Спонтанное появление репликаторов в искусственной жизни

11

Одним из краеугольных камней «Эгоистичного гена» (Докинза) является самопроизвольное появление репликаторов, то есть молекул, способных к самовоспроизводству.

Было ли это смоделировано in silico в эволюционных / искусственных симуляциях жизни с открытым концом?

Такие системы, как Avida или Tierra, явно определяют механизмы репликации; другие генетические алгоритмы / системы генетического программирования явно ищут механизмы репликации (например, чтобы упростить универсальный конструктор фон Неймана)

Приветствуются ссылки на симуляции, когда репликаторы появляются из исконного цифрового супа.

sihubumi
источник
1
Насколько «супным» должен быть здесь изначальный суп? Не существует тренажеров, работающих на уровне атомно-химического взаимодействия. Но если мы начали со строительных блоков более высокого уровня, они, вероятно, будут включать некоторые правила, которые помогают создавать репликаторы.
Нил Слэйтер
1
Чем проще, тем лучше. Не заинтересованы в моделировании на химическом уровне. Суп может быть двумерным / трехмерным массивом целых чисел с произвольным значением (например, кодами операций).
Сихубуми
Avida похожа на «core wars» - программу для моделирования искусственной жизни. Идея упростить реальную биологию в легкое для понимания виртуальное моделирование звучит многообещающе. Возможно, можно создать самовоспроизведение сначала в Avida, а затем использовать эти знания для мониторинга реальных молекул. В литературе термин «искусственное самовоспроизведение» используется для описания игровых сред, а подтема называется « Искусственная химия» .
Мануэль Родригес
@ManuelRodriguez: OP уже упоминается об Avida, и репликация уже встроена как данность, поэтому ее нельзя использовать для изучения появления репликации.
Нил Слэйтер
Посмотрите на игру жизни Конвея. Простые правила порождают репликаторов, таких как планеры. Это не слишком большой скачок, чтобы увидеть, как это может произойти в биологии.
Рэй

Ответы:

2

Системный подход

Давайте приступим к тиражированию системы реального времени S:XY|I , гдеX представляет собой эмпирическая непрерывная история ввода иY эмпирической непрерывной истории выхода, обусловленный при реальной начальном состоянии системыI . Основываясь на некотором определении, мы требуем, чтобыS был живым.

Мы не можем имитировать репликацию теоретической модели жизни с эгоистичным геном или любым другим подобным атрибутом просто потому, что не существует математически краткой модели, на которой могло бы базироваться моделирование. На момент написания этой статьи известны только намеки и детали такой модели.

Кроме того, модели представляют собой математические представления, которые на протяжении всей истории человечества оказываются аппроксимациями сложностей после устранения аномалий и разработки новых моделей для включения их в теорию. 1

Примерно определенное моделирование

Если мы рассмотрим общий алгоритм A для репликации S , репликация может быть примерно построена следующим образом.

  • Расчетная система S , по существу , формируя гипотезу H .
  • Имитировать начальное состояние I .
  • Инициировать ряд дискретных раздражителей Xt аппроксимирующого реальную и непрерывную X .
  • Acquire в результате чего поведение системы Yt в виде дискретных наблюдений Y .
  • Убедитесь, что разница между моделируемой и фактической системами находится в пределах допустимой ошибки ϵ .

Определение спонтанного возникновения

Под самопроизвольным появлением подразумевается, что возник такой астрономически большой массив начальных состояний и последовательностей стимулов, что существует высокая вероятность того, что одна из перестановок будет живой, основываясь на каком-то конкретном и разумном определении того, что является живым.

Определение жизни

Рассматривая несколько определений живых организмов, наиболее разумными являются следующие:

  • Организм можно отличить от окружающей его среды.
  • Организм может приобретать и кэшировать потенциальную энергию и материалы, необходимые для работы.
  • Его деятельность включает в себя непрерывное приобретение, обеспечивающее двусторонние и устойчивые отношения с окружающей средой.
  • Организм может грубо размножаться.
  • Воспроизведение похоже на родителей, но не совсем так.
  • Метод получения энергии и материалов может включать потребление других организмов или его энергии и материалов.

Конкуренция за ресурсы, естественный отбор и все другие особенности эволюционной теории являются следствием вышеуказанных пяти требований. В дополнение к этому не следует сбрасывать со счетов нынешнюю тенденцию признания симбиогенеза в качестве общей темы появления видов.

  • На репликацию одного организма может влиять состав другого организма посредством таких форм ассимиляции или симбиоза, что признаки передаются через категории организмов.

Искусственная жизнь как симуляция

Эти семь критериев создают проблему для людей, пытающихся искусственно генерировать жизнь. Легко создать компьютерную модель, в которой жизнь каким-то образом моделируется. Посмотрим как.

