Как исправить поврежденный репозиторий git?

Я попытался клонировать свой репозиторий, который я храню в одной папке Ubuntu, на новую машину, и получил следующее:

christopher@christopher-laptop:~/source/personal$ git clone ~/Ubuntu\ One\ Side\ Work/projects.git/
Cloning into 'projects'...
done.
fatal: unable to read tree 29a422c19251aeaeb907175e9b3219a9bed6c616
christopher@christopher-laptop:~/source/personal$ 

Итак, я попытался посмотреть на многие другие вопросы, подобные этому, которые были заданы здесь, и большинство из них говорят, что нужно работать, git fsck --fullа затем я получаю это, когда пытаюсь это сделать.

christopher@christopher-laptop:~/Ubuntu One Side Work/projects.git$ git fsck --full
Checking object directories: 100% (256/256), done.
Checking objects: 100% (447/447), done.
broken link from  commit 235ae1f48701d577d71ebd430344a159e5ba4881
              to  commit 984c11abfc9c2839b386f29c574d9e03383fa589
broken link from    tree 632a9cf0ef9fccea08438b574e2f1c954f4ff08b
              to    blob 25a742dff0a403b2b3884f2ffddf63eb45721fac
broken link from    tree 632a9cf0ef9fccea08438b574e2f1c954f4ff08b
              to    blob dd4e97e22e159a585b20e21028f964827d5afa4e
broken link from    tree 632a9cf0ef9fccea08438b574e2f1c954f4ff08b
              to    tree 29a422c19251aeaeb907175e9b3219a9bed6c616
broken link from    tree 632a9cf0ef9fccea08438b574e2f1c954f4ff08b
              to    tree 8084e8e04d510cc28321f30a9646477cc50c235c
broken link from    tree 774b5b4157b4caae1c6cad96c8eaf5d4eba2c628
              to    blob a0daa0c1567b55d8de2b4d7a3bc010f58c047eab
broken link from    tree 774b5b4157b4caae1c6cad96c8eaf5d4eba2c628
              to    blob e9052d35bfb6d30065b206fc43f4200a04d5281b
broken link from    tree 774b5b4157b4caae1c6cad96c8eaf5d4eba2c628
              to    blob 1a3a5e4dd2502ac121c22f743c4250e254a94eeb
broken link from    tree 4aa336dc1a5838e8918e03b85580069d83f4ad09
              to    tree 8cc55ec952dc192a233e062201d1e7e873ac3db0
broken link from    tree e5674a91a53e15575a1f3bf5786bc5cc719fb483
              to    blob 4a994e1e7bb7ce28dcec98bad48b9a891d7dec51
broken link from    tree e5674a91a53e15575a1f3bf5786bc5cc719fb483
              to    blob ac033bf9dc846101320c96a5ce8aceb8c96ec098
broken link from    tree 252ab84542264e1589576b6ee51e7a31e580a0e2
              to    tree 2069041cd5950e529e2991d37b7290ec021d90d4
