R 3.5.0 для Ubuntu

23

R 3.5.0 Установочные пакеты для Ubuntu Xenial (16.04) еще не существуют на зеркальных сайтах Ubuntu. Есть ли альтернативный способ обновления R до 3.5.0 на Ubuntu Xenial? В качестве альтернативы, есть ли другой способ обновить R до 3.5.0?

16.04 software-installation r Larry
источник
1
Вы видели это прохождение ? Автор нигде не говорит об этом явно, но это инструкции по установке 3.5
Хи Джин,
Попробуйте здесь: askubuntu.com/questions/862403/…
valiano
1
@Emily: пошаговое руководство, на которое вы ссылаетесь, посвящено установке R из исходного кода.
krlmlr
1
@valiano: это отвечает на другой вопрос.
krlmlr

Ответы:

24

R 3.5 в настоящее время доступны только из PPA, потому что некоторые из пакетов CRAN имеют проблемы со сборкой с R 3.5.

Действуйте на свой страх и риск.

Процедура, которая работала для меня:

  1. Удалите все r-cran-*пакеты из вашей системы (YMMV, я обычно устанавливаю пакеты из исходного кода, и их очень мало)

    • Искать с dpkg -l | grep r-cran-

  2. Добавьте PPA Майкла Раттера :

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
sudo apt-get update

  3. Обновление R

    sudo apt install r-api-3.5

  4. Установите все необходимые вам пакеты из исходного кода (в личную или библиотеку сайта через install.packages()) или установив соответствующий r-cran-*пакет Ubuntu.

    Я использую следующий скрипт, чтобы переустановить все пакеты мои пакеты из моей личной библиотеки сайта для R 3.4:

    installed <- rownames(installed.packages())
pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")
new <- setdiff(pkgs, installed)
new
install.packages(new)

    Если у вас есть машина с несколькими процессорами, вы можете ускорить процесс, например:

    install.packages(new, Ncpus = 6)

Ссылки

krlmlr
источник
3
Приведенный выше метод работал совершенно правильно для меня. (Спасибо Krlmlr.) Два дополнительных предложения для тех, кто не имел опыта работы с Ubuntu: 1. Удалите предыдущие пакеты r-cran- * с помощью: sudo apt-get remove r-cran- * 2. После добавления PPA Майкла Раттера не забудьте запустить: sudo apt-get update
Ларри
Приведенный выше метод работал совершенно правильно для меня. (Спасибо Krlmlr.) Два дополнительных предложения для тех, кто не имел опыта работы с Ubuntu: 1. Удалите предыдущие пакеты r-cran- * с помощью: sudo apt-get remove r-cran- * 2. После добавления PPA Майкла Раттера не забудьте запустить: Обновление sudo apt-get перед запуском: sudo apt install r-api-3.5
Ларри
@Larry: спасибо. Вы можете редактировать пост?
krlmlr
@krlmlr Я предлагаю вам удалить Ncpus = 6из ответа. Это может привести к неожиданным замедлениям, особенно для людей, которые (i) не читают код полностью перед копированием / вставкой; и (ii) сделает это на персональном компьютере. Опция также не требуется для ответа.
пятница, воскресенье,
1
@fridaymeetssunday: добавлен комментарий. Согласитесь, что это Ncpus = 6может быть медленно на слабых машинах, но тогда никто не должен копировать-вставлять, по крайней мере, не сканируя код.
krlmlr
13

Сайт CRAN был обновлен с момента ответа @ krlmlr в начале июня: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ .

Инструкции CRAN состоят из нескольких этапов, но в итоге sources.listфайл должен ссылаться на репозиторий, относящийся к версии 3.5.x & 3.6.x. Запись что-то вроде

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

вместо предыдущей (без версии) записи

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

Соответствующее описание с сайта (которое со временем изменится):

Пакеты R 3.6 для Ubuntu на i386 и amd64 доступны для большинства стабильных выпусков Ubuntu для настольных компьютеров до официальной даты их окончания. Однако полностью поддерживается только последний выпуск Long Term Support (LTS). По состоянию на 18 ноября 2018 года поддерживаются следующие версии: Xenial Xerus (16.04; LTS), Trusty Tahr (14.04; LTS), Bionic Beaver (18.04; LTS), Cosmic Cuttlefish (18.10) и Disco Dingo (19.04). Обратите внимание, что для установки пакетов R 3.6 требуется другая запись sources.list. Смотрите ниже для деталей. Несмотря на то, что R перешел на версию 3.6, для совместимости в записи sources.list все еще используется обозначение cran3.5.

изменить 2019-05-13: обновление для выпуска за последний месяц R 3.6.0.

wibeasley
источник
2

xenial-cran35/Версия репо не работает , если у вас есть « по умолчанию релиз» набор в уместна, как это бывает в некоторых дистрибутивах , что работа на вершине Ubuntu, таких как Mint. Для моего дистрибутива Mint существует файл, /etc/apt/apt.conf.d/01ubuntuвнутри которого он заявляет, Default-Release "xenial"; что это означает, что, поскольку r-base существует в репозитории ubuntu в версии 3.2 с выпуском "xenial", он никогда не будет использовать ветку 3.6 из другой репо, потому что название релиза для этого репо "xenial-cran35". Вам нужно отредактировать этот файл, чтобы изменить выпуск по умолчанию на «xenail-cran35», или сделать что-то более точное, используя файлы предпочтений apt ( https://wiki.debian.org/AptPreferences#A.2Fetc.2Fapt.2Fpreferences ).

Это в основном вина R за плохо отформатированный репо. У них должно было быть 2 репозитория, в каждом из которых была папка релиза «xenial», один URL для их ветки 3.2 и один для работы 3.5+. Вместо этого у них есть один репозиторий, и вместо этого он выбил «имя релиза», что, скорее всего, работает для базовой Ubuntu, но не будет работать, если у вас не базовая конфигурация apt таким образом.

Скотт
источник
0

Это должно быть сделано как сейчас:

sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
sudo apt autoremove
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo apt update
sudo apt install r-base-dev

'bionic' может быть изменен на вашу версию Ubuntu; проверьте документы R: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/

/programming//a/56378217/4549682

wordsforthewise
источник