13

Я пытаюсь установить пакет python rpy2с установкой pip в Ubuntu 16.04:

pip install rpy2==2.2.7

но получите сообщение об ошибке (см. полный вывод ниже):

Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-EuOI6K/unroll/

То же самое происходит с другими пакетами, например pip install unroll, или используя pip2. Я думал, что этот пост - та же проблема, но там она решается с помощью sudo.

Решения пробовали

Я попытался решения в этой должности , как: pip install --upgrade setuptools, (sudo) easy_install -U setuptoolsили sudo apt-get install python-setuptools, но безрезультатно.

информация о питоне / пипс

Кто-то предположил, что у меня может быть странная установка python / pip, вот несколько примеров:

sudo which python pip pip2 | xargs -rd '\n' readlink -f 
/usr/bin/python2.7   
/usr/local/bin/pip  
/usr/local/bin/pip2  

sudo python --version   
Python 2.7.12  

sudo pip --version  
pip 9.0.1 from /home/matifou/.local/lib/python2.7/site-packages (python 2.7)  
/usr/bin/pip2 --version  
pip 8.1.1 from /usr/lib/python2.7/dist-packages (python 2.7)

ls -l $(which pip); dpkg -S /usr/bin/pip
-rwxr-xr-x 1 root root 204 Nov  8 16:24 /usr/local/bin/pip
python-pip: /usr/bin/pip

Полный вывод ошибок

pip install rpy2 == 2.2.7  
Сбор rpy2 == 2.2.7 Использование кэшированного rpy2-2.2.7.tar.gz  
    Завершите вывод команды python setup.py egg_info:
    работает egg_info
    создание pip-egg-info / rpy2.egg-info
    написание pip-egg-info / rpy2.egg-info / PKG-INFO
    запись имен верхнего уровня в pip-egg-info / rpy2.egg-info / top_level.txt
    запись зависимых_связей в pip-egg-info / rpy2.egg-info / dependency_links.txt
    запись файла манифеста 'pip-egg-info / rpy2.egg-info / SOURCES.txt'
    Traceback (последний вызов был последним):
      Файл "", строка 1, в 
      Файл "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", строка 462, в 
        [os.path.join ('doc', 'source', 'rpy2_logo.png')])],
      Файл "/usr/lib/python2.7/distutils/core.py", строка 151, в настройке
        dist.run_commands ()
      Файл "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", строка 953, в run_commands
        self.run_command (CMD)
      Файл "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", строка 972, в run_command
        cmd_obj.run ()
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
линия 280, в прогоне
        self.find_sources ()
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
строка 295, в find_sources
        mm.run ()
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
линия 526, в прогоне
        self.add_defaults ()
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
строка 562, в add_defaults
        sdist.add_defaults (Я)
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
строка 36, в add_defaults
        self._add_defaults_ext ()
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
строка 119, в _add_defaults_ext
        build_ext = self.get_finalized_command ('build_ext')
      Файл "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", строка 312, в get_finalized_command
        cmd_obj.ensure_finalized ()
      Файл "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", строка 109, в sure_finalized
        self.finalize_options ()
      Файл "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", строка 155, в finalize_options
        config + = get_rconfig (r_home, о)
      Файл "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", строка 319, в get_rconfig
        rc = RConfig.from_string (rconfig, allow_empty = allow_empty)
      Файл "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", строка 279, в from_string
        + '\ nin string \ n' + string)
    ValueError: Неверная подстрока
    -fopenmp
    в строке
    -Wl, - export-dynamic -fopenmp -Wl, -Bsymbolic-functions -Wl, -z, relro -L / usr / lib / R / lib -lR -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lrt -ldl -lm

Сбой команды "python setup.py egg_info" с кодом ошибки 1 в / tmp / pip-build-EkrbmM / rpy2 /

pip install развернуть
Сбор unroll Использование кэшированного unroll-0.1.0.tar.gz
    Завершите вывод команды python setup.py egg_info:
    Загрузка http://pypi.python.org/packages/source/d/distribute/distribute-0.6.14.tar.gz
    Traceback (последний вызов был последним):
      Файл "", строка 1, в 
      Файл "/tmp/pip-build-QimGjp/unroll/setup.py", строка 2, в 
        ez_setup.use_setuptools ()
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", строка 145, в use_setuptools
        return _do_download (версия, база загрузки, to_dir, задержка загрузки)
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", строка 124, в _do_download
        to_dir, download_delay)
      Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", строка 193, в download_setuptools
        src = urlopen (url)
      Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", строка 154, в урлопене
        возврат opener.open (URL, данные, время ожидания)
      Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", строка 435, в открытом виде
        ответ = мет (запрос, ответ)
      Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", строка 548, в http_response
        «http», запрос, ответ, код, сообщение, hdrs)
      Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", строка 473, по ошибке
        вернуть self._call_chain (* аргументы)
      Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", строка 407, в _call_chain
        результат = func (* аргументы)
      Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", строка 556, в http_error_default
        поднять HTTPError (req.get_full_url (), код, msg, hdrs, fp)
    urllib2.HTTPError: Ошибка HTTP 403: требуется SSL

Сбой команды "python setup.py egg_info" с кодом ошибки 1 в tmp / pip-
наращивание QimGjp / развертываться /

python python-2.7 pip Matifou
источник

R уже установлен?

Lapisdecor

1

Попробуйте запустить его с -Hфлагом, какsudo -H

Джордж Удосен

Извините, но это слишком грязно для меня, чтобы чувствовать, что помогаю кому-то распутать это в данный момент. Даже с наградой. Спасибо за ваши напоминания, хотя.

Дэвид Фёрстер

Спасибо @George, но, к сожалению, даже с sudo -Hэтим он не работает :-(

Matifou

4

Обновление `setuptools`с использованием`pip`

Версия python-setuptoolsв репозитории пакетов Ubuntu 16.04 LTS устарела / не поддерживается. Обновите его, pipвместо того чтобы полагаться на менеджер пакетов:

$ sudo pip install --upgrade setuptools

Серж Строобандт
источник

1

Решение, которое я выбрал для своего собственного вопроса: предложенные ответы не решили проблему, поэтому я в итоге использовал conda, создавая специальную среду для нужного мне пакета, и это сработало! Это не лучшее решение, тем более, что оно требует установки параллельной версии (можно использовать миниконду в качестве места), но оно практично!

Matifou
источник

1

Обновление setuptoolsне решило мою проблему. Тем не менее, указав пункт для обновления, сделал.

Следующая команда разрешила мою проблему (из этого ответа )

pip install --upgrade pip

RTbecard
источник

Спасибо, обновление setuptoolsтакже не работает для меня. Но обновление pipрешает проблему.

Fsevenm

0

вам нужно получить инструменты настройки и, вероятно, модули разработчика, наберите следующее

sudo apt-get install python-setuptools
sudo apt-get install python-dev

может иметь смысл сначала обновить pip, чтобы убедиться, что нет ничего, кроме гладкой работы, это можно сделать, набрав

sudo apt install python-pip

удачи

rhubarbdog
источник

1

Спасибо. Но у меня на самом деле уже установлены эти три, в их новейшей версии ...

Matifou

pip install выдает «Command» python setup.py egg_info «ошибка с кодом ошибки 1»

Решения пробовали

информация о питоне / пипс

Полный вывод ошибок

Ответы:

Обновление `setuptools`с использованием`pip`

pip install выдает «Command» python setup.py egg_info «ошибка с кодом ошибки 1»

Решения пробовали

информация о питоне / пипс

Полный вывод ошибок

Ответы:

Обновление setuptoolsс использованиемpip

Обновление `setuptools`с использованием`pip`