broken link from    tree 2d4964aa4d4f5d8c7228518ce72ef6a63f820c6d
              to    blob d83690e1b9a6bdd8a08754b38231799acefcb2ab
broken link from    tree c7192e82fc581bd6448bda1a25e8729bdac5f4ff
              to    blob 30d54d47ae82add1917ca173d42e58b396df580b
broken link from    tree 7c66306901fc71389623286936cef172d4ffe408
              to    blob bc7e05d705401273b1df4e939de0f540597c0931
broken link from    tree 0940f5fd227d4c84d6e6749d872db50a4522ae3a
              to    tree 923767594ac22023e824948d65622fe5b407d1a1
broken link from    tree 8eadcd2a971e8357d24f0d80f993d2963452209f
              to    blob 2598bde3dc8cb80ee49510b8159344004b88645f
broken link from    tree ffa302dd0d969172ef23caeefe856ab2f57a4e4d
              to    blob d6925fa431be1ac585bf9a481e98f75107a6e6fb
broken link from    tree 7045b8870a49ce30a2027537a96d73d162bda773
              to    blob 25688652dea26f61f576ca1b52b9d1a18fbfd01d
broken link from    tree 37e4705d34bd440ce681ae32ae9a180a13256d72
              to    tree 246f564d4cee53339b8a4244f3173b61caa518eb
missing blob d6925fa431be1ac585bf9a481e98f75107a6e6fb
missing blob ac033bf9dc846101320c96a5ce8aceb8c96ec098
missing tree 29a422c19251aeaeb907175e9b3219a9bed6c616
missing tree 8084e8e04d510cc28321f30a9646477cc50c235c
missing blob 30d54d47ae82add1917ca173d42e58b396df580b
missing tree 8cc55ec952dc192a233e062201d1e7e873ac3db0
missing blob e9052d35bfb6d30065b206fc43f4200a04d5281b
dangling tree 4b26e95db542c72ac4a22ec25abe38fb2de79752
missing blob d83690e1b9a6bdd8a08754b38231799acefcb2ab
missing blob 25a742dff0a403b2b3884f2ffddf63eb45721fac
missing tree 923767594ac22023e824948d65622fe5b407d1a1
missing blob 25688652dea26f61f576ca1b52b9d1a18fbfd01d
missing blob 2598bde3dc8cb80ee49510b8159344004b88645f
dangling tree 3a683869f1bb0c1634de75700c316b3b36570dbd
dangling blob 4098d30843380d798a811f1aa9a02994f0dbbb27
missing tree 2069041cd5950e529e2991d37b7290ec021d90d4
missing blob 4a994e1e7bb7ce28dcec98bad48b9a891d7dec51
missing blob 1a3a5e4dd2502ac121c22f743c4250e254a94eeb
missing blob a0daa0c1567b55d8de2b4d7a3bc010f58c047eab
dangling tree 6c7b5162aa7a303fa3fe8dc393c5da564e309521
missing commit 984c11abfc9c2839b386f29c574d9e03383fa589
missing blob bc7e05d705401273b1df4e939de0f540597c0931
missing blob dd4e97e22e159a585b20e21028f964827d5afa4e
missing tree 246f564d4cee53339b8a4244f3173b61caa518eb
dangling commit a01f5c1e5315dc837203d6dee00d3493be9c5db9

