Можно ли создать график «параллельных множеств», используя R?

16

Благодаря вопросу Тормода (размещен здесь ) я наткнулся на сюжет « Параллельные множества» . Вот пример того, как это выглядит: введите описание изображения здесь (Это визуализация набора данных Титаник. Показывает, например, как большинство женщин, которые не выжили, принадлежали к третьему классу ...)

Я хотел бы иметь возможность воспроизвести такой сюжет с R. Можно ли это сделать?

Спасибо тал

Таль Галили
источник
1
Для идей о графике я всегда проверяю галерею R графа. Вот что-то отчасти похожее на то, что вы просите: R Graph Gallery параллельно . Я нашел это, щелкнув параллельно в облаке тегов, но могут быть и более подходящие варианты.
Ник Сабби
1
Спасибо Ник. Но это не сработает для категориальных данных без серьезной настройки кода (это также, вероятно, не лучшая база функций для создания этого). Я надеюсь, что кто-то уже мог сделать что-то подобное ...
Таль Галили

Ответы:

25

Вот версия, использующая только базовую графику, благодаря комментарию Хэдли. (Для предыдущей версии, см. Историю изменений).

третья попытка

parallelset <- function(..., freq, col="gray", border=0, layer, 
                             alpha=0.5, gap.width=0.05) {
  p <- data.frame(..., freq, col, border, alpha, stringsAsFactors=FALSE)
  n <- nrow(p)
  if(missing(layer)) { layer <- 1:n }
  p$layer <- layer
  np <- ncol(p) - 5
  d <- p[ , 1:np, drop=FALSE]
  p <- p[ , -c(1:np), drop=FALSE]
  p$freq <- with(p, freq/sum(freq))
  col <- col2rgb(p$col, alpha=TRUE)
  if(!identical(alpha, FALSE)) { col["alpha", ] <- p$alpha*256 }
  p$col <- apply(col, 2, function(x) do.call(rgb, c(as.list(x), maxColorValue = 256)))
  getp <- function(i, d, f, w=gap.width) {
    a <- c(i, (1:ncol(d))[-i])
    o <- do.call(order, d[a])
    x <- c(0, cumsum(f[o])) * (1-w)
    x <- cbind(x[-length(x)], x[-1])
    gap <- cumsum( c(0L, diff(as.numeric(d[o,i])) != 0) )
    gap <- gap / max(gap) * w
    (x + gap)[order(o),]
  }
  dd <- lapply(seq_along(d), getp, d=d, f=p$freq)
  par(mar = c(0, 0, 2, 0) + 0.1, xpd=TRUE )
  plot(NULL, type="n",xlim=c(0, 1), ylim=c(np, 1),
       xaxt="n", yaxt="n", xaxs="i", yaxs="i", xlab='', ylab='', frame=FALSE)
  for(i in rev(order(p$layer)) ) {
     for(j in 1:(np-1) )
     polygon(c(dd[[j]][i,], rev(dd[[j+1]][i,])), c(j, j, j+1, j+1),
             col=p$col[i], border=p$border[i])
   }
   text(0, seq_along(dd), labels=names(d), adj=c(0,-2), font=2)
   for(j in seq_along(dd)) {
     ax <- lapply(split(dd[[j]], d[,j]), range)
     for(k in seq_along(ax)) {
       lines(ax[[k]], c(j, j))
       text(ax[[k]][1], j, labels=names(ax)[k], adj=c(0, -0.25))
     }
   }           
}

data(Titanic)
myt <- subset(as.data.frame(Titanic), Age=="Adult", 
              select=c("Survived","Sex","Class","Freq"))
myt <- within(myt, {
  Survived <- factor(Survived, levels=c("Yes","No"))
  levels(Class) <- c(paste(c("First", "Second", "Third"), "Class"), "Crew")
  color <- ifelse(Survived=="Yes","#008888","#330066")
})

with(myt, parallelset(Survived, Sex, Class, freq=Freq, col=color, alpha=0.2))
Аарон - Восстановить Монику
источник
Аарон, вау, фантастический ответ - я хотел бы отметить его V дважды. Спасибо!
Таль Галили
2
Рад, что вам это нравится. Это было весело. :) Единственная сложная часть - получить места, где бары должны начинаться и заканчиваться (что находится в getpподфункции); остальное просто рисование полигонов.
Аарон - Восстановить Монику
1
Просто еще одна panel.textстрока. Смотрите редактировать.
Аарон - Восстановить Монику
1
Вы также можете сделать прозрачность в базовой графике.
Хэдли
2
Вы правы. Я полностью забыл об этом, так привык к решетчатому способу ведения дел. Для других, кто заинтересован, вы добавляете еще пару символов в вашу цветовую строку, например #FF000080,. ?rgbесть детали.
Аарон - Восстановить Монику