Визуализация сплайновой основы

18

Учебники, как правило, имеют хорошие примеры графиков основы для однородных сплайнов, когда они объясняют тему. Что-то вроде ряда маленьких треугольников для линейного сплайна или ряда маленьких горбов для кубического сплайна.

Это типичный пример:

http://support.sas.com/documentation/cdl/en/statug/63033/HTML/default/viewer.htm#statug_introcom_a0000000525.htm

Мне интересно, есть ли простой способ создать график сплайн-базиса, используя стандартные функции R (например, bs или ns). Я предполагаю, что есть некоторый простой кусок матричной арифметики в сочетании с тривиальной R-программой, которая изящно выплюнет симпатичные графики сплайн-основы. Я просто не могу думать об этом!

Патрик Калдон
источник

Ответы:

22

Попробуйте это, как пример для B-сплайнов:

x <- seq(0, 1, by=0.001)
spl <- bs(x,df=6)
plot(spl[,1]~x, ylim=c(0,max(spl)), type='l', lwd=2, col=1, 
     xlab="Cubic B-spline basis", ylab="")
for (j in 2:ncol(spl)) lines(spl[,j]~x, lwd=2, col=j)

Давать это:

введите описание изображения здесь

jbowman
источник
4
Немного эффективнее использовать matplotфункцию, нежели проходить по столбцам.
Грег Сноу
Так что это (+1), я не знаю, почему я выбросил его из своего умственного инструментария.
jbowman
9

Вот autoplotметод для базового класса (от которого наследуются и bs, и ns):

library(ggplot2)
library(magrittr)
library(reshape2)
library(stringr)
autoplot.basis <- function(basis, n=1000) {
    all.knots <- sort(c(attr(basis,"Boundary.knots") ,attr(basis, "knots"))) %>%
        unname
    bounds <- range(all.knots)
    knot.values <- predict(basis, all.knots) %>%
        set_colnames(str_c("S", seq_len(ncol(.))))
    newx <- seq(bounds[1], bounds[2], length.out = n+1)
    interp.values <- predict(basis, newx) %>%
        set_colnames(str_c("S", seq_len(ncol(.))))
    knot.df <- data.frame(x=all.knots, knot.values) %>%
        melt(id.vars="x", variable.name="Spline", value.name="y")
    interp.df <- data.frame(x=newx, interp.values) %>%
        melt(id.vars="x", variable.name="Spline", value.name="y")
    ggplot(interp.df) +
        aes(x=x, y=y, color=Spline, group=Spline) +
        geom_line() +
        geom_point(data=knot.df) +
        scale_color_discrete(guide=FALSE)
}

Это позволяет вам просто вызывать autoplotобъект ns или bs. Принимая пример Джоубмана:

library(splines)
x <- seq(0, 1, by=0.001)
spl <- bs(x,df=6)
autoplot(spl)

который производит:

Основа автоплота

Изменить: это будет включено в следующую версию пакета ggfortify: https://github.com/sinhrks/ggfortify/pull/129 . После этого, я считаю, все, что вам нужно, это:

library(splines)
library(ggfortify)
x <- seq(0, 1, by=0.001)
spl <- bs(x,df=6)
autoplot(spl)
Райан К. Томпсон
источник