Выглядит очень плохо. Когда я делаю это, git log | headя получаю это

christopher@christopher-laptop:~/Ubuntu One Side Work/projects.git$ git log | head
error: Could not read 984c11abfc9c2839b386f29c574d9e03383fa589
fatal: Failed to traverse parents of commit 235ae1f48701d577d71ebd430344a159e5ba4881
commit 2fb0d2d0643b445440f01b164f11ee9ee71fca48
Author: christopher <christopher@christopher.christopher>
Date:   Wed Aug 7 15:51:42 2013 -0400

    finishing chapter 7

Другие вопросы здесь сказали посмотреть ./git/refs/heads/master. Это чистое репо и refs/heads/существует, но refs/heads/masterего нет. HEAD в голом репо говорит, ref: refs/heads/masterчто

packed-refs хотя говорит это

# pack-refs with: peeled 
2fb0d2d0643b445440f01b164f11ee9ee71fca48 refs/heads/master

Тем не менее, другие вопросы предполагали запуск, git reflogи когда я запускаю его, ничего не отображается.

Так что я действительно понятия не имею, что здесь делать. Какую стратегию следует предпринять? Можно ли сбросить голову до этого последнего коммита 7 августа?

РЕДАКТИРОВАТЬ:

Выполнение журнала git и переход к нижней части экрана показывает следующее:

commit 996e03b949aea176238e3c7a8452700bbb987ac9
Author: christopher <christopher@christopher>
Date:   Wed Jul 3 23:00:44 2013 -0400

    many many changes
error: Could not read 984c11abfc9c2839b386f29c574d9e03383fa589
fatal: Failed to traverse parents of commit 235ae1f48701d577d71ebd430344a159e5ba4881

Кажется, это мешает работе git prune

В качестве альтернативы последнему варианту CodeGnome, если повреждено только локальное репо, и вы знаете URL-адрес удаленного устройства, вы можете использовать это, чтобы повторно настроить его .gitдля соответствия удаленному (заменяя ${url}удаленным URL-адресом):

mv -v .git .git_old &&            # remove old git
git init &&                       # initialise new repo
git remote add origin "${url}" && # link to old repo
git fetch &&                      # get old history
git reset origin/master --mixed   # force update to old history

Это оставляет ваше рабочее дерево нетронутым и влияет только на бухгалтерию git.
Я также недавно сделал для этой цели сценарий bash (Приложение A), который обеспечивает некоторую безопасность этой операции.

Примечание:

Если в вашем репо есть подмодули, этот процесс каким-то образом испортит их, и единственное решение, которое я нашел до сих пор, - это их удаление и последующее использование git submodule update --init(или повторное клонирование репо, но это кажется слишком радикальным).

Приложение A - Полный сценарий

#!/bin/bash

# Author: Zoey Llewellyn "Zobean" Hewll
#
# Usage: fix-git [REMOTE-URL]
#   Must be run from the root directory of the repository.
#   If a remote is not supplied, it will be read from .git/config
# 
# For when you have a corrupted local repo, but a trusted remote.
# This script replaces all your history with that of the remote.
# If there is a .git, it is backed up as .git_old, removing the last backup.
# This does not affect your working tree.
#
# This does not currently work with submodules!
# This will abort if a suspected submodule is found.
# You will have to delete them first
# and re-clone them after (with `git submodule update --init`)
#
# Error codes:
# 1: If a url is not supplied, and one cannot be read from .git/config
# 4: If the url cannot be reached
# 5: If a git submodule is detected


if [[ "$(find -name .git -not -path ./.git | wc -l)" -gt 0 ]] ;
then
    echo "It looks like this repo uses submodules" >&2
    echo "You will need to remove them before this script can safely execute" >&2
    echo "Then use \`git submodule update --init\` to re-clone them" >&2
    exit 5
fi

if [[ $# -ge 1 ]] ;
then
    url="$1"
else
    if ! url="$(git config --local --get remote.origin.url)" ;
    then
        echo "Unable to find remote 'origin': missing in '.git/config'" >&2
        exit 1
    fi
fi
url_base="$(echo "${url}" | sed -E 's;^([^/]*://)?([^/]*)(/.*)?$;\2;')"
echo "Attempting to access ${url_base} before continuing"
if ! wget -p "${url_base}" -O /dev/null -q --dns-timeout=5 --connect-timeout=5 ;
then
    echo "Unable to reach ${url_base}: Aborting before any damage is done" >&2
    exit 4
fi

echo
echo "This operation will replace the local repo with the remote at:"
echo "${url}"
echo
echo "This will completely rewrite history,"
echo "but will leave your working tree intact"
echo -n "Are you sure? (y/N): "

read confirm
if ! [ -t 0 ] ; # i'm open in a pipe
then
    # print the piped input
    echo "${confirm}"
fi
if echo "${confirm}"|grep -Eq "[Yy]+[EeSs]*" ; # it looks like a yes
then
    if [[ -e .git ]] ;
    then
        # remove old backup
        rm -vrf .git_old | tail -n 1 &&
        # backup .git iff it exists
        mv -v .git .git_old
    fi &&
    git init &&
    git remote add origin "${url}" &&
    git config --local --get remote.origin.url | sed 's/^/Added remote origin at /' &&
    git fetch &&
    git reset origin/master --mixed
else
    echo "Aborting without doing anything"
fi

TL; DR

На самом деле Git хранит историю не так, как вы думаете. Он вычисляет историю во время выполнения на основе цепочки предков. Если в вашей родословной отсутствуют капли, деревья или коммиты, возможно, вы не сможете полностью восстановить свою историю.

