Как ученые придумали правильные параметры и топологию скрытой модели Маркова для использования?

Я понимаю, как скрытая марковская модель используется в геномных последовательностях, таких как поиск гена. Но я не понимаю, как придумать конкретную марковскую модель. Я имею в виду, сколько состояний должна иметь модель? Сколько возможных переходов? Должна ли модель иметь петлю? Как они узнали...