Элегантный способ проверить отсутствующие пакеты и установить их?

337

Кажется, я делюсь большим количеством кода с соавторами в эти дни. Многие из них являются новичками / пользователями среднего уровня и не понимают, что им нужно устанавливать пакеты, которых у них еще нет.

Есть ли элегантный способ вызова installed.packages(), сравните его с теми, которые я загружаю и устанавливаю, если отсутствует?

майазаура
источник
1
@krlmlr А как насчет принятого ответа устарела и требует доработки? Это работает для меня (для нескольких быстрых тестов) под R version 3.0.2 (2013-09-25) x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit).
Брайан Диггс
1
@BrianDiggs: По крайней мере, три пакета, которые решают эту проблему, только один упоминается ниже. Есть ли еще больше - вот в чем вопрос.
krlmlr
2
@krlmlr Кажется, есть ироничная проблема с использованием курицы и яйца при использовании пакета, чтобы гарантировать (другие) наличие необходимых пакетов. Но, безусловно, стоит попросить кого-то, кто о них знает, написать ответ.
Брайан Диггс
2
@BrianDiggs: Начальная загрузка этого пакета для проверки установки - необходимая неприятность, но небольшая. Если, конечно, функциональность находит свое base
отражение

Ответы:

304

Да. Если у вас есть список пакетов, сравните его с выходными данными installed.packages()[,"Package"]и установите недостающие пакеты. Что-то вроде этого:

list.of.packages <- c("ggplot2", "Rcpp")
new.packages <- list.of.packages[!(list.of.packages %in% installed.packages()[,"Package"])]
if(length(new.packages)) install.packages(new.packages)

В противном случае:

Если вы поместите свой код в пакет и сделаете их зависимостями, они будут автоматически установлены при установке пакета.

Шейн
источник
11
Я думаю, правильный синтаксис: if(length(new.packages)>0) {install.packages(new.packages)}
5
@psql, Shine прав, поскольку «> 0» является «неявным» в условии if. запустите это для проверки:new.packages <- c(1,2) length(new.packages) if(length(new.packages)){print("hello!")}else{print("oh no!")}
Андреа Сирилло
7
В документе instal.packages говорится: «Это может быть медленным, когда установлены тысячи пакетов, поэтому не используйте его, чтобы узнать, установлен ли названный пакет (используйте system.file или find.package) ...»
Томас Матерна
2
Согласитесь с Томасом, это было бы лучше, чем requireпроверкаinstalled.packages
Мэтью
1
packratбыл сделан для этого. Это воспроизводимая система управления пакетами. Этот путь идет по этому пути неправильно и портит чужую среду и не воспроизводится. У Packrat есть собственная папка и среда для общих библиотек. rstudio.github.io/packrat
mtelesha
231

У Дэйсона К. и у меня есть пакет pacman , который может сделать это красиво. Функция p_loadв пакете делает это. Первая строка просто для того, чтобы убедиться, что pacman установлен.

if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
pacman::p_load(package1, package2, package_n)
Тайлер Ринкер
источник
1
Каков статус пакета? Я не вижу в C-RAN.
MERose
4
@Merose pacman теперь на CRAN cran.r-project.org/web/packages/pacman/index.html
Тайлер Ринкер,
6
Установил сейчас и работает чудесно; должен быть частью базы!
AndyF
3
Единственный способ сделать это было бы лучше, если бы он проверил /и, если он был найден, автоматически установил / загрузил с github.
авиаудар
4
@NealBarsch, если вы имеете в виду if (!require("pacman")) install.packages("pacman"), что в pacman есть функция, p_boot()которая автоматически выбирает эту строку и копирует ее в буфер обмена.
Тайлер Ринкер
72

Вы можете просто использовать возвращаемое значение require:

if(!require(somepackage)){
    install.packages("somepackage")
    library(somepackage)
}

Я использую libraryпосле установки, потому что он выдаст исключение, если установка не удалась или пакет не может быть загружен по какой-либо другой причине. Вы делаете это более надежным и многократно используемым:

dynamic_require <- function(package){
  if(eval(parse(text=paste("require(",package,")")))) return True

  install.packages(package)
  return eval(parse(text=paste("require(",package,")")))
}

Недостатком этого метода является то, что вы должны передавать имя пакета в кавычках, что вы не делаете на самом деле require.

