Обычно, когда вы добавляете пользователя в систему Debian, содержимое /etc/skel/копируется в домашний каталог нового пользователя. Но /root/.bashrcне совпадает /etc/skel/.bashrcи /root/.profileне совпадает /etc/skel/.profile. Также ни один файл не известен dpkg. Так откуда они берутся?
rootФайлы копируются из base-files: если они отсутствуют, его postinstкопии /usr/share/base-files/dot.bashrcв /root/.bashrcи /usr/share/base-files/dot.profileв /root/.profile. Кроме того, если /root/.profileсовпадает одна из записанных контрольных сумм (что означает, что она не была изменена администратором), она обновляется при обновлении.
То же относится /etc/profileи к /etc/nsswitch.conf(включая обновление при обновлении), и /etc/motd.