Запустить R скрипт из командной строки

У меня есть файл, называется a.r, он имеет chmod755,

sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

Как я могу запустить это через командную строку?

Если вы хотите, чтобы вывод выводился на терминал, лучше всего использовать Rscript

Rscript a.R

Обратите внимание, что при использовании R CMD BATCH a.Rэтого вместо перенаправления вывода на стандартный вывод и отображения на терминале будет создан новый файл с именем a.Rout.

R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

Еще одна вещь, которую стоит отметить при использовании Rscript, это то, что он не загружает methodsпакет по умолчанию, что может вызвать путаницу. Поэтому, если вы полагаетесь на все, что предоставляют методы, вы захотите явно загрузить это в свой скрипт.

Если вы действительно хотите использовать ./a.Rспособ вызова скрипта, вы можете добавить соответствующий #!в верхней части скрипта

#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

Я также отмечу, что если вы работаете в * Unix-системе, есть полезный пакет littler , который обеспечивает простую передачу командной строки в R. Может быть необходимо использовать littler для запуска блестящих приложений через скрипт? Более подробную информацию можно найти в этом вопросе .

Это не отвечает на вопрос напрямую. Но кто-то может оказаться здесь, потому что он хочет запустить терминал R из терминала. Например, если вы просто хотите установить несколько отсутствующих пакетов и выйти, этот oneliner может быть очень удобным. Я часто использую его, когда вдруг обнаруживаю, что пропускаю некоторые пакеты, и хочу установить их там, где я хочу.

• Для установки в папку по умолчанию:

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"))'

• Чтобы установить в место, которое требует rootпривилегий:

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' 

Еще один способ запуска сценария R из командной строки:

R < scriptName.R --no-save  

или с --save.

Смотрите также Как лучше всего использовать R-скрипты в командной строке (терминале)? ,

Вам нужна ?Rscriptкоманда для запуска R-скрипта из терминала.

Проверьте http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/Rscript.html

пример

## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()

Как запустить Rmd в команде с knitr и rmarkdown несколькими командами, а затем загрузить файл HTML в RPubs

Вот пример: загрузите две библиотеки и выполните команду R

R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'

Еще один способ использования Rscript для систем * Unix - это подстановка процессов .

Rscript <(zcat a.r)
# [1] "hello"

Который, очевидно, делает то же самое, что и принятый ответ, но это позволяет вам манипулировать и запускать ваш файл, не сохраняя при этом мощности командной строки, например:

Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

Подобный Rscript -e "Rcode"ему также позволяет запускать без сохранения в файл. Поэтому его можно использовать вместе со скриптами, которые генерируют R-код, например:

Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

Просто для документации, иногда вам нужно запустить скрипт как sudo:

sudo Rscript path/to/your/file.R