Ливия
источник
4
Вы можете значительно упростить свою жизнь, используя character.only = TRUEin require, но тогда, я думаю, нет ничего, что отличало бы ваш ответ от моего.
Саймон О'Хэнлон
Это выглядит красиво, но, похоже, не работает, по крайней мере, для меня. Когда я попробовал надежную версию этого, я получил два сообщения об ошибке, так как R по какой-то причине не знает, как обрабатывать «return True» и «return eval». Поэтому мне бы очень хотелось, чтобы эта функция загружала пакет, если он присутствует в моей библиотеке, и в противном случае устанавливает (а затем загружает) пакет. В идеале я бы тогда использовал это по умолчанию для загрузки пакетов. По крайней мере, кажется, что это имеет смысл, и это сэкономит время.
Фабиан Хаберсак
23
if (!require('ggplot2')) install.packages('ggplot2'); library('ggplot2')

"ggplot2" - это пакет. Он проверяет, установлен ли пакет, если он не установлен, то устанавливает его. Затем он загружает пакет независимо от того, какую ветку он принял.

user6784955
источник
21

Это решение будет использовать символьный вектор имен пакетов и попытаться загрузить их или установить их, если загрузка не удалась. Это зависит от поведения возврата, requireчтобы сделать это, потому что ...

require возвращает (невидимо) логическое указание, доступен ли требуемый пакет

Поэтому мы можем просто увидеть, смогли ли мы загрузить требуемый пакет, а если нет, установить его с зависимостями. Итак, учитывая символьный вектор пакетов, которые вы хотите загрузить ...

foo <- function(x){
  for( i in x ){
    #  require returns TRUE invisibly if it was able to load package
    if( ! require( i , character.only = TRUE ) ){
      #  If package was not able to be loaded then re-install
      install.packages( i , dependencies = TRUE )
      #  Load package after installing
      require( i , character.only = TRUE )
    }
  }
}

#  Then try/install packages...
foo( c("ggplot2" , "reshape2" , "data.table" ) )
Саймон О'Хэнлон
источник
Не хотите ли позвонить requireснова после установки?
krlmlr
@krlmlr Нет, потому что для того, чтобы ifоператор был оценен, он должен сначала оценить require, побочным эффектом которого является загрузка пакета, если он доступен!
Саймон О'Хэнлон
1
SimonO101: Я думаю, что krlmlr означает в операторе if после вызова install.packages, поскольку это фактически не будет загружать этот пакет. Но (к @krlmlr) я подозреваю, что намерение состоит в том, что этот фрагмент кода будет вызываться только один раз; Вы не будете писать это каждый раз, когда вам потребуется пакет. Вместо этого вы запускаете его один раз заранее, а затем звоните, requireкак обычно, по мере необходимости.
Аарон оставил переполнение стека
@ Аарон, да, хорошо, я понимаю, что ты имеешь в виду, и да, твоя интерпретация верна. Я немного отредактирую его, чтобы быть более точным в отношении загрузки после установки.
Саймон О'Хэнлон
1
не лучше ли сделать второй requireвызов libraryтак, чтобы он шумно завершился неудачей, если по какой-то причине он все еще не может присоединить пакет?
Кабдулла
18

Многие из приведенных выше ответов (и дубликатов этого вопроса) полагаются на то, installed.packagesчто это дурной тон. Из документации:

Это может быть медленным, когда установлены тысячи пакетов, поэтому не используйте это, чтобы узнать, установлен ли названный пакет (используйте system.file или find.package), а также чтобы выяснить, можно ли использовать пакет (вызовите require и проверьте возвращаемое значение) ни для того, чтобы найти сведения о небольшом количестве пакетов (используйте packageDescription). Для каждого установленного пакета необходимо прочитать несколько файлов, что будет медленно в Windows и в некоторых сетевых файловых системах.

Таким образом, лучший подход - попытаться загрузить пакет с помощью requireи и установить, если загрузка не удалась ( requireвернется, FALSEесли он не найден). Я предпочитаю эту реализацию:

using<-function(...) {
    libs<-unlist(list(...))
    req<-unlist(lapply(libs,require,character.only=TRUE))
    need<-libs[req==FALSE]
    if(length(need)>0){ 
        install.packages(need)
        lapply(need,require,character.only=TRUE)
    }
}

который можно использовать так:

using("RCurl","ggplot2","jsonlite","magrittr")

Таким образом, он загружает все пакеты, затем возвращается и устанавливает все отсутствующие пакеты (что, если хотите, является удобным местом для вставки подсказки с вопросом, хочет ли пользователь установить пакеты). Вместо того, чтобы вызывать install.packagesотдельно для каждого пакета, он пропускает весь вектор неустановленных пакетов только один раз.

