Визуализация очень больших графов ссылок

Я ищу инструмент для визуализации очень больших графиков направленных ссылок. В настоящее время у меня есть ~ 2 миллиона узлов с ~ 10 миллионами ребер. Я пробовал несколько разных вещей, но большинству требуются часы, чтобы даже сделать графы узлов 100k

Что я пробовал:
я провел день с Gephi, но для добавления узлов 80K требуется около часа, и приложение становится практически бесполезным.

Какие-либо предложения?

Интерактивная визуализация будет плюсом.

Графвиз должен работать. Я полагаю, что изображения, связанные с матрицами в коллекции разреженных матриц Университета Флориды, были визуализированы с использованием sfdp, алгоритма визуализации с направленной силой, разработанного Ифаном Ху. Большинство матриц в коллекции имеют вычислительное время, связанное с генерацией соответствующей визуализации, поэтому вы можете найти матрицы, графики которых имеют характеристики, аналогичные тем, которые вы хотите визуализировать. Например, для построения графа с ~ 2,1 миллиона узлов и ~ 3 миллионами ребер Ху ~ 36000, или 10 часов, Хотя неясно, какое оборудование использовалось для создания графика, вероятно, разумно предположить, что использовался настольный компьютер или ноутбук, и время, по крайней мере, даст вам приблизительное представление о том, сколько времени может потребоваться для визуализации графика. Алгоритм Ху, кажется, является одним из самых современных алгоритмов визуализации (он опубликовал его в 2005 году), но, не будучи экспертом в этой области, я не могу говорить о том, существуют ли лучшие алгоритмы. Этот алгоритм включен в Graphviz в качестве опции и предназначен для использования на больших графиках, таких как описанный вами.

JavaScript InfoVis Toolkit имеет аккуратный интерактивный интерфейс для аннотированных локальных просмотров графиков. Эти демоверсии могут иметь отношение к вам:

• Зависимости пакета Debian (примечание: это архивная страница без сценариев)
• Полосовое дерево (вот еще одна локальная версия для изучения )

Посмотрите Graphinsight 1.2, он может легко справляться с миллионами узлов, он интерактивный и в 3D.

Вы также можете разметить графы с миллионами узлов и ребер с помощью высокоэффективных алгебраических методов или методов принудительной направленности. Это доступно в пробной версии для оценки ( Отказ от ответственности: я один из авторов программы ).

www.graphinsight.com

Вот некоторые рекомендации и ссылки, собранные с течением времени:

• Для узлов 2M трудно порекомендовать что-либо, не зная вашего аппаратного обеспечения, и, возможно, необходимо некоторое сокращение данных, но, взяв материал, который находится в свободном доступе, zGrViewer может соответствовать вашим потребностям в визуализации (требуется GraphViz).
• Следуя идее @pyCthon, предложите вам взглянуть на VisIt для интерактивности в построении графиков.
• Я повторно посещаю igraphпакет для статистического языка R , который включает в себя , среди прочего, аккуратные алгоритмы компоновки ( Fruchterman-Reingold и Kamada-Kawai ).
• Библиотека больших графических макетов теперь находится на SourceForge.

Мы создавали http://www.github.com/graphistry/pygraphistry, чтобы сделать это в большинстве браузеров и ноутбуков. Идея состоит в том, чтобы использовать WebGL для рендеринга больших графиков (панорамирование / масштабирование и т. Д.) И перенести большую часть вычислений в реальном времени (макет, фильтр и т. Д.) В облако GPU. Он похож на Gephi или Cytoscape, но больше внимания уделяется большим графикам и анализу данных, а также интеграции в сеть и ноутбуки.

Вы можете попробовать "Tulip" [1], я думаю, что он может обрабатывать довольно большие графы (по крайней мере, я пробовал это с 10K до 100K узлов, и это работало хорошо).

[1] http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/