Я выполнил повторные измерения ANOVA в R следующим образом:
aov_velocity = aov(Velocity ~ Material + Error(Subject/(Material)), data=scrd)
summary(aov_velocity)
- Какой синтаксис в R можно использовать для выполнения пост-специального теста после ANOVA с повторными измерениями?
- Подойдет ли тест Тьюки с коррекцией Бонферрони? Если так, как это можно сделать в R?
Ответы:
Что вы можете сделать, это указать модель,
lme
а затем использоватьglht
изmultcomp
пакета, чтобы сделать то, что вы хотите. Тем не менее, IME дает немного другие значения F, чем стандартная ANOVA (см. Также мои последние вопросы здесь ).Что касается других контрастов, то bonferroni, см., Например, книгу
multcomp
от авторов пакета .Вы также можете посмотреть этот пост в списке R-рассылки , и этот блог для указания повторных измерений ANOVA в R .
Однако, как показано в этом вопросе от меня, я не уверен, идентичен ли этот подход ANOVA. Кроме того, glht сообщает только z-значения вместо обычных значений t или F. Это тоже кажется необычным.
До сих пор я не встречал другого способа сделать это.
источник
Если вы хотите придерживаться
aov()
функции, вы можете использоватьemmeans
пакет, который может обрабатыватьaovlist
(и многие другие ) объекты.После создания
emmGrid
объекта следующим образомочень легко получить все (post hoc) парные сравнения, используя
pairs()
функцию, или любой желаемый контраст, используяcontrast()
функциюemmeans
пакета. Многократное тестирование может быть достигнуто черезadjust
аргумент этих функций:Для получения дополнительной информации я нашел подробные виньетки emmeans и документацию очень полезными.
Кроме того, вы можете найти полный (воспроизводимый) пример, включая описание того, как получить правильные весовые коэффициенты контрастности, в моем ответе здесь .
Обратите внимание, однако, что использование одномерной модели для апостериорных тестов может привести к антиконсервативным p-значениям, если сферичность нарушена.
источник
Если сферичность достигнута, вы можете запустить двухстороннюю ANOVA:
источник