Номера строк сценария R при ошибке?

Если я запускаю длинный сценарий R из командной строки (R --slave script.R), как я могу заставить его выдавать номера строк при ошибках?

Я не хочу добавлять в сценарий команды отладки, если это вообще возможно - я просто хочу, чтобы R вел себя как большинство других языков сценариев ...

Это не даст вам номер строки, но сообщит вам, где происходит сбой в стеке вызовов, что очень полезно:

traceback()

[Edit:] При запуске сценария из командной строки вам придется пропустить один или два вызова, см. Traceback () для интерактивных и неинтерактивных сеансов R

Я не знаю другого способа сделать это без обычных подозреваемых в отладке:

1. отлаживать()
2. браузер ()
3. параметры (ошибка = восстановление) [затем параметры (ошибка = NULL) для восстановления]

Возможно, вы захотите посмотреть этот связанный пост.

[Edit:] Извините ... только что увидел, что вы запускаете это из командной строки. В этом случае я бы посоветовал поработать с функциональностью опций (ошибок). Вот простой пример:

options(error = quote({dump.frames(to.file=TRUE); q()}))

Вы можете создать сколь угодно подробный сценарий для ошибки, поэтому вам нужно просто решить, какая информация вам нужна для отладки.

В противном случае, если есть определенные области, которые вас беспокоят (например, подключение к базе данных), заключите их в функцию tryCatch ().

Выполнение options(error=traceback)дает немного больше информации о содержании строк, ведущих к ошибке. Он вызывает появление трассировки, если есть ошибка, и для некоторых ошибок он имеет номер строки с префиксом #. Но это удачно или нет, многие ошибки не получают номеров строк.

Поддержка этого появится в R 2.10 и позже. Дункан Мердок только что написал в r-devel 10 сентября 2009 г. о findLineNum и setBreapoint :

Я только что добавил в R-devel пару функций, чтобы помочь с отладкой. findLineNum()находит, какая строка какой функции соответствует конкретной строке исходного кода; setBreakpoint()принимает выходные данные findLineNumи вызывает trace()там точку останова.

Они полагаются на наличие отладочной информации ссылки на источник в коде. Это значение по умолчанию для кода, читаемого source(), но не для пакетов. Чтобы получить ссылки на исходный код в коде пакета, установите переменную среды R_KEEP_PKG_SOURCE=yesили в R, установите options(keep.source.pkgs=TRUE), а затем установите пакет из исходного кода. Прочтите, ?findLineNumчтобы узнать, как указать ему искать внутри пакетов, а не ограничивать поиск глобальной средой.

Например,

x <- " f <- function(a, b) {
             if (a > b)  {
                 a
             } else {
                 b
             }
         }"


eval(parse(text=x))  # Normally you'd use source() to read a file...

findLineNum("<text>#3")   # <text> is a dummy filename used by
parse(text=)

Это напечатает

 f step 2,3,2 in <environment: R_GlobalEnv>

и вы можете использовать

setBreakpoint("<text>#3")

чтобы установить там точку останова.

В коде все еще есть некоторые ограничения (и, возможно, ошибки); Я исправлю это

Вы делаете это, устанавливая

options(show.error.locations = TRUE)

Мне просто интересно, почему этот параметр не установлен по умолчанию в R? Так должно быть, как и на любом другом языке.

У меня сработало указание глобальной опции R для обработки некатастрофических ошибок, а также настроенный рабочий процесс для сохранения информации об ошибке и изучения этой информации после сбоя. В настоящее время я использую R версии 3.4.1. Ниже я включил описание рабочего процесса, который работал у меня, а также код, который я использовал для установки параметра глобальной обработки ошибок в R.

Как я настроил, обработка ошибок также создает файл RData, содержащий все объекты в рабочей памяти на момент ошибки. Этот дамп может быть считан обратно в R с помощью, load()а затем различные среды, которые существовали на момент ошибки, могут быть проверены в интерактивном режиме с помощью debugger(errorDump).

Замечу, что мне удалось получить номера строк на traceback()выходе из любых пользовательских функций в стеке, но только если я использовал эту keep.source=TRUEопцию при вызове source()любых пользовательских функций, используемых в моем скрипте. Без этой опции установка опции глобальной обработки ошибок, как показано ниже, отправляла полный вывод traceback()в журнал ошибок с именем error.log, но номера строк были недоступны.

Вот общие шаги, которые я предпринял в своем рабочем процессе, и то, как я смог получить доступ к дампу памяти и журналу ошибок после неинтерактивного сбоя R.