Вот та же самая функция, но с диалоговым окном, которое спрашивает, хочет ли пользователь установить отсутствующие пакеты

using<-function(...) {
    libs<-unlist(list(...))
    req<-unlist(lapply(libs,require,character.only=TRUE))
    need<-libs[req==FALSE]
    n<-length(need)
    if(n>0){
        libsmsg<-if(n>2) paste(paste(need[1:(n-1)],collapse=", "),",",sep="") else need[1]
        print(libsmsg)
        if(n>1){
            libsmsg<-paste(libsmsg," and ", need[n],sep="")
        }
        libsmsg<-paste("The following packages could not be found: ",libsmsg,"\n\r\n\rInstall missing packages?",collapse="")
        if(winDialog(type = c("yesno"), libsmsg)=="YES"){       
            install.packages(need)
            lapply(need,require,character.only=TRUE)
        }
    }
}
Мэтью
источник
Это довольно элегантный способ, намного лучше принятого. Я включу это в мою личную библиотеку. Спасибо.
Bing
15

Хотя ответ Шейн действительно хорош, для одного моего проекта мне нужно удалить Ouput сообщение, предупреждение и установку пакетов автоматически . Мне наконец удалось получить этот скрипт:

InstalledPackage <- function(package) 
{
    available <- suppressMessages(suppressWarnings(sapply(package, require, quietly = TRUE, character.only = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))
    missing <- package[!available]
    if (length(missing) > 0) return(FALSE)
    return(TRUE)
}

CRANChoosen <- function()
{
    return(getOption("repos")["CRAN"] != "@CRAN@")
}

UsePackage <- function(package, defaultCRANmirror = "http://cran.at.r-project.org") 
{
    if(!InstalledPackage(package))
    {
        if(!CRANChoosen())
        {       
            chooseCRANmirror()
            if(!CRANChoosen())
            {
                options(repos = c(CRAN = defaultCRANmirror))
            }
        }

        suppressMessages(suppressWarnings(install.packages(package)))
        if(!InstalledPackage(package)) return(FALSE)
    }
    return(TRUE)
}

Использование:

libraries <- c("ReadImages", "ggplot2")
for(library in libraries) 
{ 
    if(!UsePackage(library))
    {
        stop("Error!", library)
    }
}
Хуан Антонио Кано
источник
9
# List of packages for session
.packages = c("ggplot2", "plyr", "rms")

# Install CRAN packages (if not already installed)
.inst <- .packages %in% installed.packages()
if(length(.packages[!.inst]) > 0) install.packages(.packages[!.inst])

# Load packages into session 
lapply(.packages, require, character.only=TRUE)
Брайан Спиринг
источник
6

Это цель пакета rbundler : предоставить способ управления пакетами, установленными для конкретного проекта. Прямо сейчас пакет работает с функциональностью devtools для установки пакетов в каталог вашего проекта. Функциональность похожа на пакет Ruby .

Если ваш проект представляет собой пакет (рекомендуется), тогда все, что вам нужно сделать, это загрузить rbundler и связать пакеты. bundleФункция будет выглядеть в вашем пакете DESCRIPTIONфайл , чтобы определить , какие пакеты для объединения.

library(rbundler)
bundle('.', repos="http://cran.us.r-project.org")

Теперь пакеты будут установлены в каталог .Rbundle.

Если ваш проект не является пакетом, то вы можете подделать его, создав DESCRIPTIONфайл в корневом каталоге вашего проекта с полем Depends, в котором перечислены пакеты, которые вы хотите установить (с дополнительной информацией о версии):

Depends: ggplot2 (>= 0.9.2), arm, glmnet

Вот репозиторий Github для проекта, если вы заинтересованы в участии: rbundler .

Эрик Шилтс
источник
5

Конечно.

Вам нужно сравнить «установленные пакеты» с «желаемыми пакетами». Это очень близко к тому, что я делаю с CRANberries, так как мне нужно сравнить «сохраненные известные пакеты» с «известными на данный момент пакетами», чтобы определить новые и / или обновленные пакеты.

