Здание ATLAS (и позже Octave с ATLAS)

9

Я пытаюсь настроить ATLAS (чтобы потом можно было скомпилировать октаву с поддержкой ATLAS).

Если я прав, мне все еще нужно построить это вручную из-за специфических оптимизаций среды. Я вижу пакет для ATLAS, но похоже, что он использует общие кросс-платформенные опции сборки (например, «это будет медленно»).

Таким образом, выполнение скрипта конфигурирования, как описано в документации, кажется плохим. Как Java-разработчик, я никогда не преуспел в том, чтобы делать ошибки или ошибки в этих процессах сборки. Я пропускаю зависимости (если да, есть ли какая-либо документация о том, что мне нужно)?

allusers@vbubuntu:~/Downloads/atlas3.10.1/build_vbubuntu$ ../configure -b 64 -D c -DPentiumCPS=3000 --with-netlib-lapack-tarfile=/home/allusers/Downloads/lapack-3.5.0.tgz

make: `xconfig' is up to date.
./xconfig -d s /home/allusers/Downloads/atlas3.10.1/build_vbubuntu/../ -d b /home/allusers/Downloads/atlas3.10.1/build_vbubuntu  -b 64 -D c -DPentiumCPS=3000 -Si lapackref 1

OS configured as Linux (1)

Assembly configured as GAS_x8664 (2)

Vector ISA Extension configured as  SSE3 (6,448)
ERROR: enum fam=3, chip=2, mach=0
make[3]: *** [atlas_run] Error 44
make[2]: *** [IRunArchInfo_x86] Error 2

Architecture configured as  Corei1 (25)
ERROR: enum fam=3, chip=2, mach=0
make[3]: *** [atlas_run] Error 44
make[2]: *** [IRunArchInfo_x86] Error 2

Clock rate configured as 2350Mhz
ERROR: enum fam=3, chip=2, mach=0
make[3]: *** [atlas_run] Error 44
make[2]: *** [IRunArchInfo_x86] Error 2

Maximum number of threads configured as  4
Parallel make command configured as '$(MAKE) -j 4'
ERROR: enum fam=3, chip=2, mach=0
make[3]: *** [atlas_run] Error 44
make[2]: *** [IRunArchInfo_x86] Error 2
Cannot detect CPU throttling.
rm -f config1.out
make atlas_run atldir=/home/allusers/Downloads/atlas3.10.1/build_vbubuntu exe=xprobe_comp redir=config1.out \
                args="-v 0 -o atlconf.txt -O 1 -A 25 -Si nof77 0 -V 448   -b 64 -d b /home/allusers/Downloads/atlas3.10.1/build_vbubuntu"
make[1]: Entering directory `/home/allusers/Downloads/atlas3.10.1/build_vbubuntu'
cd /home/allusers/Downloads/atlas3.10.1/build_vbubuntu ; ./xprobe_comp -v 0 -o atlconf.txt -O 1 -A 25 -Si nof77 0 -V 448   -b 64 -d b /home/allusers/Downloads/atlas3.10.1/build_vbubuntu > config1.out
make[2]: gfortran: Command not found
make[2]: *** [IRunF77Comp] Error 127
make[2]: g77: Command not found
make[2]: *** [IRunF77Comp] Error 127
make[2]: f77: Command not found
make[2]: *** [IRunF77Comp] Error 127