1. Я поместил следующее вверху основного сценария, который я вызвал из командной строки. Это устанавливает параметр глобальной обработки ошибок для сеанса R. Назывался мой основной сценарий myMainScript.R. После различных строк кода есть комментарии, описывающие, что они делают. По сути, с этой опцией, когда R обнаруживает срабатывающую ошибку stop(), он создает файл дампа рабочей памяти RData (* .rda) во всех активных средах в каталоге, ~/myUsername/directoryForDumpа также записывает журнал ошибок error.logс некоторой полезной информацией в тот же каталог. Вы можете изменить этот фрагмент, чтобы добавить другую обработку ошибок (например, добавить отметку времени в файл дампа, имена файлов журнала ошибок и т. Д.).

   options(error = quote({
     setwd('~/myUsername/directoryForDump'); # Set working directory where you want the dump to go, since dump.frames() doesn't seem to accept absolute file paths.
     dump.frames("errorDump", to.file=TRUE, include.GlobalEnv=TRUE); # First dump to file; this dump is not accessible by the R session.
     sink(file="error.log"); # Specify sink file to redirect all output.
     dump.frames(); # Dump again to be able to retrieve error message and write to error log; this dump is accessible by the R session since not dumped to file.
     cat(attr(last.dump,"error.message")); # Print error message to file, along with simplified stack trace.
     cat('\nTraceback:');
     cat('\n');
     traceback(2); # Print full traceback of function calls with all parameters. The 2 passed to traceback omits the outermost two function calls.
     sink();
     q()}))

2. Убедитесь, что из основного скрипта и любых последующих вызовов функций, каждый раз при получении функции используется опция keep.source=TRUE. То есть, чтобы создать функцию, вы должны использовать source('~/path/to/myFunction.R', keep.source=TRUE). Это необходимо, чтобы traceback()вывод содержал номера строк. Похоже, вы также сможете установить эту опцию глобально options( keep.source=TRUE ), но я не проверял, работает ли она. Если вам не нужны номера строк, вы можете опустить эту опцию.

3. Из терминала (вне R) вызовите основной скрипт в пакетном режиме, используя Rscript myMainScript.R. Это запускает новый неинтерактивный сеанс R и запускает сценарий myMainScript.R. Фрагмент кода, приведенный на шаге 1, который был помещен в начало, myMainScript.Rустанавливает параметр обработки ошибок для неинтерактивного сеанса R.
4. Обнаружить ошибку где-то при выполнении myMainScript.R. Это может быть в самом основном скрипте или вложено в несколько функций глубоко. При обнаружении ошибки обработка будет выполняться, как указано в шаге 1, и сеанс R завершится.
5. Файл дампа RData с именем errorDump.rdaи и журнал ошибок с именем error.logсоздаются в каталоге, указанном '~/myUsername/directoryForDump'параметром глобальной обработки ошибок.

6. На досуге error.logпросмотрите информацию об ошибке, включая само сообщение об ошибке и полную трассировку стека, ведущую к ошибке. Вот пример журнала, созданного при ошибке; обратите внимание, что числа после #символа - это номера строк ошибки в различных точках стека вызовов:

   Error in callNonExistFunc() : could not find function "callNonExistFunc"
   Calls: test_multi_commodity_flow_cmd -> getExtendedConfigDF -> extendConfigDF
   
   Traceback:
   3: extendConfigDF(info_df, data_dir = user_dir, dlevel = dlevel) at test_multi_commodity_flow.R#304
   2: getExtendedConfigDF(config_file_path, out_dir, dlevel) at test_multi_commodity_flow.R#352
   1: test_multi_commodity_flow_cmd(config_file_path = config_file_path, 
   spot_file_path = spot_file_path, forward_file_path = forward_file_path, 
   data_dir = "../", user_dir = "Output", sim_type = "spot", 
   sim_scheme = "shape", sim_gran = "hourly", sim_adjust = "raw", 
   nsim = 5, start_date = "2017-07-01", end_date = "2017-12-31", 
   compute_averages = opt$compute_averages, compute_shapes = opt$compute_shapes, 
   overwrite = opt$overwrite, nmonths = opt$nmonths, forward_regime = opt$fregime, 
   ltfv_ratio = opt$ltfv_ratio, method = opt$method, dlevel = 0)

7. На досуге вы можете загрузить errorDump.rdaв интерактивный сеанс R, используя load('~/path/to/errorDump.rda'). После загрузки вызовите debugger(errorDump)для просмотра всех объектов R в памяти в любой из активных сред. Для debugger()получения дополнительной информации см. Справку по R.

Этот рабочий процесс чрезвычайно полезен при запуске R в некоторой производственной среде, где у вас есть неинтерактивные сеансы R, инициируемые из командной строки, и вы хотите, чтобы информация о неожиданных ошибках сохранялась. Возможность делать дамп памяти в файл, который вы можете использовать для проверки рабочей памяти во время ошибки, наряду с номерами строк ошибки в стеке вызовов, облегчает быструю посмертную отладку причины ошибки.

Сначала, options(show.error.locations = TRUE)а потом traceback(). Номер строки ошибки будет отображаться после #