  • Среда содержит виртуальную энергию и виртуальную материю.
  • Модель организма, отличная от окружающей его среды, может получать свои эксплуатационные потребности из окружающей среды посредством ряда операций над ней.
  • Матер и энергия сохраняются, потому что температуры намного ниже ядерных порогов.
  • Модель организма позволяет получать данные только в том случае, если было получено достаточно энергии и материалов для поддержания кеша.
  • Матер и энергия, приобретенные одним организмом, не могут быть приобретены другим организмом, кроме как путем потребления или поглощения организмом, который приобрел или произвел его из того, что было приобретено.
  • Модель организма может самовоспроизводиться таким образом, что стохастические различия в репликации вводятся в небольших количествах.
  • Операционная информация, включая информацию о репликации, может быть получена посредством потребления или симбиотических отношений при некоторых условиях.

Волшебные гены для спонтанной жизни

Обратите внимание, что эгоистичный ген не упомянут выше. Эгоизм, обязательным условием которого является намерение, не является требованием для жизни. Амеба не думает эгоистично, когда движется или ест. Работает безрассудно. Мы не должны антропоморфизировать каждый организм, который мы изучаем, или развивать теорию, основанную на антропоморфных концепциях.

Точно так же образуются симбиотические отношения, которые не являются ни любящими, ни альтруистическими. Они существуют, потому что есть взаимная выгода, которая появилась как непреднамеренный побочный продукт нормальных операций, и оба симбиотических родителя передали эту симбиотическую связь своему соответствующему потомству. Взаимная выгода, симбиоз и тиражирование бессмысленны и непреднамеренны.

Не должно быть механизма контроля, отличного от всех других тиражируемых механизмов, для управления симбиотическим сотрудничеством или конкуренцией. Они тоже являются естественными последствиями существования живых существ в одной среде. Умирает ли организм, потому что это

  • Потерял свой симбионт,
  • Голодает, потому что другие организмы потребляли его,
  • Сам организм истощил свои собственные ресурсы, или
  • Эти необходимые ресурсы были иначе недоступны,

он все еще неспособен к копированию, поэтому его черты умирают вместе с ним.

Также обратите внимание, что не существует известной молекулы, которая могла бы копировать себя. Сложные системы молекул в различных химических состояниях и равновесиях необходимы для воспроизводства.

Возвращаясь к моделированию уже существующего организма

S

AS

Открытость требует проверки для получения заслуг

Наиболее существенное ограничение на реализации in silico заключается в том, что они никогда не могут быть действительно открытыми.

На момент написания этой статьи невозможно воспроизвести то, что было смоделировано вне системы моделирования. До тех пор, пока нанотехнологии не достигнут точки, в которой трехмерное конструирование и сборка могут перенести живые симуляции в неимитируемую вселенную, эти симуляции, таким образом, закрыты и их жизнеспособность in vito не проверена. Ценность открытых симуляций без какого-либо способа их проверки, по сути, равна нулю, за исключением развлечений.

Даже в области цифрового моделирования, насколько эта технология развивалась, ничего даже близко к универсальному конструктору фон Неймана не было достигнуто. Хотя универсальные конструкторы функциональных копий доступны на языках Scheme, LISP, C ++, Java и более поздних, это незначительный шаг к живым объектам на компьютерах.

Цифровой суп

ASS

Проблема с исконным цифровым супом - один из комбинаторных взрывов. На поверхности Земли 510 миллионов квадратных километров, и возможны только три категории временных рамок возникновения жизни.

  • Текущие оценки близки к верным, что Земля образовалась 4,54 миллиарда лет назад, а чрезвычайно примитивная жизнь возникла 3,5 миллиарда лет назад.
  • Органический материал, найденный в Канаде, возраст которого предположительно составляет 3,95 миллиарда лет, сокращает разрыв между образованием планет и формированием жизни на нем, и, возможно, можно обнаружить более древнюю земную жизнь
  • Комментарий Владимира Вернадского о том, что жизнь, возможно, существовала на земле, - это больше, чем просто возможность

(4.543.5)109510106

При нанопленках диаметром 20 нм и возможности того, что появление могло занять всего одну секунду, мы должны смоделировать в трех измерениях во времени следующую область пространства-времени в конечных элементах с перекрытием по меньшей мере на 50% во всех трех измерениях.

23(4.543.5)109510106(1,8008,372)365.25246060(20109)3=170,260,472,379109+6+27=1.71056

С квантовым компьютером, который на два этажа превышает размер Швейцарии, время вычислений значительно превысит продолжительность жизни среднего вида на Земле. Люди, скорее всего, вымрут до завершения вычислений.

