Вы не говорите, о какой версии Windows вы говорите (если вы спрашиваете о конкретной версии).
В Vista обновление Windows использует точки восстановления системы - оно создает их перед установкой обновлений (даже, что довольно неприятно, обновлений шаблонов Защитника Windows).
Вы можете запретить установщику Windows создавать точки восстановления системы, установив (или создав) раздел реестра HKLM \ SOFTWARE \ Policies \ Microsoft \ Windows \ Installer \ LimitSystemRestoreCheckpointing со значением 1.
Лучший способ сделать это в Business и Ultimate - это запустить gpedit.msc и в разделе «Конфигурация компьютера», «Административные шаблоны», «Компоненты Windows», «Установщик Windows» дважды щелкнуть «Отключить создание контрольных точек восстановления системы» и установить для него значение «Включено».
Имейте в виду, что это приведет к отключению создания точки восстановления системы для ВСЕХ установок программного обеспечения, а не только для обновлений Windows.
Я не знаю ни одного способа изменить поведение Центра обновления Windows.