Например:
Как они это делают?
Я попробовал следующий, но он только что скачал модуль локально (не появился на github):
git submodule add https://github.com/FFmpeg/FFmpeg
git submodule update --init --recursive
git submodule add https://github.com/FFmpeg/FFmpeg
Вам не хватает параметра - путь, по которому репозиторий подмодулей будет добавлен в основной репозиторий.
Пытаться:
git submodule add https://github.com/FFmpeg/FFmpeg FFmpeg