Как мне конвертировать аудио из командной строки а-ля ImageMagick?

ImageMagick - это удобный, мощный инструмент командной строки, который может обрезать, масштабировать, поворачивать, изменять формат, применять базовые (и некоторые не очень базовые) эффекты практически ко всем видам изображений.

Как я могу объединить звуковые дорожки, настроить уровни и перекодировать форматы из командной строки?

Да, это называется SoX

SoX - это кроссплатформенная (Windows, Linux, MacOS X и т. Д.) Утилита командной строки, которая может конвертировать различные форматы компьютерных аудиофайлов в другие форматы. Он также может применять различные эффекты к этим звуковым файлам, и, в качестве дополнительного бонуса, SoX может воспроизводить и записывать аудиофайлы на большинстве платформ.

Другой софт: moo0 ffmpeg converter - конвертирует аудиофайлы, используя CMD (командная строка).

то есть:

c:\folder\bin\ffmpeg -i input.mp4 output.mp3