При сравнении файлов и обновлении репозитория исходного кода мне нравится использовать vimdiff. Чтобы скопировать изменения, сделанные из одного файла в другой, я обычно использую последовательность клавиш, например: Shift + V (select line) k or j; { or }; Up or down arrow keys (select more lines)...