Код MCMC обратимого перехода (Matlab или R)

14

Кто-нибудь знает какой-нибудь хорошо написанный код (в Matlab или R) для обратимого перехода MCMC? Желательно простое демонстрационное приложение для комплимента работ по теме, что было бы полезно для понимания процесса.

r matlab references mcmc Ник
источник
Обсуждается добавление обратимого перехода MCMC в OpenBUGS на странице 288 Книги BUGS, и WinBUGS имеет, я полагаю, модуль Jump. Кто-нибудь слышал о каких-либо подобных разработках для JAGS? Есть ли какой-нибудь способ написания кода JAGS, чтобы получить эффект изменения размерности? Это просто вопрос определения размеров больше, чем нужно?
Ян Галковски

Ответы:

12

RJMCMC был представлен Питером Грином в статье 1995 года, которая является классикой цитирования. Он написал на фортранском языке программу AutoRJ для автоматического RJMCMC; его страница по этой ссылке на программу Дэвида Хасти C на AutoMix . Список свободно доступных программ для различных алгоритмов RJMCMC приведен в таблице 1 статьи Скотта Сиссона за 2005 год . Поиск Google также находит некоторый псевдокод из группы в университете Глазго, который может быть полезен для понимания принципов, если вы хотите запрограммировать его самостоятельно.

универсальный
источник
7

Книга Байесовского анализа экологии населения King et al. описывает RJMCMC в контексте экологии населения. Я нашел там описание очень ясным, и они предоставляют код R в приложении.

Книга также имеет связанную веб-страницу , но некоторый код, найденный в книге, отсутствует на сайте.

csgillespie
источник
они предоставляют код WinBUGS для RJMCMC? Итак, WinBUGS способен на RJMCMC?
Любопытно
1
@ Томас Кто-то отредактировал мой ответ и изменил R на WinBUGS. Из того, что я помню, книга предоставляет R код.
csgillespie
Спасибо. (+1) Кстати, вы нашли RJMCMC полезным для экологии населения? Я еще не нашел ни одного примера, где это могло бы быть полезным. Я всегда могу использовать увеличение данных, например, со стандартным MCMC, и это делает работу за меня. Обратите внимание, что у меня нет книги .. это хорошо?
любопытно
@ Томас Книга использует RJMCMC для выбора модели. Я нашел описание довольно приятно. Мне нужно было использовать RJMCMC в гневе, хотя.
csgillespie
"в гневе"?? Что вы имеете в виду?
любопытно
1

Просто добавьте одну деталь к ответу @ onestop: я считаю, что программное обеспечение C, выпущенное Оливье Каппе (CT / RJ MCMC), очень полезно для понимания алгоритма Reversible jump MCMC (в частности, как спроектировать вероятности рождения-смерти и расщепления). объединить ходы). Ссылка на исходный код: http://perso.telecom-paristech.fr/~cappe/Code/CTRJ_mix/About/

Xiangju
источник
1

Jailin Ai вместе представляет довольно приятную презентацию RJ MCMC (хотя он очень тесно связан с оригинальной статьей Грина) и сопровождает код R как часть магистерской диссертации в Лидсе. Также приводится подробный пример проблем с точками изменения, которые также включены в статью Грина за 1995 год.

Найти тезис и код здесь:

http://www1.maths.leeds.ac.uk/~voss/projects/2011-RJMCMC/

Джек О'Брайен
источник
0

Нандо де Фрейтас (Nando de Freitas) представляет демонстрационные примеры использования алгоритма обратимого перехода MCMC для оценки параметров нейронной сети. Эта модель рассматривает число нейронов, параметры модели, параметры регуляризации и параметры шума как случайные переменные, которые должны быть оценены.

Код и описание доступны здесь: http://www.cs.ubc.ca/~nando/software.html

Вадим Смоляков
источник