Так что-то вроде

AP <- available.packages(contrib.url(repos[i,"url"]))   # available t repos[i]

чтобы получить все известные пакеты, выполните симуляцию вызова установленных в данный момент пакетов и сравните их с заданным набором целевых пакетов.

Дирк Эддельбюттель
источник
5

Используйте packratтак, чтобы разделяемые библиотеки были точно такими же и не меняли окружение других.

С точки зрения элегантности и лучшей практики, я думаю, что вы в корне ошибаетесь. Пакет packratбыл разработан для этих проблем. Он разработан RStudio Хэдли Уикхем. Вместо этого им приходится устанавливать зависимости и, возможно, портить чью-то систему окружения, packratиспользовать свой собственный каталог и устанавливать там все зависимости для ваших программ и не затрагивать чью-то среду.

Packrat - это система управления зависимостями для R.

Зависимости пакета R могут быть разочаровывающими. Приходилось ли вам когда-либо использовать метод проб и ошибок, чтобы выяснить, какие R-пакеты вам нужно установить, чтобы заставить работать чужой код, а затем навсегда оставить эти пакеты глобально установленными, потому что теперь вы не уверены, нужны ли они вам? ? Вы когда-нибудь обновляли пакет, чтобы заставить код в одном из ваших проектов работать, только чтобы обнаружить, что из-за обновленного пакета код в другом проекте перестает работать?

Мы создали пакет для решения этих проблем. Используйте packrat, чтобы сделать ваши R проекты более:

  • Изолированный: установка нового или обновленного пакета для одного проекта не нарушит другие ваши проекты, и наоборот. Это потому, что packrat предоставляет каждому проекту свою собственную библиотеку пакетов.
  • Переносимость: легко переносить свои проекты с одного компьютера на другой, даже на разные платформы. Packrat позволяет легко устанавливать пакеты, от которых зависит ваш проект.
  • Воспроизводимые: Packrat записывает точные версии пакетов, от которых вы зависите, и гарантирует, что именно эти версии будут установлены везде, где бы вы ни находились.

https://rstudio.github.io/packrat/

mtelesha
источник
4

Следующая простая функция работает как брелок:

  usePackage<-function(p){
      # load a package if installed, else load after installation.
      # Args:
      #   p: package name in quotes

      if (!is.element(p, installed.packages()[,1])){
        print(paste('Package:',p,'Not found, Installing Now...'))
        install.packages(p, dep = TRUE)}
      print(paste('Loading Package :',p))
      require(p, character.only = TRUE)  
    }

(Не мой, нашел это в Интернете некоторое время назад и использовал его с тех пор. Не уверен в первоначальном источнике)

Аниш Сугатан
источник
4

Я использую следующую функцию, чтобы установить пакет, если require("<package>")выход с ошибкой пакета не найден. Он запросит оба хранилища - CRAN и Bioconductor на предмет отсутствия пакета.

Адаптировано из оригинальной работы Джошуа Уайли, http://r.789695.n4.nabble.com/Install-package-automatics-if-not-there-td2267532.html

install.packages.auto <- function(x) { 
  x <- as.character(substitute(x)) 
  if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) { 
    eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
  } else { 
    #update.packages(ask= FALSE) #update installed packages.
    eval(parse(text = sprintf("install.packages(\"%s\", dependencies = TRUE)", x)))
  }
  if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) { 
    eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
  } else {
    source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
    #biocLite(character(), ask=FALSE) #update installed packages.
    eval(parse(text = sprintf("biocLite(\"%s\")", x)))
    eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
  }
}

Пример:

install.packages.auto(qvalue) # from bioconductor
install.packages.auto(rNMF) # from CRAN

PS: update.packages(ask = FALSE)& biocLite(character(), ask=FALSE)обновит все установленные пакеты в системе. Это может занять много времени и рассматривать его как полное обновление R, которое не может быть гарантировано все время!