Восстановить отсутствующие объекты из резервных копий

Первое, что вы можете попробовать, - это восстановить недостающие элементы из резервной копии. Например, посмотрите, есть ли у вас резервная копия фиксации, сохраненная как .git/objects/98/4c11abfc9c2839b386f29c574d9e03383fa589. Если да, вы можете его восстановить.

Вы также можете изучить объекты git-verify-pack и git-unpack-objects в том случае, если фиксация уже упакована и вы хотите вернуть ее в свободный объект для операций с репозиторием.

Хирургическая резекция

Если вы не можете заменить недостающие элементы из резервной копии, вы можете удалить недостающую историю. Например, вы можете изучить свою историю или журнал ссылок, чтобы найти предка фиксации 984c11abfc9c2839b386f29c574d9e03383fa589. Если вы найдете один целым, то:

1. Скопируйте рабочий каталог Git куда-нибудь во временный каталог.
2. Выполните полный сброс неповрежденной фиксации.
3. Скопируйте текущие файлы обратно в дерево работы Git, но убедитесь, что вы не копируете обратно папку .git!
4. Зафиксируйте текущее дерево работ и сделайте все возможное, чтобы рассматривать его как сжатую фиксацию всей недостающей истории.

Если это сработает, вы, конечно, потеряете промежуточную историю. На этом этапе, если у вас есть журнал рабочей истории, неплохо было бы обрезать историю и журналы всех недостижимых коммитов и объектов.

Полное восстановление и повторная инициализация

Если ваш репозиторий все еще не работает, то, надеюсь, у вас есть неповрежденная резервная копия или клон, из которого вы можете восстановить. Если нет, но ваш текущий рабочий каталог содержит допустимые файлы, вы всегда можете повторно инициализировать Git. Например:

rm -rf .git
git init
git add .
git commit -m 'Re-initialize repository without old history.'

Это радикально, но это может быть ваш единственный вариант, если историю вашего репозитория действительно невозможно восстановить. YMMV.

Если у вас настроен удаленный компьютер и вы / не хотите потерять какой-то неопубликованный код, вы можете:

git fetch && git reset --hard

Вот сценарий (bash) для автоматизации первого решения @CodeGnome для восстановления из резервной копии (запускается с верхнего уровня поврежденного репо). Резервное копирование не обязательно должно быть полным, в нем должны быть только недостающие объекты.

git fsck 2>&1 | grep -e missing -e invalid | awk '{print $NF}' | sort -u |
    while read entry; do
        mkdir -p .git/objects/${entry:0:2}
        cp ${BACKUP}/objects/${entry:0:2}/${entry:2} .git/objects/${entry:0:2}/${entry:2}
    done

Прежде чем пробовать какие-либо исправления, описанные на этой странице, я бы посоветовал сделать копию вашего репо и работать только с этой копией. Затем, в конце, если вы можете исправить это, сравните его с оригиналом, чтобы убедиться, что вы не потеряли ни одного файла в процессе восстановления.

Другой альтернативой, которая сработала для меня, было сбросить git head и index в предыдущее состояние, используя:

git reset --keep

Вы также можете сделать то же самое вручную, открыв графический интерфейс Git, выбрав каждое «Поэтапное изменение» и щелкнув «Деактивировать изменение». Когда все не настроено, вы можете сжать базу данных, проверить базу данных и выполнить фиксацию.

