Сложность моделирования МД

14

Я новичок в моделировании молекулярной динамики (MD). Какова сложность моделирования молекулярной динамики с точки зрения времени моделирования? Другими словами, если я хочу увеличить моделируемое время с 10 наносекунд до 20 наносекунд, что я могу ожидать с точки зрения увеличения времени выполнения?

Даниэль Стендж
источник

Ответы:

16

O(n)ΔT

Брайан Диггс
источник
6
Кроме того, сложность с точки зрения размера моделируемой системы обычно масштабируется с O (n ^ 2), когда не используется модифицированная электростатика, такая как PME.
Кит Калленберг
1
@KeithCallenberg Это правда; Я не упоминал об этом, так как вопрос не задавал этого. Это могло бы быть более полным , чтобы сказать , что это , как весы , O(n^2)O(t)где nесть размер (число частиц) , и tэто число шагов по времени (промежуток времени моделировало , деленный на размере каждого временного шага).
Брайан Диггс
1
Это немного сложнее, не так ли? Это должно быть O (N ^ 2), если вы изучаете системы без отсечек; O (N log N), если вы работаете с незаряженными системами с отсечкой или заряженными системами с сеточными подходами.
Aeismail