Как работает квантильная нормализация?

В исследованиях экспрессии генов с использованием микрочипов данные интенсивности должны быть нормализованы, чтобы можно было сравнивать интенсивности между индивидуумами, между генами. Концептуально и алгоритмически, как работает «квантильная нормализация», и как бы вы объяснили это не статистику?

genetics normalization microarray Стивен Тернер
источник

Просто: это «оценка по кривой». :-) Я даю алгоритм по адресу Quantdec.com/envstats/notes/class_03/probability.htm («Чтение графиков QQ»).

whuber

В этом PDF-файле нормализация квантилей объясняется простым проработанным примером: plexdb.org/modules/documentation/RMAexplained.pdf В документе объясняется более крупный процесс (RMA), но нормализация квантилей выполняется как один из шагов.

JHubbard80

Ответы:

Сравнение методов нормализации для данных массива олигонуклеотидов высокой плотности на основе дисперсии и систематической ошибки Bolstad et al. вводит квантильную нормализацию для данных массива и сравнивает ее с другими методами. Он имеет довольно четкое описание алгоритма.

$j$ $\hat{F}^{-1} \circ \hat{G}_j$ $\hat{G}_j$ $\hat{F}^{-1}$ $\hat{G}_j$ $j$ $\hat{F}$

В конце концов, это метод преобразования всех массивов в общее распределение интенсивностей.

NRH
источник