вы пытаетесь сделать, вы можете посмотреть на пакет астры . Модели Астер позволяют проводить совместный анализ нескольких переменных, которые имеют различные распределения вероятностей, и недавно были обновлены, чтобы учесть случайные эффекты . Они были разработаны для анализа истории жизни и будут работать в ситуациях, когда вы можете разделить свой ответ на отдельные части с различным распределением (например, выживание = Бернулли, размножение = Пуассон). Они могут справиться с «нулевой инфляцией», моделируя большинство нулей как бернулли, а оставшуюся часть ответа - как отрицательный бином.

Вы найдете много документации здесь:

http://www.stat.umn.edu/geyer/aster/

JohnSG
источник