Поскольку датировка самых старых найденных окаменелостей сходится на датировке Земли, может показаться, что жизнь быстро возникла на земле, но это не логический вывод. Если жизнь сформировалась, как только Земля достаточно остыла, и в оставшиеся миллиарды лет не было обнаружено никаких признаков ее непрерывного появления, то вывод Вернадского о том, что жизнь пришла на землю через одно или несколько пораженных ею тел, становится более вероятным.

Если это так, то нужно задать вопрос, если все предположения отброшены, есть ли у жизни начало.

Имитация жизни против симуляции ее формирования

ASS

BSAB

Приведение физики вне компьютера в симуляцию может быть невозможным. Будет ли симулированная жизнь, когда она воплощена в роботизированной системе, действительно рассматриваться как жизнь, будет оставлено нашим потомкам, если вид будет достаточно выносливым.

Сноски

[1] Классические случаи включают в себя гелиоцентрическую систему Коперника, уступающую Закону Гравитации, причем этот закон показывает приближение общей теории относительности, о чем свидетельствует правильное предсказание орбиты Меркурия и кривизны света около Солнца, Четыре Элемента, отклоненные в в свете открытия Лавуазье кислорода и абсолютной доказуемости истины в замкнутой символической системе, опровергнутой Геделем во второй теореме о неполноте, а затем частично (с точки зрения вычислимости) окупаемости по теореме Тьюринга о полноте.

Дуглас Дасеко
источник
1

Хотя трудно доказать отрицание, я не думаю, что это было сделано.

Самые продвинутые симуляции низкоуровневых функций не способны масштабировать для симуляции достаточно больших популяций на достаточно больших временных масштабах, когда научный консенсус утверждает, что это произошло в реальности.

Хотя вы говорите, что вы не заинтересованы непосредственно в химии, но в некотором абстрактном субстрате, я использую химию в качестве примера задачи. Это потому, что создание упрощенного субстрата с достаточно богатым эмерджентным поведением нетривиально. Химические элементы по существу имеют правила о том, как они объединяются в более крупные физические структуры (посредством различных механизмов связи), и в них вовлечено только приблизительно дюжина типов атомов. Это на самом деле достаточно просто и доступно на самом низком уровне. Проблемы возникают из-за разного масштаба структур - создания «единичных» молекул (оснований ДНК / РНК, белковых пептидов, липидов, оснований сахаров и т. Д.), Создания полимеров из этих звеньев, взаимодействий между полимерами, физических структур, созданных и разрушенных этими взаимодействиями. каждый из которых проявляет более сложное поведение. Эта структурная иерархия, вероятно, требуется для любого самовоспроизводящегося механизма, который не просто получает питание от устройств более высокого уровня напрямую. В вашем вопросе вы хотите найти самовоспроизводящуюся, а не разработанную саморепликацию. , , поэтому кормление в этих подразделениях более высокого уровня, вероятно, будет считаться обманом.

У нас, вероятно, нет вычислительной мощности для правильного моделирования даже эксперимента Миллера-Юри, который далек от саморепликации - химическое моделирование in silico ограничено такими вещами, как расчеты сворачивания белка, и они далеки от реального времени. Внутри только одной бактериальной клетки, готовящейся к делению, белки образуются и складываются сотнями каждую секунду.

Одна вещь, которая была сделана, состоит в том, чтобы создать самовоспроизводящуюся машину в игре жизни Конвея под названием «Близнецы» . Это было разработано, а не спонтанно создано. Тем не менее, он будет иметь очень низкий, но ненулевой шанс самопроизвольного создания со случайной инициализацией. Это был бы очень хрупкий репликатор, однако любая мутация или столкновение с другими активными элементами, скорее всего, сломало бы его. Эксперимент по попыткам случайного / спонтанного создания Близнецов в вычислительном отношении невозможен.

1030108года. В основном это гипотеза о том, что этого достаточно для создания Первоначального Предка Дарвина - это в основном логическая экстраполяция теории эволюции, следуя принципу Бритвы Оккама о поиске простейшего совместимого объяснения.

Нил Слэйтер
источник
То, что нужно «большое количество вычислений», неверно. Если сотовый автомат основан на естественном языке, который действует как эвристика, то возможно построить самовоспроизводящиеся системы на энергоэффективном 8-битном процессоре 6502 с частотой 1 МГц.
Мануэль Родригес
@ManuelRodriguez: Я думаю, что вы не правы - вычисления связаны с поиском самореплицирующихся комбинаций, а не для запуска скромного числа кадров небольшого клеточного автомата. Мой ответ по существу говорит, что вам нужен очень большой CA (или любая другая низкоуровневая модель), работающая на огромном количестве кадров, а требуемый масштаб намного превосходит наши текущие вычислительные возможности. Если у вас есть доказательства в противном случае, пожалуйста, свяжите систему, которая делает так, как просит ОП. Кроме того, не связывайте вычисления с требованиями к мощности.
Нил Слейтер
@ManuelRodriguez: Еще один способ выразить это: да, можно создать робота с низким уровнем энергопотребления и самовоспроизводящимся роботом. Однако процесс, который «самопроизвольно» привел к тому, что из кучи песка и металлической руды на поверхности планеты потребовались миллиарды лет сложных событий (включая появление органической жизни, достаточно сложной, чтобы понять, как ее построить). ОП спрашивает об изучении этого процесса, а не об окончательной машине.
Нил Слэйтер
Я не думаю, что возможно смоделировать вопрос OP, так как точно не известно, как репликаторы оживают, и существует много противоречий вокруг этого ... как мы можем смоделировать что-то, что у нас нет никакой идеи ... это можно думать о чем-то вроде большого взрыва.
DuttaA
Этот ответ согласуется с тем, что я прочитал на эту тему.
DukeZhou
0

