Я пытаюсь выполнить программу (Usearch или samtools), просто набрав название программы (например, usearch [options]) из любого места. Я использую Ubuntu.
В инструкциях говорится: «добавьте двоичный файл в свой путь, чтобы сделать его доступным в командной строке» Но я не знаю, что это значит или как это сделать. Поиск в Интернете выявил вещи, которые были над моей головой.
Может ли кто-нибудь дать мне простой шаг за шагом, как это сделать?
Ответы:
В Unix
PATHэто переменная окружения который определяет, где оболочка ищет исполняемые программы для запуска при вводе их в командной строке. Если вы делаете:Вы можете увидеть, что ваш
PATHпохоже. Все каталоги наPATHЗатем выполняется поиск (по порядку) при вводе команды (например,ls). Например, мой $ PATH:Когда я набираю
lsоболочка будет искать исполняемый файл в.(текущий каталог), а затем все остальные каталоги, пока не найдет его, вероятно, в/bin/ls,Вам нужно убедиться, что ваш скрипт исполняемый (
chmod +x myscript), а затем он должен быть в одном из каталогов вPATHпеременная.Установление локальных скриптов и программ в каталогах bin системы считается несколько плохой практикой. Обычно я помещаю что-то вроде следующего в конфигурационный файл запуска моей оболочки, который
.profileно может быть.bashrcили же.zshrcв зависимости от оболочки:Это добавит к пути личный каталог bin в вашем домашнем каталоге, куда вы можете поместить свои собственные сценарии. После того, как вы измените файл конфигурации оболочки, вам нужно будет снова войти в систему, чтобы прочитать файл конфигурации.
Если вы хотите установить свой сценарий для всех пользователей вашей системы, то лучше всего использовать этот сценарий.
/usr/local/bin, Вы должны убедиться, что/usr/local/binна вашем пути, используя вышеуказанный механизм.Так что вам нужно:
chmod +x my-program)/usr/local/binна ваш.profile,PATHсреда.источник
Вам нужно будет добавить каталог bin в переменную PATH.
Если вы введете «echo $ PATH» в своем терминале, он отобразит строку путей. Теперь вам нужно знать, где находится установка программ, и убедиться, что ваш PATH содержит соответствующий каталог bin. Попробуйте выполнить «PATH = $ PATH: / Path-to-bin /» в своем терминале, теперь вы сможете выполнить нужную программу, просто набрав, например, Usearch
Это может раздражать добавление каталога bin в PATH для каждого окна терминала, к счастью .bashrc (расположенный в ~ /) запускается со временем, когда вы открываете новый терминал. Таким образом, вы можете добавить строку «PATH = $ PATH: //» в ваш .bashrc, используя вашу любимую программу редактирования (т.е. «vim ~ / .bashrc»).
.Bashrc - это скрытый файл. Поэтому, набрав «ls», вы не получите список .bashrc, попробуйте «ls -la», чтобы увидеть, что .bashrc - ваш домашний каталог.
Надеюсь, это поможет, дайте мне знать, если у вас есть более конкретные вопросы.
Удачи!
источник