Как объединить строки двух файлов, используя общие заголовки?

Я хочу объединить два файла на основе общих данных, представленных в них в качестве заголовка.

Ниже приведен пример

File1

>Feature scaffold1
1   100  g
101 200  g
201 300  g
>Feature scaffold2
1   100  g
01  500  g
>Feature scaffold3
10  500  g
>Feature scaffold4
10  300  g

Файл 2

>Feature scaffold1
500 500 r
900 1000    r
>Feature scaffold2
200 300 r
>Feature scaffold3
100 200 r
>Feature scaffold4
500 600 r
>Feature scaffold5
1   1000    r

И вот какой вывод мне нужен:

>Feature scaffold1
1   100 g
101 200 g
201 300 g
500 500 r
900 1000    r
>Feature scaffold2
1   100 g
01  500 g
200 300 r
>Feature scaffold3
10  500 g
100 200 r
>Feature scaffold4
10  300 g
500 600 r
>Feature scaffold5
1   1000    r

Я попробовал несколько awk и sed, но, очевидно, не удалось, как я могу это сделать?

Awk решение:

awk '/^>/{ k=$1 FS $2 }
     NR==FNR{ 
         if (!/^>/) a[k]=(a[k]!="")? a[k] ORS $0: $0; next
     }
     k in a{ 
         print $0 ORS a[k]; delete a[k]; next 
     }1' file1 file2

• /^>/{ k=$1 FS $2 }- при обнаружении строки заголовка (т.е. >Feature ...) - составить ключ kиз 1-го $1и 2-го $2полей
• NR==FNR{ ... }- обработка 1-го входного файла ( file1):
  • if (!/^>/) a[k]=(a[k]!="")? a[k] ORS $0: $0- накапливать строки без заголовка в массив, aиспользуя текущий ключk
  • next - перейти к следующей записи
• k in a- если текущий ключ на основе file2записи находится в массиве a(на основе file1записей):
  • print $0 ORS a[k] - печать связанных записей
  • delete a[k] - удалить обработанные элементы

Выход:

>Feature scaffold1
1   100  g
101 200  g
201 300  g
500 500 r
900 1000    r
>Feature scaffold2
1   100  g
01  500  g
200 300 r
>Feature scaffold3
10  500  g
100 200 r
>Feature scaffold4
10  300  g
500 600 r
>Feature scaffold5
1   1000    r

Другой подход и сделать его проще.

grep -v '^scaffold' <(awk -v RS='>Feature ' \
    'NF{s[$1]=s[$1]$0} END{for (x in s)print RS""s[x]}' file[12])