Причина общая для всех светодиодных приложений, а не только для Raspberry Pi (или выводов GPIO).
Светодиод может только пропустить такой большой ток, прежде чем он разрушит себя (очень ярко!). Максимальный ток варьируется в зависимости от размера и цвета светодиода, но для красного светодиода среднего размера обычно можно принять значение 20 мА (однако, проверьте это значение, если у вас есть спецификация для светодиода под рукой - и крошечные светодиоды могут работать только с крошечная доля этого).
Стандартный красный светодиод обычно имеет падение напряжения около 1,7 В, поэтому можно выбрать значение резистора для пропускания 20 мА при (напряжение - 1,7). Предполагая, что вход 5 В, это означает, что резистор будет пропускать 20 мА при напряжении 3,3 В, что (используя закон Ома) дает нам абсолютное минимальное сопротивление 165 Ом.
Самое худшее, что может случиться при использовании резистора большего размера, это то, что светодиод будет тусклее, чем его максимальная яркость, и поэтому для размещения светодиодов меньшего размера, которые могут пропускать только 10 мА, весьма обычно использовать 330 Ом и выше.
Я бы поставил резистор на 470 Ом для источника питания 5 В для красного светодиода среднего размера, а если он слишком тусклый, то немного уменьшу его.
Если используется миниатюрный красный светодиод, то 1 кОм не звучит возмутительно, а для более экзотических цветов (в частности, синего, розового и белого) вы захотите рассчитать значение самостоятельно.