Мне нужно отфильтровать массив, чтобы удалить элементы, которые ниже определенного порога. Мой текущий код выглядит так:
threshold = 5
a = numpy.array(range(10)) # testing data
b = numpy.array(filter(lambda x: x >= threshold, a))
Проблема в том, что при этом создается временный список с использованием фильтра с лямбда-функцией (медленно).
Поскольку это довольно простая операция, возможно, есть функция numpy, которая делает это эффективно, но мне не удалось ее найти.
Я подумал, что другим способом добиться этого может быть сортировка массива, поиск индекса порога и возврат фрагмента из этого индекса и далее, но даже если это будет быстрее для небольших входов (и это все равно не будет заметно ), он определенно асимптотически менее эффективен при увеличении размера входных данных.
Есть идеи? Благодаря!
Обновление : я тоже провел некоторые измерения, и сортировка + нарезка все еще была в два раза быстрее, чем чистый фильтр python, когда вход был 100 000 000 записей.
In [321]: r = numpy.random.uniform(0, 1, 100000000)
In [322]: %timeit test1(r) # filter
1 loops, best of 3: 21.3 s per loop
In [323]: %timeit test2(r) # sort and slice
1 loops, best of 3: 11.1 s per loop
In [324]: %timeit test3(r) # boolean indexing
1 loops, best of 3: 1.26 s per loop
%timeit
использует встроенныйtimeit
модуль. Взгляните и на это. docs.python.org/library/timeit.htmlОтветы:
b = a[a>threshold]
это должно сделатьЯ тестировал следующее:
import numpy as np, datetime # array of zeros and ones interleaved lrg = np.arange(2).reshape((2,-1)).repeat(1000000,-1).flatten() t0 = datetime.datetime.now() flt = lrg[lrg==0] print datetime.datetime.now() - t0 t0 = datetime.datetime.now() flt = np.array(filter(lambda x:x==0, lrg)) print datetime.datetime.now() - t0
я получил
$ python test.py 0:00:00.028000 0:00:02.461000
http://docs.scipy.org/doc/numpy/user/basics.indexing.html#boolean-or-mask-index-arrays
источник
np.ma
это предназначено для этого, я не могу понять, как.