Ошибка загрузки rJava в RStudio / R после «обновления» до OSX Yosemite

Недавно я "обновился" с OSX Mountain Lion до Yosemite и с R 3.1.3 до 3.2. Сразу после обновления, когда я открыл R или RStudio, я получил всплывающее сообщение о том, что мне нужно установить Java 6. Кроме того, загрузка rJavaлюбого пакета, который зависит от rJava (например, xlsx), вызвала сбой RStudio (R также разбился. когда я попробовал это, открыв R.appнапрямую).

Попробовав несколько исправлений, найденных в Stack Overflow и в других местах (более подробная информация ниже), я нахожусь в точке, где загрузка rJavaили любой другой пакет, который зависит от, rJavaбольше не вызывает сбой R, но приводит к следующей ошибке:

library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

Однако, если я вызываю R из командной строки, а затем загружаю rJavaили любой другой пакет, который зависит от rJavaнего, кажется, что он работает (или, по крайней мере, я не получаю сообщений об ошибках).

Я пробовал несколько различных попыток исправления, некоторые из них несколько раз, и не могу точно вспомнить, что именно я делал в каком порядке (не понимал, что это будет такое болото, и на самом деле не отслеживал) , но вот суть:

• В мой .bash_profile(за этот SO-ответ ) добавлено следующее :

  экспорт JAVA_HOME = "/ usr / libexec / java_home -v 1.8"
  экспорт LD_LIBRARY_PATH = $ JAVA_HOME / jre / lib / server

• Перенастроил java из командной строки следующим образом:

  sudo R CMD javareconf -n

• Проверил options("java.home")и обнаружил, что для него установлено значение NULL. Я попытался установить его следующим образом (по этому вопросу SO ):

  опции ( "java.home" = "/ Library / Java / JavaVirtualMachines / jdk1.8.0_45.jdk / Содержание / Главная / JRE")

• Установил последнюю версию Java Development Kit и переустановил rJavaиз исходников (не помню, где нашел).

В какой-то момент, пробуя все это, я смог загрузить rJavaR без сбоя, но вместо этого получил сообщение об ошибке, опубликованное выше. Кроме того, когда я выхожу из RStudio, казалось, что программа закрывается нормально, но затем появляется сообщение «RStudio неожиданно завершает работу», указывающее на то, что программа вылетела из строя при попытке закрыть.

В конце концов я решил установить Java для OS X 2014-001 (Java 6), поскольку мне казалось, что у меня заканчиваются варианты. Теперь, когда я открывал R или RStudio, всплывающее сообщение «Этому программному обеспечению требуется Java 6» больше не появлялось. Однако я все еще получал .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'сообщение об ошибке, опубликованное выше.

При просмотре некоторых сообщений, которые я уже просматривал, я заметил еще один ответ SO, который я пропустил раньше, который рекомендовал открыть RStudio с помощью следующего кода командной строки, который дает RStudio правильный путь к java:

LD_LIBRARY_PATH = $ (/ usr / libexec / java_home) / jre / lib / server: открыть -a RStudio

Это открыло окно RStudio, и я также смог загрузить rJavaи пакеты, которые зависят от него, без ошибок.

Наконец, я попытался запустить R из командной строки (чего раньше не делал). Оказывается, в командной строке загрузка rJavaили какой-либо зависящий от него пакет rJavaработает и не выдает никаких ошибок.

Итак, теперь я могу приступить rJavaк работе, если открою RStudio из командной строки с кодом, который дает RStudio путь java (как указано выше). Однако я хотел бы найти способ решить основную проблему, какой бы она ни была, чтобы RStudio можно было открывать обычным способом Mac, без необходимости использования кладжа командной строки. Я также обеспокоен тем, что установка старой версии Java может вызвать проблемы в будущем.

Есть ли у кого-нибудь идеи, как диагностировать и решить эту проблему?

У меня была та же проблема, и я проделал те же шаги, что и вы. Последним шагом, позволяющим запустить RStudio через Finder / Spotlight, было привязать libjvm.dylib к / usr / local / lib:

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

-f добавлен флаг для принудительной перезаписи существующего файла / ссылки

В OSX El Capitan 10.11 у пользователя нет разрешения на запись в / usr / lib. Поэтому вместо этого используйте следующую команду:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Вы можете загрузить libjvm.dylib явно, запустив как

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

В macOS High Sierra (10.13.1) и Java версии 9 вам необходимо использовать немного другой путь JVM (обратите внимание на отсутствующую jreпапку в пути по сравнению с инструкциями для более ранних версий Java):

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Вы также должны уведомить R о JVM:

MY_R_VERSION=$(Rscript -e "cat(with(R.version, sprintf('%s.%s', major, substring(minor, 1, 1))))")
ln -s /usr/local/lib/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/$MY_R_VERSION/Resources/lib/

Следующая команда работает:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

После этого в RStudio загрузка rJava происходит через загрузку пакета «xlsx».

library("xlsx")

Среда PS # 1: Mac OS X El Capitan 10.11.3+ с RStudio 0.99.491+ и R 3.2.3+. (Сейчас я тестировал это также на macOS Sierra (10.12) и R.3.3.1.)