Samir
источник
Это можно улучшить, проверив, действительно ли пакеты доступны на кране или в bc. Также следует использовать библиотеку в конце, чтобы выдать ошибку, если установка не удалась или пакет не существует. Смотрите мою улучшенную версию, названную loadpack()на raw.githubusercontent.com/holgerbrandl/datautils/master/R/…
Хольгер Брандл,
4

Вы можете просто использовать setdiffфункцию, чтобы получить пакеты, которые не установлены, а затем установить их. В приведенном ниже примере мы проверяем , если ggplot2и Rcppпакеты установлены перед их установкой.

unavailable <- setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages()))
install.packages(unavailable)

В одну строку вышеприведенное можно записать так:

install.packages(setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages())))
Алекс Эссильфи
источник
Я использую тот же подход. Мы также можем использовать installed.packages()[,'Package']вместо rownames(installed.packages()).
Скуделлетти
3

Я реализовал функцию для установки и загрузки необходимых пакетов R в автоматическом режиме. Надежда может помочь. Вот код:

# Function to Install and Load R Packages
Install_And_Load <- function(Required_Packages)
{
    Remaining_Packages <- Required_Packages[!(Required_Packages %in% installed.packages()[,"Package"])];

    if(length(Remaining_Packages)) 
    {
        install.packages(Remaining_Packages);
    }
    for(package_name in Required_Packages)
    {
        library(package_name,character.only=TRUE,quietly=TRUE);
    }
}

# Specify the list of required packages to be installed and load    
Required_Packages=c("ggplot2", "Rcpp");

# Call the Function
Install_And_Load(Required_Packages);
Пратик Патил
источник
3

Предстоящая версия RStudio (1.2), уже доступная в качестве предварительного просмотра, будет включать функцию обнаружения пропущенных пакетов library()и require()вызовов и подсказки пользователю для их установки:

Обнаружить пропущенные пакеты R

Многие R-скрипты открываются с помощью вызовов library()и require()загрузки пакетов, которые им необходимы для выполнения. Если вы откроете скрипт R, который ссылается на пакеты, которые вы не установили, RStudio предложит установить все необходимые пакеты одним щелчком мыши. Не нужно больше печатать, install.packages()пока ошибки не исчезнут!
https://blog.rstudio.com/2018/11/19/rstudio-1-2-preview-the-little-things/

Похоже, это особенно хорошо отвечает первоначальной проблеме ОП:

Многие из них являются новичками / пользователями среднего уровня и не понимают, что им нужно устанавливать пакеты, которых у них еще нет.

Aurèle
источник
2

Относительно вашей главной цели «установить библиотеки, которых у них еще нет.» И независимо от использования «instllaed.packages ()». Следующая функция маскирует исходную функцию require. Он пытается загрузить и проверить указанный пакет «x», если он не установлен, установить его напрямую, включая зависимости; и наконец загрузите это обычно. вы переименовываете имя функции из 'require' в 'library', чтобы сохранить целостность. Единственное ограничение - имена пакетов должны быть в кавычках.

require <- function(x) { 
  if (!base::require(x, character.only = TRUE)) {
  install.packages(x, dep = TRUE) ; 
  base::require(x, character.only = TRUE)
  } 
}

Таким образом, вы можете загрузить и установить пакет старым способом R. require ("ggplot2") require ("Rcpp")

GeoObserver
источник
Если вам больше не нравится ваш ответ, не разрушайте его - просто удалите его.
Майкл Петротта
Ну, я пытался, но я не мог. Я думаю, что мое расширение FF для NoScript отключает его, или у меня нет прав и прав на удаление моего собственного ответа. Однако я думаю, что Ливиус довольно близок к моему ответу, подумал без маскировки. Спасибо Михаилу Петротте. для уведомления.
GeoObserver
Вы должны увидеть deleteссылку над этими комментариями. Если вы этого не сделаете и хотите удалить, используйте flagссылку, выберите «другое» и объясните модератору, что вы хотите удалить ответ.
Майкл Петротта
2

Довольно простой.

pkgs = c("pacman","data.table")
if(length(new.pkgs <- setdiff(pkgs, rownames(installed.packages())))) install.packages(new.pkgs)
jangorecki
источник
2

Думаю, я внесу тот, который я использую:

testin <- function(package){if (!package %in% installed.packages())    
install.packages(package)}
testin("packagename")
Бен
источник
2
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
if (!require("ggsci")) biocLite("ggsci")
Шичэн Го
источник
2

Используя семейный подход и анонимную функцию, вы можете:

