Получите коэффициенты, рассчитанные по максимальной вероятности, в таблицу звездочета

84

Stargazer создает очень красивые латексные таблицы для объектов lm (и других). Предположим, я подобрал модель по максимальной вероятности. Я бы хотел, чтобы звездочет составил для моих оценок таблицу в стиле lm. Как я могу это сделать?

Хотя это немного взломано, одним из способов может быть создание «фальшивого» объекта lm, содержащего мои оценки - я думаю, это будет работать, пока работает summary (my.fake.lm.object). Это легко сделать?

Пример:

library(stargazer)

N <- 200
df <- data.frame(x=runif(N, 0, 50))
df$y <- 10 + 2 * df$x + 4 * rt(N, 4)  # True params
plot(df$x, df$y)

model1 <- lm(y ~ x, data=df)
stargazer(model1, title="A Model")  # I'd like to produce a similar table for the model below

ll <- function(params) {
    ## Log likelihood for y ~ x + student's t errors
    params <- as.list(params)
    return(sum(dt((df$y - params$const - params$beta*df$x) / params$scale, df=params$degrees.freedom, log=TRUE) -
               log(params$scale)))
}

model2 <- optim(par=c(const=5, beta=1, scale=3, degrees.freedom=5), lower=c(-Inf, -Inf, 0.1, 0.1),
                fn=ll, method="L-BFGS-B", control=list(fnscale=-1), hessian=TRUE)
model2.coefs <- data.frame(coefficient=names(model2$par), value=as.numeric(model2$par),
                           se=as.numeric(sqrt(diag(solve(-model2$hessian)))))

stargazer(model2.coefs, title="Another Model", summary=FALSE)  # Works, but how can I mimic what stargazer does with lm objects?

Чтобы быть более точным: с объектами lm stargazer красиво печатает зависимую переменную в верхней части таблицы, включает SE в скобках под соответствующими оценками и имеет R ^ 2 и количество наблюдений в нижней части таблицы. Есть ли (n простой) способ получить такое же поведение с «заказной» моделью, оцененной по максимальной вероятности, как указано выше?

Вот мои слабые попытки нарядить свой optim output как объект lm:

model2.lm <- list()  # Mimic an lm object
class(model2.lm) <- c(class(model2.lm), "lm")
model2.lm$rank <- model1$rank  # Problematic?
model2.lm$coefficients <- model2$par
names(model2.lm$coefficients)[1:2] <- names(model1$coefficients)
model2.lm$fitted.values <- model2$par["const"] + model2$par["beta"]*df$x
model2.lm$residuals <- df$y - model2.lm$fitted.values
model2.lm$model <- df
model2.lm$terms <- model1$terms  # Problematic?
summary(model2.lm)  # Not working
r optimization lm stargazer Адриан
источник
6
Я попытался сделать что-то подобное с texregпакетом. Из-за лени я переписал коэффициенты и стандартные ошибки другой модели, что дало мне желаемый результат. В вашем случае вы можете, например, перезаписать коэффициенты и стандартные ошибки model1. Хотя это не изощренное решение, оно должно работать. Излишне говорить, что мне любопытно посмотреть, появятся ли какие-нибудь лучшие решения ...
coffeinjunky
1
Вы можете взглянуть на функцию звездочета, которая выполняет тяжелую работу stargazer:::.stargazer.wrap. Это похоже на контейнер с кучей других функций в дополнение к коду, форматирующему таблицы. И похоже, что он оценивает довольно много компонентов для lm(и glm), из-за которых очень сложно оформить ваши optim()результаты.
andybega
3
В texregдостаточно создать texregобъект, используя createTexregфункцию. Вы в основном просто передать коэффициенты, SES и т.д. См ?createTexreg. texregОбъект может затем быть подан в texreg, htmlreg, screenreg, и plotregфункции. В качестве альтернативы, раздел 6 статьи JSS описывает, как писать и регистрировать методы для новых типов моделей на случай, если вы захотите повторно использовать тот же шаблон позже.
Филип Лейфельд,

Ответы:

2

У меня просто была эта проблема, и я решил ее с помощью функций coef se, и omitв Stargazer ... например

stargazer(regressions, ...
                     coef = list(... list of coefs...),
                     se = list(... list of standard errors...),
                     omit = c(sequence),
                     covariate.labels = c("new names"),
                     dep.var.labels.include = FALSE,
                     notes.append=FALSE), file="")
BenD
источник
1

Вам нужно сначала создать экземпляр фиктивного lmобъекта, а затем нарядить его:

#...
model2.lm = lm(y ~ ., data.frame(y=runif(5), beta=runif(5), scale=runif(5), degrees.freedom=runif(5)))
model2.lm$coefficients <- model2$par
model2.lm$fitted.values <- model2$par["const"] + model2$par["beta"]*df$x
model2.lm$residuals <- df$y - model2.lm$fitted.values
stargazer(model2.lm, se = list(model2.coefs$se), summary=FALSE, type='text')

# ===============================================
#                         Dependent variable:    
#                     ---------------------------
#                                  y             
# -----------------------------------------------
# const                        10.127***         
#                               (0.680)          
#                                                
# beta                         1.995***          
#                               (0.024)          
#                                                
# scale                        3.836***          
#                               (0.393)          
#                                                
# degrees.freedom              3.682***          
#                               (1.187)          
#                                                
# -----------------------------------------------
# Observations                    200            
# R2                             0.965           
# Adjusted R2                    0.858           
# Residual Std. Error       75.581 (df = 1)      
# F Statistic              9.076 (df = 3; 1)     
# ===============================================
# Note:               *p<0.1; **p<0.05; ***p<0.01

(а затем, конечно, убедитесь, что остальная сводная статистика верна)

люффе
источник
0

Я не знаю, насколько вы привержены использованию stargazer, но вы можете попробовать использовать пакеты broom и xtable, проблема в том, что они не выдадут вам стандартные ошибки для модели optim 

library(broom)
library(xtable)
xtable(tidy(model1))
xtable(tidy(model2))
Andrelrms
источник