Как сделать, чтобы мое приложение Java запускалось при запуске определенного расширения?

Я хочу, чтобы моя программа запускалась при открытии определенных расширений файлов. Например, когда вы нажимаете на .zipфайл в Windows, Winzip запускается.

Как бы я это сделал?

Это называется «ассоциация типа файла». Вот как вы можете создавать и редактировать их в Win7 / Vista: http://www.winvistaclub.com/t19.html

в вашем случае вы должны создать расширение типа файла для вашего пользовательского типа файла, а затем создать ассоциацию, чтобы открыть файлы этого типа с вашим Java-приложением.