  1. Попробуйте прикрепить все перечисленные пакеты.
  2. Установка отсутствует только (используя ||ленивую оценку).
  3. Попытайтесь снова присоединить те, которые отсутствовали на шаге 1 и были установлены на шаге 2.
  4. Напечатайте окончательную загрузку каждого пакета ( TRUE/ FALSE).

    req <- substitute(require(x, character.only = TRUE))
    lbs <- c("plyr", "psych", "tm")
    sapply(lbs, function(x) eval(req) || {install.packages(x); eval(req)})
    
    plyr psych    tm 
    TRUE  TRUE  TRUE 
Георгий Шимановский
источник
1

Я использую следующее, которое проверит, установлен ли пакет и обновлены ли зависимости, затем загружает пакет.

p<-c('ggplot2','Rcpp')
install_package<-function(pack)
{if(!(pack %in% row.names(installed.packages())))
{
  update.packages(ask=F)
  install.packages(pack,dependencies=T)
}
 require(pack,character.only=TRUE)
}
for(pack in p) {install_package(pack)}

completeFun <- function(data, desiredCols) {
  completeVec <- complete.cases(data[, desiredCols])
  return(data[completeVec, ])
}
метасеквойя
источник
1

Вот мой код для этого:

packages <- c("dplyr", "gridBase", "gridExtra")
package_loader <- function(x){
    for (i in 1:length(x)){
        if (!identical((x[i], installed.packages()[x[i],1])){
            install.packages(x[i], dep = TRUE)
        } else {
            require(x[i], character.only = TRUE)
        }
    }
}
package_loader(packages)
Эдвард Тайлер
источник
1
 48 lapply_install_and_load <- function (package1, ...)
 49 {
 50     #
 51     # convert arguments to vector
 52     #
 53     packages <- c(package1, ...)
 54     #
 55     # check if loaded and installed
 56     #
 57     loaded        <- packages %in% (.packages())
 58     names(loaded) <- packages
 59     #
 60     installed        <- packages %in% rownames(installed.packages())
 61     names(installed) <- packages
 62     #
 63     # start loop to determine if each package is installed
 64     #
 65     load_it <- function (p, loaded, installed)
 66     {
 67         if (loaded[p])
 68         {
 69             print(paste(p, "loaded"))
 70         }
 71         else
 72         {
 73             print(paste(p, "not loaded"))
 74             if (installed[p])
 75             {
 76                 print(paste(p, "installed"))
 77                 do.call("library", list(p))
 78             }
 79             else
 80             {
 81                 print(paste(p, "not installed"))
 82                 install.packages(p)
 83                 do.call("library", list(p))
 84             }
 85         }
 86     }
 87     #
 88     lapply(packages, load_it, loaded, installed)
 89 }
ruemorgue
источник
1
library <- function(x){
  x = toString(substitute(x))
if(!require(x,character.only=TRUE)){
  install.packages(x)
  base::library(x,character.only=TRUE)
}}

Это работает с именами пакетов без кавычек и довольно элегантно (см. Ответ GeoObserver)

зп
источник
1

В моем случае я хотел один лайнер, который мог бы запускаться из командной строки (на самом деле через Makefile). Вот пример установки «VGAM» и «Перо», если они еще не установлены:

R -e 'for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")'

Изнутри R это будет просто:

for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")

Здесь нет ничего кроме предыдущих решений, кроме того, что:

  • Я держу это в одной строке
  • Я жестко запрограммировал reposпараметр (чтобы избежать всплывающих окон, спрашивающих о том, какое зеркало использовать)
  • Я не пытаюсь определить функцию, которая будет использоваться в другом месте

Также обратите внимание на важное character.only=TRUE(без него requireбудет пытаться загрузить пакет p).

user3780389
источник
0
  packages_installed <- function(pkg_list){
        pkgs <- unlist(pkg_list)
        req <- unlist(lapply(pkgs, require, character.only = TRUE))
        not_installed <- pkgs[req == FALSE]
        lapply(not_installed, install.packages, 
               repos = "http://cran.r-project.org")# add lib.loc if needed
        lapply(pkgs, library, character.only = TRUE)
}
KVemuri
источник
0

Позвольте мне поделиться немного безумия:

c("ggplot2","ggsci", "hrbrthemes", "gghighlight", "dplyr") %>%  # What will you need to load for this script?
  (function (x) ifelse(t =!(x %in% installed.packages()), 
    install.packages(x[t]),
    lapply(x, require))) 
lf_araujo
источник