Я также пробовал следующие команды, но они не работали для меня, но они могут быть для вас в зависимости от конкретной проблемы:

git reset --mixed
git fsck --full
git gc --auto
git prune --expire now
git reflog --all

Наконец, чтобы избежать этой проблемы синхронизации, повреждающей ваш индекс git (что может произойти с DropBox, SpiderOak или любым другим облачным диском), вы можете сделать следующее:

1. Преобразуйте свою .gitпапку в единый «пакетный» файл git с помощью:, git bundle create my_repo.git --allтогда он должен работать так же, как и раньше, но, поскольку все находится в одном файле, вы больше не рискуете, что синхронизация повредит репозиторий git.
2. Отключить мгновенную синхронизацию : SpiderOak позволяет настроить расписание для проверки изменений на «автоматический» (что означает, что это будет как можно скорее, отслеживая изменения файлов благодаря уведомлениям ОС). Это плохо, потому что он начнет загружать изменения, как только вы их сделаете, а затем загрузит изменение, поэтому он может стереть последние изменения, которые вы только что делали. Решение этой проблемы - установить задержку отслеживания изменений на 5 минут или более. Это также устраняет проблемы с приложениями для мгновенного сохранения заметок (такими как Notepad ++).

Если вы в отчаянии, можете попробовать следующее:

git clone ssh://me@my.git.server/path/to/project destination --depth=1

Он получит ваши данные, но вы потеряете историю. Я пошел методом проб и ошибок в своем репо и --depth=10работал, но --depth=50потерпел неудачу.

Я попытался удалить объектные файлы с 0 байтами и снова получить их с пульта, и это сработало:

find . -type f -size 0 -exec mv {} /tmp \;
git fetch

Он извлек недостающие объекты с пульта дистанционного управления и позволил мне продолжить работу без повторной инициализации всего репо.

Я столкнулся с той же проблемой, поэтому я заменил папку «.git» резервной версией, но она все еще не работала, потому что файл .gitconfig был поврежден. BSOD на моем ноутбуке повредил его. Я заменил его следующим кодом, и sourcetree восстановил все мои репозитории.

[user]
name = *your username*
email = *your email address*
[core]
autocrlf = true
excludesfile = C:\\Users\\*user name*\\Documents\\gitignore_global.txt

Не знаю, поможет ли это кому-нибудь, но это просто еще одно решение, которое сработало для меня.

Удалите индекс и сделайте сброс

rm -f .git/index
git reset

В последнее время у меня возникли аналогичные проблемы с использованием git версии 2.7.1 под Ubuntu 18.04.3. Вот как я это сделал:

sudo apt install git-repair
git-repair  # fix a broken git repository
or
git-repair --force  # force repair, even if data is lost
git fsck  # to verify it was fixed

В большинстве случаев процесс восстановления был успешным

В моем случае я создавал репозиторий из исходного кода, уже находящегося на моем компьютере, и эта ошибка появилась. Я удалил папку .git и сделал все снова, и все заработало :)

Я хотел добавить это в качестве комментария к замечательному ответу Зои Хьюил выше, но в настоящее время у меня недостаточно репутации для этого, поэтому я должен добавить его здесь и отдать должное ее работе: P

Если вы используете Poshgit и чувствуете себя исключительно ленивым, вы можете использовать следующее, чтобы автоматически извлечь URL-адрес из конфигурации git и упростить себе задачу. Стандартные предостережения касаются тестирования этого сначала на копии / резервном копировании вашего локального репо на случай, если он взорвется у вас в лицо.

$config = get-content .git\config
$url = $config -match " url = (?<content>.*)"
$url = $url.trim().Substring(6)
$url

move-item -v .git .git_old;
git init;
git remote add origin "$url";
git fetch;
git reset origin/master --mixed

Быстрый способ, если у вас есть изменения в текущем проекте и вы не хотите их потерять, переместите текущий проект куда-нибудь, клонируйте проект из github в эту папку и внесите некоторые изменения, чтобы попытаться зафиксировать еще раз. Или просто удалите репо и снова клонируйте его, у меня это сработало.

Эта команда сработала для меня:

$ git reset --mixed