На http://docs.joomla.org/Selecting_data_using_JDatabase нет документированного метода написания подзапроса с использованием JDatabase. https://gist.github.com/gunjanpatel/8663333 иллюстрирует один из способов сделать это с помощью нескольких пропущенных битов: $subQuery = $db->getQuery(true);...