write.table записывает нежелательный ведущий пустой столбец в заголовок, когда имеет rownames
проверьте этот пример: > a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3])) > a A B C A 1 4 7 B 2 5 8 C 3 6 9 таблица отображается правильно. Есть два разных способа записать его в файл ... write.csv(a, 'a.csv') что дает, как и ожидалось: "","A","B","C"...