При установке rJava с помощью install.packages("rJava")
команды я получаю следующую ошибку:
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver : '/usr/bin/jar'
compiler : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
У меня установлен Java JDK, и он java -version
возвращает следующее:
$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)
Когда я ищу ошибку в Google, я вижу, что у других такая же проблема, но они не находят другого решения, кроме «установить весь JDK, а не только JRE», что я сделал.
Другая вещь, которую я прочитал, - это запуск, sudo R CMD javareconf
который работает довольно успешно, без ошибок.
Есть идеи, в чем моя проблема?
[[EDIT]] Прошло несколько месяцев с тех пор, как у меня возникла эта проблема. Первоначально я решил эту проблему, отредактировав свои пути Java, как показано в ответе, который я опубликовал ниже. Недавно я столкнулся с той же проблемой при новой установке Ubuntu. Я попробовал рекомендацию Дирка использовать apt-get для установки пакета rJava. Это сработало отлично. Первоначально мне не удалось оценить то, что установка пакетов с использованием метода Ubuntu apt-get принципиально отличается от простой загрузки того же пакета с помощью install.packages () внутри R. Пакеты Ubuntu решают некоторые проблемы, которые я не осознавал и не ценил. ,
readxl
но я предпочитаю писать в Excelopenxlsx
. Также не требуется rJava.Ответы:
не было бы
было легче? Вы могли бы спросить меня на useR! :)
источник
update.packages()
получаю, я замечаю, что есть файлrJava update
. Установка из R не выполняется. Когда у меняapt-get install r-cran-rjava
нет доступных обновлений. Почему это происходит?Оказывается, моя проблема связана с моей
JAVA_HOME
переменной окружения. Да, шокирует я знаю. Моя первоначальная настройкаPATH
иJAVA_HOME
выглядела так:И я добавил,
/jre
что теперь это выглядит так:Казалось, что все в Java работает нормально без использования
/jre
rJava. Странный.источник
R CMD javareconf
. В противном случае процесс установки rJava по-прежнему видит старые расположения заголовков, библиотек и т. Д.8-oracle
вместо этого использовал версию.Спасибо - ваше предложение по поводу
$JAVA_HOME
привело меня к аналогичному решению:перед вызовом R.
источник
Я столкнулся с той же проблемой, и она сработала после выполнения команд ниже.
Подробности см. На http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html
источник
Вот как я заставляю это работать:
В Linux (Ubuntu 16.04)
в R:
источник
Это сработало для меня на Ubuntu 12.04 и R версии 3.0
это каталог, в котором есть jni.h
Затем создайте мягкую ссылку на другой требуемый файл заголовка (мне лень узнать, как включить более одного каталога в параметр JAVA_CPPFLAGS ниже):
в заключение
источник
sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include
решил проблему для меня.echo $JAVA_HOME
еслиjava-6-sun
это не ваш точный каталог.ниже один из моих ответов на другой пост - ошибка: невозможно загрузить установленные пакеты прямо сейчас
(это также имеет отношение к этому вопросу)
Для пользователей Linux (Ubuntu): если у вас установлен oracle-java (7/8) . Он будет в этом месте,
/usr/lib/jvm
иsudo
требуется доступ.Создайте файл
/etc/ld.so.conf.d/java.conf
со следующими записями:(Замените java-8-oracle на java-7-oracle в зависимости от вашей версии java)
Затем:
Перезапустите RStudio, а затем установите пакет rJava.
источник
Запуск R под Gentoo на AMD64. Я обновился до R 2.12.0
Версия R 2.12.0 (2010-10-15) Авторские права (C) 2010 Фонд R для статистических вычислений ISBN 3-900051-07-0 Платформа: x86_64-pc-linux-gnu (64-разрядная версия) и эти надоедливые сообщения исчезли. прочь.
Ян Вандермер
источник
Я попытался установить openjdk-7- *, но все равно у меня возникли проблемы с установкой rJava. Оказывается, после перезагрузки компьютера проблем не было.
так
источник
Пакет rJava ищет
/usr/lib/jvm/default-java/
папку. Но по умолчанию он недоступен. В этой папке есть символическая ссылка для java по умолчанию, настроенного для системы.Чтобы активировать Java по умолчанию, установите следующие пакеты:
sudo apt-get install default-jre default-jre-headless
Протестировано на Ubuntu 17.04 с CRAN R 3.4.1
источник
Для меня сработало изменение JAVA_HOME из файла
/usr/lib/R/etc/javaconf
Сначала я проверил, какая у меня версия Java включена:
sudo update-alternatives --config java
. В моем случае это былоjava-8-oracle
Я открыл файл
/usr/lib/R/etc/javaconf
и заменилdefault-java
егоjava-8-oracle
:заменен на :
А потом
sudo R CMD javareconf
Я перезапустил RStudio и смог установить rJava.
источник
что я делаю здесь:
в /etc/apt/sources.list добавьте:
deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main
Примечание: версия rjava должна быть последней.
2 запустить: sudo apt-get update sudo apt-get install r-cran-rjava
После обновления старой версии rjava можно установить rhdfs_1.0.8.
источник
Я получил его, загрузив: https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz и выполнив команду R CMD install rJava_0.9-8.tar.gz
источник
Я столкнулся с той же проблемой при использовании Windows 10. Я решил проблему, используя следующую процедуру.
Примечание : jdk1.8.0_201 и jre1.8.0_201 будут изменены в зависимости от версии пакета разработки Java и Java.
Чтобы проверить установку, откройте CMD \ Введите javac \ Нажмите Enter и введите java \ нажмите Enter. Он покажет
В RStudio запустите
Заметка : jdk1.8.0_201 будет изменен в зависимости от версии комплекта разработки Java.
Теперь вы можете без проблем установить и загрузить пакет rJava.
источник
Проблема заключалась в том, что rJava не устанавливался в
RStudio
(Version 1.0.136
). Для меня сработало следующее (macOS Sierra version 10.12.6
) (найдено здесь ):Шаг 1. Загрузите и установите
javaforosx.dmg
с здесьШаг 2: Затем запустите команду из RStudio:
источник
Я столкнулся с подобной проблемой в Ubuntu 16.04 и смог решить ее, создав папку с именем «default-java»
/usr/lib/jvm
и скопировав в нее все содержимое файла/usr/lib/jvm/java-8-oracle
. Я выбрал это решение, поскольку исправление переменной среды JAVA_HOME оказалось бесполезным.источник
default-jre
установку пакета.