Исправление множественного предупреждения «неизвестный столбец»

У меня есть постоянное многократное предупреждение о «неизвестном столбце» для всех типов команд (например, str (x) для установки обновлений в пакеты), и я не уверен, как это отладить или исправить.

Предупреждение «неизвестный столбец» явно связано с переменной в tbl_df, которую я переименовал, но предупреждение появляется во всех видах команд, которые, по-видимому, не связаны с tbl_df (например, установка обновлений в пакете, str (x), где x - это просто символьный вектор).

Это проблема со средством диагностики в RStudio (средство, которое показывает предупреждения и возможные ошибки в вашем коде). Он был частично зафиксирован на этом совершают в RStudio v1.1.103 или позже @ Kévin-ushey . Исправление является частичным, потому что предупреждения все еще появляются (хотя и с меньшей частотой). Об этой проблеме сообщалось в виде воспроизводимого примера по адресу https://github.com/rstudio/rstudio/issues/7372, и она была исправлена ​​в запросе на извлечение RStudio v1.4 (будет выпущен)

Доступно несколько обходных путей, выберите решение, которое вы предпочитаете:

• Отключите диагностику кода для всех файлов в Предпочтения / Код / Диагностика

• Отключите всю диагностику для определенного файла:

  Добавьте в начале открытого файла (ов):

   # !diagnostics off

  Затем сохраните файлы, и предупреждения должны перестать появляться.

• Отключите диагностику для переменных, которые вызывают предупреждение

  Добавьте в начале открытого файла (ов):

   # !diagnostics suppress=<comma-separated list of variables>

  Затем сохраните файлы, и предупреждения должны перестать появляться.

Предупреждения появляются потому, что диагностический инструмент в RStudio анализирует исходный код для обнаружения ошибок, и когда он выполняет диагностические проверки, он обращается к столбцам в вашей таблице, которые не инициализированы, и выдает предупреждение, которое мы видим. Предупреждения не появляются, потому что вы запускаете несвязанные вещи, они появляются, когда выполняется диагностика RStudio (когда файл сохраняется, затем изменяется, когда вы что-то запускаете ...).

Я столкнулся с той же проблемой, и хотя я не знаю, почему это происходит, я смог определить, когда это происходит, и, таким образом, предотвратить это.

Похоже, проблема заключается в добавлении нового столбца, полученного из индексации, в базовый фрейм данных R по сравнению с фреймом данных Tibble. Возьмите этот пример, где вы добавляете новый столбец ( age) в базовый фрейм данных R:

base_df <- data.frame(id = c(1:3), name = c("mary", "jill","steve"))

base_df$age[base_df$name == "mary"] <- 47

Это работает без возврата предупреждения. Но когда то же самое делается с тиблом, он выдает предупреждение (и, следовательно, я думаю, что вызывает странную, на первый взгляд неспровоцированную проблему множественных предупреждений):

library(tibble)

tibble_df <- tibble(id = c(1:3), name = c("mary", "jill","steve"))

tibble_df$age[tibble_df$name == "mary"] <- 47

Warning message:
Unknown column 'age' 

Конечно, есть лучшие способы избежать этого, но я обнаружил, что сначала создание вектора NAs делает свою работу:

tibble_df$age <- NA

tibble_df$age[tibble_df$name == "mary"] <- 47

Я столкнулся с этой проблемой при использовании пакета "dplyr".
Для тех, кто сталкивается с этой проблемой после использования функции «group_by» в библиотеке «dplyr»:

Я обнаружил, что разгруппировка переменных решает проблему предупреждения о неизвестных столбцах. Иногда мне приходилось повторять разгруппировку несколько раз, пока проблема не будет решена.

Преобразование класса в data.frameрешенную проблему для меня:

library(dplyr)
df <- data.frame(id = c(1,1:3), name = c("mary", "jo", "jill","steve"))
dfTbl <- df %>%
  group_by(id) %>%
  summarize (n = n())
class(dfTbl) # [1] "tbl_df"     "tbl"        "data.frame"
dfTbl = as.data.frame(dfTbl)
class(dfTbl) # [1] "data.frame"

Заимствовал частичный скрипт из @adts

У меня была эта проблема, когда я имел дело с функциями tibble и lapply вместе. Тибл, казалось, сохранял вещи как список внутри фрейма данных.

Я решил это с помощью unlist перед добавлением результатов функции lapply в таблицу.

Я тоже столкнулся с этой проблемой, кроме как из-за тиббла, созданного с помощью блока dyplyr. Вот небольшая модификация кода Сабре, чтобы показать, как я пришел к той же ошибке.

library(dplyr)

df <- data.frame(id = c(1,1:3), name = c("mary", "jo", "jill","steve"))

t <- df %>%
  group_by(id) %>%
  summarize (n = n())

t
str(t)


t$newvar[t$id==1] <- 0

Допустим, я хотел выбрать следующие столбцы

best.columns = 'id'

Для меня следующее дало предупреждение:

df%>% select_(one_of(best.columns))

Хотя это сработало, как и ожидалось, хотя, насколько я знаю dplyr, это должно быть идентично.

df%>% select_(.dots = best.columns)

Я получаю эти предупреждения, когда переименовываю столбец, используя dplyr::renameпосле прочтения его с помощью readrпакета.

Старое имя столбца не переименовано в specатрибуте. Таким образом, удаление specатрибута устраняет предупреждения. Кроме того, удаление класса «spec_tbl_df» кажется хорошей идеей.

attr(dat, "spec") <- NULL
class(dat) <- setdiff(class(dat), "spec_tbl_df")