Надеюсь, что этот вопрос новичка является правильным вопросом для этого сайта:
Предположим, я хотел бы сравнить состав экологических сообществ на двух участках A, B. Я знаю, что на всех трех участках есть собаки, кошки, коровы и птицы, поэтому я проверяю их численность на каждом участке (на самом деле у меня нет " ожидаемая «численность для каждого животного на каждом участке).
Если я посчитаю, скажем, по пять на каждого животного на каждом участке, то А и В очень «похожи» (на самом деле они «одинаковы»).
Но если я найду 100 собак, 5 кошек, 2 коровы и 3 птицы на площадке A. 5 собак, 3 кошки, 75 коров и 2 птицы на площадке B. Тогда я бы сказал, что площадки A и B "отличаются" хотя они имеют одинаковый видовой состав.
(Я читал об индексах Соренсена и Брей-Кертиса, но похоже, что они учитывают только отсутствие / присутствие собак, кошек и т. Д., А не их численность.)
Существует ли статистический тест для определения этого?
Ответы:
Я согласен с тем, что было упомянуто, что Брей-Кертис может справиться с обилием, а также с наличием / отсутствием, а также добавить еще одну хорошую книгу к миксу: Анализ экологических сообществ МакКьюна и Грейс.
При сравнении экологических сообществ необходимо учитывать множество факторов, и я не думаю, что есть какой-то один тест, который справится с этой задачей. Пригодность теста во многом будет зависеть от типа вопроса, который вы задаете о сообществах и природе вашего набора данных. Общие подходы включают в себя методы ординации, которые размещают сайты в многомерном пространстве таксонов. Однако, если у вас действительно есть только 2 сайта, это вряд ли сработает. Тесты Мантеля коррелируют матрицу расстояний, основанную на композиции (например, попарно расстояние Брей-Кертиса по всем участкам) с матрицей расстояний, основанной на других потенциальных факторах влияния. Простейшим случаем может быть просто евклидово расстояние между местами в пространстве. Кластерный анализ группирует сайты по составу сообщества.
В целом, я бы использовал подход подмножества множества статистических инструментов, описанных в любой из вышеперечисленных книг, для предоставления статистического описания различий между рассматриваемыми сообществами. Не существует единого показателя различий в составе сообщества, поэтому статистика используется для синтеза многомерных данных в более легко интерпретируемую форму.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Я также только что подумал об этой статье, в которой довольно четко и подробно изложены многие из различных вариантов.
Андерсон, MJ и соавт. 2011. Навигация по множеству значений бета-разнообразия: дорожная карта для практикующего эколога. Письма Экологии 14: 19-28
источник
Если вы хотите проверить эту гипотезу, вы можете использовать Анализ сходства (на основе Брея Кертиса или других доступных), есть процедура под названием ANOSIM, которая реализована в программном обеспечении PRIMER. Вы можете сделать Односторонний, Вложенный или Двусторонний анализ. Другой (лучший) вариант - запустить множественный перестановочный анализ отклонений. Хорошая процедура доступна в подпрограмме PERMANOVA (доступна по адресу http://www.stat.auckland.ac.nz/~mja/Programs.htm ). пройти тест на наличие значимых различий между участками, чтобы узнать, какие виды отвечают за наблюдаемые различия (процедура IndVal или процедура SIMPER). Надеюсь, поможет
источник
Поскольку вы упоминаете индекс Соренсена, кажется, вам нужен показатель различий, а не тест различий. (Оценка даст числовое значение, показывающее, насколько они различны. Тест покажет вам, является ли разница значимой с заданной вероятностью.)
Вы можете представить численность видов в каждом месте с помощью гистограммы. Эта гистограмма может быть нормализована, если вы просто заботитесь об относительной численности (например, у кошек в два раза больше, чем у собак), или ненормализована, если вы также заботитесь об абсолютных числах.
Существует много способов измерения различий гистограмм. Некоторые из популярных:
источник
Брей-Кертис и другие подобные индексы включают различия в численности видов. В дополнение к Лежандру и Лежандру я бы также порекомендовал книгу Чарльза Кребса «Экологическая метология» (1999).
источник