Изначальные репликаторы могут быть проще, чем вы думаете. Проверьте это видео:

Самовоспроизведение: как молекулы могут делать копии самих себя
[Источник: Университет Грёнингена]

В шумной обстановке вы получаете естественную мутацию. И вуаля, репликация + мутация = эволюция.

луч
источник
1
Это хорошая ссылка, актуальная для разговора. Тем не менее, ответы только на ссылки здесь не считаются качественными. Было бы полезно подвести итог видео более подробно, а также связать его с первоначальным вопросом - о том, чтобы такая организация возникла спонтанно в среде с кремнием / кодом (хотя видео является мысленным экспериментом, который кажется выполнимым для химическая система).
Нил Слэйтер
Я на самом деле не думаю, что резюме поможет; некоторые вещи лучше показаны, чем объяснены. Но, пожалуйста, не стесняйтесь добавлять ответ, если хотите. Также должно быть легко представить решение in silico. Фактические детали реализации не добавят много.
Рэй
1
Я уже добавил ответ. Если резюме не поможет, пожалуйста, найдите другой способ сделать этот ответ автономным. Цель сайта состоит в том, чтобы пары вопросов и ответов не полагались на ссылки. Хороший способ оценить это: если ваша ссылка перестала работать, будет ли ответ по-прежнему полным и полезным?
Нил Слэйтер
-1

Как описал Нил Слэйтер в первом ответе, трудно понять, как самовоспроизводящийся организм работает внутри. Потому что количество возможных действий огромно, и невозможно проверить их все в эволюционном процессе. Для решения этой проблемы в биохимии используется связь между молекулами. Предполагается, что имеется символический язык, который имеет иерархическую структуру, и этот язык позволяет описывать более сложные операции. Термин « Биосемиотика» , цитата:

«Экспериментальное доказательство генетического кода само по себе не казалось достаточным, чтобы классифицировать клетку как семиотическую систему, но Патти утверждал, что этого становится достаточно, когда мы объединяем его с теорией самовоспроизводящихся автоматов, разработанной Джоном фон Нейманом. Барбьери, Марчелло. «Краткая история биосемиотики». Biosemiotics 2.2 (2009): 221-245.

Прежде чем станет возможным создавать самовоспроизводящиеся системы, необходимо проанализировать существующие естественные системы. Или, если быть более точным, «анализатор действий» интерпретирует язык молекул в процессе их самовоспроизводства. После того, как синтаксический анализатор работает, его можно использовать в резервном направлении, то есть передавать случайные сигналы синтаксическому анализатору и исследовать, как будет выглядеть результат на семантическом уровне.

Мануэль Родригес
источник
«Для решения этой проблемы в биохимии используется связь между молекулами». - молекулы не общаются с целеустремленным поведением, нет эвристики в отношении самовоспроизведения. Ваша фраза (и остальная часть ответа) предполагает, что каким-то образом биохимия решает проблему открытия самореплицирующихся молекул, потому что эти молекулы имеют некоторый код или программу для достижения цели самовоспроизведения. Нет никаких доказательств того, что я знаю о таком кодировании / целях. Существует слабый антропный принцип, который демонстрирует, что саморепликация возможна с использованием химии.
Нил Слэйтер
Насколько я понимаю, вы отвечаете на вопрос о том, как могут работать самовоспроизводящиеся системы. ОП задает вопрос о том, как может появиться самовоспроизводящаяся система . Ваш ответ на эту часть здесь «невозможно проверить их все в эволюционном процессе», что, по сути, тоже говорит мой ответ.
Нил Слейтер
@ NeilSlater Насколько я понимаю, вы не уверены, что у молекул есть язык. Возможно, потому что у них нет мозга и рта, чтобы говорить? Это правильно, и существует необходимость описывать химию не только сама по себе, но как часть социологического понимания физики. Это означает, что язык не является частью самих молекул, но становится видимым, если мы описываем взаимодействие материи. Грамматика помогает в понимании физической сцены, которая также известна как качественное рассуждение.
Мануэль Родригес