В качестве распространенной причины повреждения файлов в документации часто указывается причина «NFS, которая неправильно реализует блокировку на уровне файлов» или что-то подобное, например, для SQLite: Как повредить файл базы данных SQLite , пункт 2.1 2.1 Файловые системы со сломанными или...