Все зависит от ваших личных предпочтений. Android SDK отлично работает в Ubuntu (я использую его каждый день) и не зависит от выбранной вами среды IDE.
Лично я использую IntellJ IDEA. Общественная версия имеет поддержку Android и является бесплатной. Eclipse - инструмент по умолчанию, он также бесплатный и хорошо работает.
Я также знаю многих людей, использующих другие редакторы, такие как vim, komodoedit и другие. Однако я бы предложил использовать одно из первых двух предложений.
С точки зрения сборки приложения вы должны изучить использование сборки по умолчанию с использованием Apache Ant или вы также можете создать ее, например, с помощью Apache Maven и плагина Maven Android. В любом случае найдите инструмент для сборки, который не зависит от используемой вами IDE, и, возможно, даже используйте сервер непрерывной интеграции.