Сложность моделирования МД

Я новичок в моделировании молекулярной динамики (MD). Какова сложность моделирования молекулярной динамики с точки зрения времени моделирования? Другими словами, если я хочу увеличить моделируемое время с 10 наносекунд до 20 наносекунд, что я могу ожидать с точки зрения увеличения времени выполнения?

molecular-dynamics complexity Даниэль Стендж
источник

Ответы:

O(n) $\Delta t$

Брайан Диггс
источник

Кроме того, сложность с точки зрения размера моделируемой системы обычно масштабируется с O (n ^ 2), когда не используется модифицированная электростатика, такая как PME.

Кит Калленберг

@KeithCallenberg Это правда; Я не упоминал об этом, так как вопрос не задавал этого. Это могло бы быть более полным , чтобы сказать , что это , как весы , O(n^2)O(t)где nесть размер (число частиц) , и tэто число шагов по времени (промежуток времени моделировало , деленный на размере каждого временного шага).

Брайан Диггс

Это немного сложнее, не так ли? Это должно быть O (N ^ 2), если вы изучаете системы без отсечек; O (N log N), если вы работаете с незаряженными системами с отсечкой или заряженными системами с сеточными подходами.

Aeismail