PS # 2 Я считаю, что openxlsxэто намного быстрее и не зависит от Java в работе, поэтому сейчас я использую этот пакет. Надеюсь, что это поможет другим.

Вы должны иметь возможность использовать CRAN rJava без необходимости перекомпилировать rJava или выполнять какие-либо дополнительные действия, связывая разделяемую библиотеку с каталогом библиотек R frameworks.

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

Вот как я настроил его, чтобы он работал правильно на двух Mac под управлением Mac OS X El Capitan (10.11.6):

1. Удалите 'rJava', выполнив следующие команды в окне терминала:

   Rscript -e 'remove.packages("rJava")'
   sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")'

2. Загрузите и установите программное обеспечение Java из Oracle: https://www.java.com/en/download/mac_download.jsp

3. Добавьте следующие строки в /Users/<userid>/.bashrcсвой любимый редактор:

   # Set JAVA_HOME so rJava package can find it
   export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre

4. Закройте и перезапустите все окна терминала, R и RStudio (чтобы сохранить изменения .bashrc).

5. Выполните следующую команду в окне терминала:

   sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

6. Выполните следующую команду в окне терминала:

   sudo Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'

Вот простые шаги для этого:

1. удалить пакет rJava: remove.packages (rJava)
2. закрыть R
3. установите последнюю версию Java на свой Mac
4. откройте терминал и введите эту команду: sudo R CMD javareconf

5. Откройте R и установите rJava с помощью этой команды:

   install.packages ("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")

Проблема «образ не найден» существует при новой установке на OSX High Sierra с последней версией Java SE 10 JDK.

Мне удалось решить проблему пути с помощью rJava, используя исправление, найденное на странице проблем rJava Github: https://github.com/su/rJava/issues/78

R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS = -I / System / Library / Frameworks / JavaVM.framework / Headers

Вот что у меня сработало на MAC:

1. в вашем ~/.profileили ~/.bashrcдобавьте эту строку: %export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_102.jdk/Contents/Home

   1.1 % source .profile(или % source .bashrc)

2. % sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
3. remove.packages(rJava)
4. remove.packages(Rweka)
5. В терминале введите эту команду: %sudo R CMD javareconf
6. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
7. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
8. Загрузите свой library("rJava", "RWeka")

Удачи.

Может быть, еще один простой ответ, который не касается вашей файловой системы:

$ install_name_tool -add_rpath /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

(Замените jdk1.8.0_131.jdkсвоим путем JDK.)

Проверьте расположение файла libjvm.dylib.

Попробуйте это, в моем случае это сработало:

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Я прошел через все способы устранения неполадок, которые смог найти, а затем установил jdk-11.0.1_osx-x64_bin.dmg из: Oracle downloads

После этого все заработало отлично.

Проверьте версию библиотеки, которая не была загружена при запуске библиотеки ('rJava'), и сопоставьте ее с версией java, которая вам нужна.

Я заметил, что rJava довольно строго относится к версии JDK при загрузке в Rstudio.
В моем случае (Mac OS. 10.14.6 - Мохаве) я установил jdk-13, который был протестирован против jdk-11.
Я связал свою версию JDK с несуществующим каталогом, который, как предполагалось, действовал в Rstudio (JDK 11):

sudo ln -sf /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.jdk/ /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk

и на удивление он работает как шарм ...
Кстати, не было проблем с запуском 'rJava', следуя предыдущим инструкциям в родном R.

Здесь вы можете загрузить устаревшую версию Java 6 для El Capitan: https://support.apple.com/kb/DL1572?viewlocale=en_US&locale=en_US После этого пакет rJava у меня работает.

Эта строка ниже решила ту же проблему, что и у меня с rJavaпакетом, как и некоторые другие в этом обсуждении. Я уверен, что есть несколько решений этой проблемы, и я искренне благодарю их всех за их вклад, потому что иногда одна строка, подобная приведенной ниже, позволяет сэкономить много времени, чтобы не попасть в корзину!

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Выполните в командной строке следующее: sudo R CMD javareconf

Об этом упоминалось в нескольких решениях выше, но они также предлагают удалить, а затем переустановить rJavaпакет. Я счел эти дополнительные шаги ненужными.

Вы можете изменить ссылку в R с помощью следующей команды:

sudo install_name_tool -change /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so