Невозможно установить пакет R в Ubuntu 11.04 [закрыто]

130

Я новичок в Linux и R.

Я установил R 2.12 в Ubuntu 11.04. Сегодня я попытался установить новый пакет, поэтому выполнил следующую команду:

install.packages('XML')

Но установка не удалась и дала следующую информацию:

* installing *source* package ‘XML’ ...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
No ability to remove finalizers on externalptr objects in this verison of R
checking for sed... /bin/sed
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking for xml2-config... no
Cannot find xml2-config
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
* removing ‘/home/spirit/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12/XML’

The downloaded packages are in
    ‘/tmp/RtmpoZYxnv/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("XML") :
  installation of package 'XML' had non-zero exit status

Я также попробовал:

sudo install.packages('XML')

Но он дает ту же информацию об ошибке.

Кто-нибудь может дать мне совет?

xml r ubuntu installation Деррик Чжан
источник
Установить xml2-config?
Уэйн Вернер
9
Этот вопрос только что помог мне (снова) в Ubuntu 14.04
geneorama
2
Я не знаю, не по теме вопрос или нет, но ответ ниже также решил мою проблему с Ubuntu Trusty Tahr.
msoftrain
Следует ли переместить его в стек AskUbuntu? Это вопрос, связанный с использованием R или RStudio (хотя, вероятно, это происходит с другим программным обеспечением?), Вызванный отсутствием необходимых программных пакетов в Ubuntu. Судя по списку "Связанные", который я вижу справа, это довольно распространенный вопрос. И справедливо спросить, почему эти пакеты отсутствуют в Ubuntu?
Рик Хендерсон
1
@rickHenderson Это также полезно для других дистрибутивов Linux.

Ответы:

211

Метод install.packages

Вам необходимо установить пакет ubuntu. libxml2-devВ командной строке введите:

sudo apt-get update
sudo apt-get install libxml2-dev

Для этого вам понадобятся особые sudoсилы.

Метод пакета Ubuntu

Как упоминали Ричи и Дирк, вы также можете использовать:

sudo apt-get install r-cran-xml

Если вы пойдете по этому пути, я бы порекомендовал вам проверить страницу источников R ubuntu, которая гарантирует, что у вас есть текущая версия R и связанные с ним пакеты R. Это может быть важно, если вы используете LTS-версию ubuntu.

csgillespie
источник
1
Можете попробовать синаптический? ищи там
нужный
r-cran-xml недостаточно, пришлось сделать libxml2-dev
Ferroao
Поделюсь своим наблюдением по аналогичной проблеме, которая может помочь пользователям MAC. Несмотря на то, что у меня были все зависимые библиотеки, я все равно получал ошибки. После множества испытаний это то, что меня спасло. При установке через rstudio с помощью install.packages () вы получаете подсказку с вопросом: «Хотите ли вы установить из исходников пакет, который требует компиляции?» да / нет: ответьте здесь как «н». Это сработало для меня.
миньон
В Debian растяжки sudo apt-get install libxml2-devдостаточно для работы,
Адриано Риволли
Я получаю эту ошибку: sudo apt-get install r-cran-xml
Суат Атан, доктор философии,
29

Ответ Колина верен в узком смысле, но в то же время неверен, как вы можете просто сказать

 sudo apt-get install r-cran-xml

поскольку XML является одним из пакетов CRAN, доступных в Ubuntu. Есть apt-cache search r-cran-*ли увидеть другие.

Дирк Эддельбюттель
источник