Как я могу отслеживать использование диска процессами с течением времени?

Я вижу, что мой экземпляр Ubuntu (у облачного провайдера) в среднем выполняет тысячи блоков в секунду, но когда я наблюдаю в реальном времени, трудно понять, какой процесс вызывает это.

Есть ли какая-нибудь команда мониторинга, которую я могу использовать и позволить ей работать в течение часа или около того, а затем собирать информацию об использовании диска (например, какие процессы были наиболее активными в этом отношении или даже какие файлы)?

Вы можете запустить iotopс накопленным переключателем:

sudo iotop -a

Смотрите его man-страницу для большего количества вариантов.