Unable to find usable compiler for F77; abortingMake sure compilers are in your path, and specify good compilers to configure
(see INSTALL.txt or 'configure --help' for details)make[1]: *** [atlas_run] Error 8
make[1]: Leaving directory `/home/allusers/Downloads/atlas3.10.1/build_vbubuntu'
make: *** [IRun_comp] Error 2
ERROR 512 IN SYSCMND: 'make IRun_comp args="-v 0 -o atlconf.txt -O 1 -A 25 -Si nof77 0 -V 448   -b 64"'
mkdir src bin tune interfaces
mkdir: cannot create directory ‘src’: File exists
mkdir: cannot create directory ‘bin’: File exists
mkdir: cannot create directory ‘tune’: File exists
mkdir: cannot create directory ‘interfaces’: File exists
make: *** [make_subdirs] Error 1
make -f Make.top startup
make[1]: Entering directory `/home/allusers/Downloads/atlas3.10.1/build_vbubuntu'
Make.top:1: Make.inc: No such file or directory
Make.top:325: warning: overriding commands for target `/AtlasTest'
Make.top:76: warning: ignoring old commands for target `/AtlasTest'
make[1]: *** No rule to make target `Make.inc'.  Stop.
make[1]: Leaving directory `/home/allusers/Downloads/atlas3.10.1/build_vbubuntu'
make: *** [startup] Error 2
mv: cannot move ‘lapack-3.5.0’ to ‘../reference/lapack-3.5.0’: Directory not empty
mv: cannot stat ‘lib/Makefile’: No such file or directory
../configure: 450: ../configure: cannot create lib/Makefile: Directory nonexistent
../configure: 451: ../configure: cannot create lib/Makefile: Directory nonexistent
../configure: 452: ../configure: cannot create lib/Makefile: Directory nonexistent
../configure: 453: ../configure: cannot create lib/Makefile: Directory nonexistent
../configure: 509: ../configure: cannot create lib/Makefile: Directory nonexistent
DONE configure
Дэвид Паркс
источник

Ответы:

12

Лучший способ создать библиотеку ATLAS, адаптированную к вашему конкретному процессору, - это следовать инструкциям /usr/share/doc/libatlas3-base/README.Debian(также доступно для чтения здесь ). В инструкциях подробно рассказывается, как перекомпилировать atlasисходный пакет для Debian / Ubuntu таким образом, чтобы дать вам пользовательские пакеты, которые можно установить вместо пакетов, предоставленных в официальных репозиториях.

Соответствующая выдержка из README.Debianговорит:

Создание оптимизированных пакетов Atlas на вашем ARCH

Создать собственные оптимизированные пакеты Atlas просто. Просто получите источники пакета и его зависимости для сборки:

# apt-get source atlas
# apt-get build-dep atlas
# apt-get install devscripts

и введите следующее из подкаталога источника атласа:

# fakeroot debian/rules custom

он должен создать пакет под названием:

../libatlas3-base_*.deb

который оптимизирован для архитектуры, на которой построен Atlas. Затем установите пакет, используя dpkg -i.

Майк Миллер
источник
После последнего шага 'dpkg -i', как мне скомпилировать / связать с CBLAS и CLAPACK ATLAS? У меня нет ATLAS в / usr / local. Какие аргументы -I и -L я должен передать g ++? Я пробовал 'g ++ main.cpp -I $ ~ / atlas-xxxx / include -L ~ / atlas-xxxx / build / atlas-base / lib / -lf77blas -lcblas -latlas', но он дает мне '/ usr / bin / ld: не могу найти -lf77blas '. Спасибо.
Лососевые удары
1
@Salmonstrikes Установите libatlas-base-devи libatlas-devпакеты, которые также были собраны , и библиотеки установлены для сборки /usr/lib.
Майк Миллер
1
Спасибо! Это сработало. Для дальнейшего использования, чтобы получить код для компиляции, мне понадобилось: 1) использовать внешние "C" средства защиты для обоих 'cblas.h' и 'clapack.h' stackoverflow.com/questions/10786237/… 2) 'g ++ main.cpp -I / usr / include / atlas -lf77blas -lcblas -llapack_atlas '; по какой-то причине один -lapack не работает, и мне нужен был -llapack_atlas
Salmonstrikes
3

Похоже, это были необходимые зависимости, теперь процесс сборки запущен. Эти вещи никогда не просто легко документировать в удобной форме.

Для Ubuntu (gfortran, g77 и f77 соответственно):

sudo apt-get install gfortran f2c libcnf-dev

Кроме того, любой, кто найдет этот вопрос, может найти этот связанный вопрос использования stackoverflow:

/programming/23876286/building-octave-from-source-did-atlas-get-included-properly-in-octaves-confi

Дэвид Паркс
источник